相互作用鉴定
鉴定与KCTD1和KCTD15相互作用的蛋白质。
在HEK293细胞中过表达FLAG标记的KCTD1或KCTD15,进行免疫沉淀和质谱分析。
KCTD1/KCTD15 complexes control ectodermal and neural crest cell functions, and their impairment causes aplasia cutis
包含体外生化实验(免疫共沉淀、质谱、ThT、ELISA、细胞活力)、细胞实验(HaCaT、HEK293、HeLa等)、小鼠遗传模型(角质形成细胞和神经嵴细胞条件敲除)、单细胞RNA-Seq分析及组织学分析等多种证据层级。
HEK293细胞 HaCaT角质形成细胞 小鼠遗传模型(K14Cre、Wnt1Cre等条件敲除) 单细胞RNA-Seq数据集(小鼠、人、灵长类)
KCTD1和KCTD15的相互作用及复合物形成(免疫共沉淀、质谱) KCTD1/KCTD15突变体的显性负性效应(ThT荧光实验、AP-2α结合实验) KCTD1/KCTD15在角质形成细胞条件敲除小鼠中的皮肤表型(K14Cre) KCTD1/KCTD15在神经嵴细胞条件敲除小鼠中的ACC表型(Wnt1Cre) KCTD1和KCTD15在不同细胞类型和组织中的表达模式(报告基因小鼠、scRNA-Seq)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定与KCTD1和KCTD15相互作用的蛋白质。
在HEK293细胞中过表达FLAG标记的KCTD1或KCTD15,进行免疫沉淀和质谱分析。
预测KCTD1和KCTD15形成多聚体的可能性。
使用AlphaFold预测KCTD1/KCTD15的同源和异源多聚体结构。
验证ACC相关KCTD1和KCTD15突变体的显性负性效应。
通过ThT荧光实验检测淀粉样样聚集,ELISA检测与AP-2α的结合,细胞实验观察聚集和细胞活力。
确定KCTD1和KCTD15在不同组织和细胞类型中的表达。
利用报告基因小鼠和scRNA-Seq数据集分析Kctd1和Kctd15的表达。
探究KCTD1/KCTD15在角质形成细胞中的作用。
条件敲除小鼠角质形成细胞中的Kctd1和Kctd15,观察皮肤表型。
探究KCTD1/KCTD15在神经嵴细胞中的作用。
条件敲除小鼠神经嵴细胞中的Kctd1和Kctd15,观察颅骨和皮肤表型。
分析KCTD1和KCTD15在心脏和肾脏中的非冗余功能。
构建Kctd15-/-和Six2Cre+Kctd1fl/fl小鼠,分析心脏和肾脏表型。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫沉淀和质谱 | 抗FLAG抗体 | Origene | TA50011-100 |
| Dynabeads蛋白G | Life Technologies | 10004D | |
| 免疫印迹 | 抗KCTD1抗体 | Sigma-Aldrich | SAB1103965 |
| 抗KCTD15抗体 | Abcam | ab106373 | |
| 免疫标记 | DAPI | Thermo Fisher Scientific | D3571 |
| 异凝集素B4 | Vector Laboratories | FL-1201 | |
| 皮肤附属器分析 | 分散酶II | Sigma-Aldrich | D4693 |
| 细胞培养 | 佛波醇12-肉豆蔻酸酯13-乙酸酯 | Sigma-Aldrich | 524400 |
| 细胞转染 | Lipofectamine RNAiMax | Thermo Fisher Scientific | 13778030 |
| siRNA敲低 | SMARTPool Kctd15 siRNA | Horizon | L-052498-01-0005 |
| SMARTPool Pax3 siRNA | Horizon | L-062276-01-0005 | |
| RNA提取 | Trizol | Thermo Fisher Scientific | 15596018 |
| 逆转录 | 高容量cDNA逆转录试剂盒 | Life Technologies | 4374966 |
| RT-qPCR | PowerUp SYBR Green预混液 | Thermo Fisher Scientific | A25742 |
| QuantStudio5 | Applied Biosystems | -- | |
| AP-2α结合实验 | 重组AP-2α蛋白 | Origene | TP304603 |
| 抗KCTD1抗体 | LSBio | LS-C260993 | |
| 荧光光谱 | Varian Cary Eclipse荧光分光光度计 | Agilent Technologies | -- |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000 | Thermo Fisher Scientific | L3000001 |
| 细胞成像 | MICA微成像系统 | Leica | -- |
| 细胞染色 | Amytracker-630 | Ebba Biotech AB | A630-MQ |
| 细胞活性检测 | ATPlite检测 | PerkinElmer | 6016943 |
| RNA-Seq | Qubit 2.0荧光计 | Life Technologies | -- |
| TapeStation 4200 | Agilent Technologies | -- | |
| QIAGEN FastSelect rRNA HMR试剂盒 | QIAGEN | -- | |
| NEBNext Ultra II RNA文库制备试剂盒 | New England Biolabs | -- | |
| Illumina NovaSeq 6000 | Illumina | -- | |
| 动物实验 | 他莫昔芬 | Sigma-Aldrich | T5648 |
| 细胞活性检测 | Victor Nivo酶标仪 | PerkinElmer | HH35000500 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 免疫沉淀和质谱 | HEK293细胞过表达FLAG-KCTD1或KCTD15;使用anti-FLAG抗体和Dynabeads蛋白G;IP后质谱分析。 阅读提示:Methods:免疫沉淀和质谱 |
| 突变体功能分析 | KCTD1WT与突变体按5:1混合;ThT浓度50 μM;ELISA中AP-2α 200 nM;细胞转染中HaCaT、HEK293、HeLa细胞;细胞活性检测使用ATPlite。 阅读提示:Methods:Thioflavin T荧光实验、AP-2α结合实验、细胞培养实验 |
| 角质形成细胞功能验证 | K14Cre小鼠;Kctd1fl/fl和Kctd15fl/fl;皮肤表型分析(P4、P7、P13、P21成年)。 阅读提示:Methods:Mice;Results:Compensation between KCTD1 and KCTD15 in keratinocytes |
| 神经嵴细胞功能验证 | Wnt1Cre小鼠;Kctd1fl/fl和Kctd15fl/fl;P0或E17.5分析颅骨和皮肤。 阅读提示:Methods:Mice;Results:ACC is a neurocristopathy |
| 心脏表型分析 | Kctd15-/-小鼠;或Wnt1Cre+Kctd1fl/flKctd15fl/fl;P0或E17.5心脏通过EFIC成像。 阅读提示:Methods:形态学分析;Results:Non-redundant functions of KCTD1 and KCTD15 |
| 肾脏表型分析 | Six2Cre+Kctd1fl/fl小鼠;BUN测量;肾脏组织学检查。 阅读提示:Methods:Mice;Results:Non-redundant functions of KCTD1 and KCTD15 |