临床样本分析
评估IL1B表达与GBM患者生存的关系及IL-1β在肿瘤中的表达定位。
分析TCGA数据中IL1A/IL1B表达与生存;ELISA检测人GBM组织中IL-1β水平;免疫荧光共染IL-1β和IBA1;查询IVY GAP数据库。
A paracrine circuit of IL-1β/IL-1R1 between myeloid and tumor cells drives genotype-dependent glioblastoma progression
包含体外细胞共培养、类器官培养、遗传小鼠模型(RCAS/Ntv-a)、scRNA-Seq和流式细胞术等多层级验证,并进行了功能验证(生存分析)和机制验证(NF-κB通路、MCP表达)。
PDGFB驱动的 murine GBM 模型(RCAS/Ntv-a) Nf1沉默的 murine GBM 模型(RCAS/Ntv-a) 原代 BMDM 与肿瘤细胞共培养体系 人 GBM 组织样本
PDGFB驱动的肿瘤在Il1b敲除小鼠中生存期延长 Il1b缺失导致炎症性单核细胞和DC2浸润减少 IL-1β通过NF-κB通路诱导肿瘤细胞表达MCPs Nf1沉默的肿瘤中NF-κB通路组成性激活,不依赖IL-1β 局部给予抗IL-1β抗体或IL-1Ra延长荷瘤小鼠生存
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估IL1B表达与GBM患者生存的关系及IL-1β在肿瘤中的表达定位。
分析TCGA数据中IL1A/IL1B表达与生存;ELISA检测人GBM组织中IL-1β水平;免疫荧光共染IL-1β和IBA1;查询IVY GAP数据库。
验证肿瘤细胞能否诱导BMDM表达IL-1β。
将原代BMDM与PDGFB驱动的肿瘤切片或肿瘤细胞共培养,检测Il1a/Il1b表达及IL-1β分泌。
确定IL-1β缺失对肿瘤生长和生存的影响。
在WT和Il1b敲除小鼠中生成PDGFB驱动的肿瘤,比较生存期和肿瘤增殖。
分析IL-1β缺失对肿瘤免疫微环境的影响。
使用scRNA-Seq和流式细胞术分析肿瘤中髓系细胞和淋巴细胞亚群。
验证IL-1β通过NF-κB通路诱导MCPs表达。
用rIL-1β处理肿瘤细胞,检测NF-κB通路激活和MCP表达;使用NF-κB抑制剂BAY 11-7082处理Nf1沉默的细胞系。
评估局部拮抗IL-1β或IL-1R1的治疗效果。
在荷瘤小鼠中通过脑内插管给予抗IL-1β抗体或IL-1Ra,监测生存期和肿瘤浸润。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 病毒生成和肿瘤诱导 | Fugene 6转染试剂盒 | Roche | 11814443001 |
| 器官型肿瘤切片培养 | Neurobasal培养基 | Stem Cell Technologies | 05700 |
| B27添加剂 | Thermo Fisher | 17504044 | |
| 谷氨酰胺 | Thermo Fisher | 35050061 | |
| 巨噬细胞集落刺激因子 | BioLegend | 576406 | |
| IL-1β处理 | 重组IL-1β | R&D Systems | 401-ML/CF |
| 细胞培养 | Accutase消化液 | Sigma-Aldrich | A6964 |
| Geltrex基质胶 | Life Technologies | A14132-01 | |
| RNA提取和qPCR | TRIzol试剂 | Thermo Fisher | 15596026 |
| RNeasy脂质组织迷你试剂盒 | QIAGEN | 74804 | |
| SsoAdvanced通用绿色超混液 | Bio-Rad | 1725271 | |
| 免疫印迹 | BAY 11-7082 | MilliporeSigma | 196870 |
| 豆蔻明 | Tocaris | 2509 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Pierce | 23227 | |
| 化学发光HRP抗体检测试剂 | Denville Scientific Inc. | E2400 | |
| 免疫荧光 | 抗IBA1抗体 | Wako | 019-19741 |
| DAPI | MilliporeSigma | D9542 | |
| ELISA | Bradford蛋白定量试剂 | Bio-Rad | 5000001 |
| 流式细胞术 | 固定缓冲液 | eBioscience | 00-5123-43 |
| 肿瘤体积重建 | OCT包埋剂 | VWR | 25608-930 |
| 药物处理 | 同型对照抗体 | BioXcell | BE0091 |
| IL-1受体拮抗剂 | US Biological Corporation | I7663-62E | |
| 抗IL-1β抗体 | BioXcell | BE0246 | |
| 空间蛋白组学 | GeoMx免疫细胞分型小鼠蛋白核心面板 | NanoString | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 小鼠模型 | RCAS/Ntv-a系统,PDGFB驱动或Nf1沉默的肿瘤生成;小鼠遗传背景(Ntv-a、Il1b-/-、Il1a-/-Il1b-/-) 阅读提示:Methods: Virus generation and tumor induction;Mice |
| 细胞培养 | BMDM和MG的分离方法;原代肿瘤细胞培养条件(NSC或FBS);共培养条件;rIL-1β浓度(100 pM) 阅读提示:Methods: MG and MDM isolation and culture;Tumor dissociation and primary cell culturing;IL-1β treatment in vitro |
| 体外处理 | NF-κB抑制剂处理条件(BAY 11-7082 20μM和40μM;cardamonin 10μM和20μM);处理时间(24h和48h) 阅读提示:Methods: Immunoblot analysis;MES tumor cell cultures and in vitro stimulation |
| 体内给药 | 颅内插管植入;药物剂量(抗IL-1β抗体1mg/day/mouse,IL-1Ra 500ng/day/mouse);给药时间(肿瘤生长15天后开始) 阅读提示:Methods: Cannula installation and drug administration in tumor-bearing mice |
| 样本分析 | scRNA-Seq方法(10x Genomics Chromium平台,3' GEX V3 kit,约10,000细胞/样本);流式细胞术染色panel 阅读提示:Methods: scRNA-Seq and data analysis;Flow cytometry and spectral flow cytometry |