SELENOP在正常肠道中的表达谱分析
确定SELENOP在正常小鼠和人肠道上皮中的表达分布
通过RT-qPCR检测小鼠小肠和结肠上皮中硒蛋白mRNA表达,通过RNAscope检测小鼠和人类结肠中的SELENOP RNA,利用Gut Cell Atlas scRNA-Seq数据查询SELENOP表达,并通过ELISA检测人肠类器官分化培养基中的SELENOP蛋白。
SELENOP modifies sporadic colorectal carcinogenesis and WNT signaling activity through LRP5/6 interactions
包含体外细胞系实验、类器官模型、小鼠体内模型及人类样本分析,并进行了功能获得/缺失和机制验证。
小鼠Lrig1-CreERT2 Apcfl/+腺瘤模型 ApcΔIE/+ Selenop+/+和Selenop–/–肿瘤类器官 293 STF细胞、RKO细胞、MC38细胞 人类结直肠癌类器官
Selenop KO在ApcΔIE/+小鼠中减少结肠肿瘤发生率和体积 SELENOP恢复增加Selenop-KO肿瘤类器官的形成效率和WNT靶基因表达 SELENOP增强WNT3A诱导的TOPFlash报告活性(293 STF、RKO、MC38细胞) SELENOP与LRP6的共免疫沉淀及U258-U299结构域的作用
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定SELENOP在正常小鼠和人肠道上皮中的表达分布
通过RT-qPCR检测小鼠小肠和结肠上皮中硒蛋白mRNA表达,通过RNAscope检测小鼠和人类结肠中的SELENOP RNA,利用Gut Cell Atlas scRNA-Seq数据查询SELENOP表达,并通过ELISA检测人肠类器官分化培养基中的SELENOP蛋白。
评估SELENOP表达在正常结肠到腺瘤再到癌症过程中的变化
利用公开的scRNA-Seq数据集分析SELENOP在正常、息肉、腺瘤和癌症细胞中的表达,并与干细胞性(CytoTRACE)关联,比较不同癌症类型中的表达。
测试Selenop缺失是否影响Apc驱动的肠道肿瘤形成
将Selenop–/–小鼠与Lrig1-CreERT2 Apcfl/+小鼠杂交,给予他莫昔芬诱导,监测结肠和小肠肿瘤形成,并比较不同基因型之间的肿瘤发生率和大小。
在体外模型中验证Selenop缺失导致的表型变化
从ApcΔIE/+ Selenop+/+和Selenop–/–小鼠的结肠肿瘤建立肿瘤类器官,通过酶解分离后单细胞培养,计数类器官形成,并通过RT-qPCR检测WNT靶基因(Axin2, Lgr5, Sox9)表达。
确定SELENOP过表达是否能逆转Selenop缺陷导致的表型
使用dCas9-VP64和靶向Selenop启动子的sgRNA激活内源Selenop表达,然后检测类器官形成效率和WNT靶基因表达。
测试SELENOP是否增强经典WNT信号活性
使用TOPFlash报告基因检测SELENOP处理或过表达对WNT3A诱导的WNT信号活性的影响,在293 STF、RKO STF、MC38等细胞中进行。
验证SELENOP是否与LRP6结合
通过免疫共沉淀(co-IP)检测外源SELENOP与FLAG-LRP6的相互作用,并通过邻近连接实验进一步验证。
确定SELENOP上负责与LRP6结合的具体区域
构建SELENOP截短和缺失突变体,通过co-IP检测突变体与LRP6的结合能力,确定U258-U299区域为关键结构域。
验证SELENOP的U258-U299结构域是否介导其对WNT信号的增强作用
在YAMC STF细胞中过表达全长或缺失U258-U299区的V5-mSELENOP,检测TOPFlash活性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen, Thermo Fisher Scientific | 15596018 |
| RNeasy Mini试剂盒 | QIAGEN | 74106 | |
| RNeasy Micro试剂盒 | QIAGEN | 74004 | |
| cDNA合成 | qScript cDNA SuperMix | Quantabio | 95048100 |
| RT-qPCR | TaqMan通用PCR预混液 | Applied Biosystems | 4304437 |
| PerfeCTa SYBR Green SuperMix ROX | Quantabio | 9505502K | |
| RNA原位杂交 | RNAscope 2.5 HD – BROWN试剂 | Advanced Cell Diagnostics | 322300 |
| 类器官培养 | Intesticult类器官生长培养基 | STEMCELL Technologies | 06010 |
| 基质胶 | Corning | 354230 | |
| ELISA | Amicon Ultra-4 10 kDa离心过滤器 | MilliporeSigma | UFC801024 |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco, Thermo Fisher Scientific | 11995065 |
| 胎牛血清 | Avantor | 07068085 | |
| 青霉素/链霉素 | Gibco, Thermo Fisher Scientific | 15140122 | |
| RPMI 1640培养基 | Gibco, Thermo Fisher Scientific | 61870036 | |
| 重组小鼠IFN-γ | R&D Systems | 485MI100/CF | |
| 支原体检测 | 支原体PCR检测试剂盒 | Applied Biological Materials (abm) | G238 |
| 慢病毒转导 | 聚乙烯亚胺 | Polysciences | 24314 |
| 聚凝胺 | MilliporeSigma | TR1003G | |
| Lenti-X浓缩器 | Takara Bio | 631232 | |
| 药物处理 | 他莫昔芬 | MilliporeSigma | T5648 |
| 肝素 | MilliporeSigma | H3393 | |
| 重组蛋白 | 重组人WNT3A | R&D Systems | 5036WNP10/CF |
| 重组小鼠WNT3A | R&D Systems | 1324WN010/CF | |
| TOPFlash报告实验 | Steady-Glo萤光素酶试剂 | Promega | E2510 |
| CellTiter-Glo发光细胞活力试剂 | Promega | G7570 | |
| Glo裂解缓冲液 | Promega | E2661 | |
| Dual-Glo萤光素酶试剂 | Promega | E2920 | |
| 免疫共沉淀 | ANTI-FLAG M2亲和凝胶 | MilliporeSigma | A2220 |
| FLAG肽 | MilliporeSigma | F3290 | |
| 蛋白质定量 | BCA蛋白测定试剂盒 | Pierce, Thermo Fisher Scientific | 23225 |
| 细胞表面生物素化 | 细胞表面生物素化和分离试剂盒 | Pierce, Thermo Fisher Scientific | A44390 |
| NeutrAvidin琼脂糖 | Pierce, Thermo Fisher Scientific | 29200 | |
| 免疫印迹 | Laemmli上样缓冲液 | Bio-Rad | 1610747 |
| 4%-20% Mini-PROTEAN TGX预制蛋白胶 | Bio-Rad | 4561094 | |
| Precision Plus蛋白双色标准 | Bio-Rad | 1610374 | |
| 硝酸纤维素膜 | PerkinElmer | NBA085C001EA | |
| Intercept (TBS)封闭缓冲液 | LI-COR | 927-60001 | |
| IRDye 680LT山羊抗小鼠IgG | LI-COR | 92668020 | |
| IRDye 800CW山羊抗兔IgG | LI-COR | 92632211 | |
| β-微管蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 2146 | |
| FLAG抗体 | MilliporeSigma | F1804 | |
| LRP6抗体 | Cell Signaling Technology | 2560 | |
| Na+/K+-ATPase抗体 | Cell Signaling Technology | 3010 | |
| SELENOP抗体 | Proteintech Group | -- | |
| V5抗体 | Abcam | ab27671 | |
| V5抗体 | Cell Signaling Technology | 13202 | |
| 类器官培养 | TrypLE Express | Gibco, Thermo Fisher Scientific | 12604013 |
| Y-27632 | Tocris Bioscience | 1254 | |
| 脱氧核糖核酸酶I | MilliporeSigma | D5025 | |
| 细胞培养 | 潮霉素B | Gibco, Thermo Fisher Scientific | 10687010 |
| 质粒构建 | Q5热启动高保真2X预混液 | New England BioLabs | M0494S |
| QIAquick PCR纯化试剂盒 | QIAGEN | 28104 | |
| Gateway pDONR221载体 | Invitrogen, Thermo Fisher Scientific | 12536017 | |
| Gateway BP Clonase II酶混合物 | Invitrogen, Thermo Fisher Scientific | 11789020 | |
| Gateway LR Clonase II酶混合物 | Invitrogen, Thermo Fisher Scientific | 11791020 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 小鼠肿瘤模型 | 小鼠品系、基因型、年龄、他莫昔芬剂量和疗程、饮食硒含量、监测时间点 阅读提示:Methods: Murine tumorigenesis protocol |
| 肿瘤类器官培养 | 类器官来源、培养基成分、基质胶用量、单细胞接种密度、酶解条件、Y-27632和DNase I浓度 阅读提示:Methods: Murine tumoroid culture |
| WNT3A处理 | 细胞系、WNT3A浓度、处理时间 阅读提示:Methods: WNT3A treatments |
| TOPFlash报告实验 | 细胞系、报告质粒、SELENOP浓度、WNT3A浓度、处理时间 阅读提示:Methods: TOPFlash reporter assays |
| 免疫共沉淀 | 细胞系、转染质粒、裂解缓冲液、蛋白酶抑制剂、FLAG亲和凝胶、洗脱条件 阅读提示:Methods: FLAG IPs, Heparin and sodium chlorate treatments |
| SELENOP-LRP5/6相互作用域定位 | 相关截短/缺失突变体、LRP5/6质粒、共转染条件 阅读提示:Results: SELENOPU258-U299 mediates...; Methods: Plasmid construction |