患者遗传变异鉴定
鉴定先天性腹泻患者中UNC45A的致病性变异
对6名患者进行全外显子测序或靶向 panel 测序,发现UNC45A双等位基因变异,并通过Sanger测序确认家系共分离。
UNC45A deficiency causes microvillus inclusion disease-like phenotype by impairing myosin VB-dependent apical trafficking
研究包含患者遗传分析、细胞实验(Caco-2敲除、类器官)、蛋白质组学、斑马鱼体内模型等多层级验证,并明确功能验证和机制研究。
Caco-2细胞系 患者来源iPSC分化的肠道类器官 unc45a缺陷斑马鱼幼虫 患者十二指肠活检组织
UNC45A基因型与蛋白表达水平 MYO5B蛋白折叠状态及聚集 Rab11和顶端转运蛋白(NHE3、DRA)的定位 微绒毛形态与密度 UNC45A突变体的功能互补效果
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定先天性腹泻患者中UNC45A的致病性变异
对6名患者进行全外显子测序或靶向 panel 测序,发现UNC45A双等位基因变异,并通过Sanger测序确认家系共分离。
评估UNC45A变异对蛋白表达和结构的影响
在HEK293T细胞中过表达野生型和突变型UNC45A等位基因,通过Western blot检测蛋白表达;通过同源建模和计算机模拟预测变异对蛋白结构的影响。
鉴定UNC45A的客户蛋白,特别是肌球蛋白
通过免疫沉淀和质谱分析,鉴定与UNC45A相互作用的蛋白质,重点关注肌球蛋白家族。
评估UNC45A缺失对肠上皮细胞极性和分化的影响
通过CRISPR/Cas9敲除Caco-2细胞中的UNC45A,分析2D培养中的顶端刷状缘和3D培养中的 lumen 形成,并用野生型或突变型UNC45A进行回补实验。
在患者和基因敲除来源的肠道类器官中验证UNC45A缺陷的表型
从患者和对照的iPSC分化肠道类器官,或通过CRISPR/Cas9敲除UNC45A,分析3D类器官的形态、微绒毛包涵体,以及2D培养中 Rab11 和顶端转运蛋白的定位。
在斑马鱼模型中验证UNC45A缺陷的体内表型
分析unc45a突变斑马鱼幼虫的肠道形态,包括肠上皮皱褶、微绒毛、Rab11定位和微绒毛包涵体。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 基质胶 | BD Biosciences | -- | |
| MG-132蛋白酶体抑制剂 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 免疫沉淀 | μMACS c-myc分离试剂盒 | Miltenyi Biotec | -- |
| 免疫荧光 | 鬼笔环肽-Alexa Fluor 488 | Invitrogen | A12379 |
| 鬼笔环肽-Alexa Fluor 647 | Invitrogen | A22287 | |
| NucBlue固定细胞染色试剂 | Invitrogen | R37606 | |
| ProteoStat聚集体检测试剂盒 | Enzo Life Sciences | ENZ-51038 | |
| UNC45A抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-101493 | |
| Villin抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-58897 | |
| DRA抗体 | Abcam | ab83545 | |
| Rab11抗体 | Invitrogen | 71-5300 | |
| NHE3抗体 | Novus Biologicals | NBP-82574 | |
| MYO5B抗体 | Sigma-Aldrich | HPA069773 | |
| EpCAM抗体 | R&D Systems | AF960 | |
| CFTR抗体 | Abcam | ab59394 | |
| Na/K-ATPase抗体 | Thermo Fisher Scientific | MA5-32184 | |
| 整合素-α2抗体 | Abcam | ab181548 | |
| E-钙粘蛋白抗体 | Thermo Fisher Scientific | 13-700445 | |
| STED成像 | 鬼笔环肽-ATTO 550 | Invitrogen | -- |
| 蛋白质印迹 | Actin抗体 | Cell Signaling Technology | 5125 |
| FLAG抗体 | Sigma-Aldrich | F3165 | |
| GAPDH抗体 | Cell Signaling Technology | 14C10 | |
| HSP90抗体 | Cell Signaling Technology | 4874 | |
| UNC45A抗体 | Abcam | 171328 | |
| MYO5B抗体 | Thermo Fisher Scientific | PA5-49519 | |
| 类器官培养 | mTeSR1培养基 | Stem Cell Technologies | -- |
| hESC基质胶 | Corning | 356231 | |
| 温和细胞解离试剂 | Stem Cell Technologies | 07174 | |
| STEMdiff definive内胚层基础培养基 | Stem Cell Technologies | 05111 | |
| STEMdiff definive内胚层补充剂CJ | Stem Cell Technologies | 05113 | |
| STEMdiff胃肠补充剂PK | Stem Cell Technologies | 05141 | |
| STEMdiff胃肠补充剂UB | Stem Cell Technologies | 05142 | |
| STEMdiff肠道类器官基础培养基 | Stem Cell Technologies | 05111 | |
| STEMdiff肠道类器官补充剂 | Stem Cell Technologies | 05144 | |
| TrypLE Express酶 | Gibco | 12605010 | |
| IntestiCult类器官生长培养基 | Stem Cell Technologies | -- | |
| Y-27632抑制剂 | Stem Cell Technologies | -- | |
| 斑马鱼实验 | Tissue-Tek OCT包埋剂 | Sakura | -- |
| 电镜 | Epon-Araldite包埋剂 | Electron Microscopy Sciences | -- |
| Gene Frame胶框 | Thermo Fisher Scientific | 11560294 | |
| Formvar包被的狭缝载网 | EMS | FCF2010-CU |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者遗传分析 | 患者队列的临床特征和UNC45A变异类型 阅读提示:Methods - Patients 和 Figure 1 |
| 细胞实验 | UNC45A敲除Caco-2细胞的构建方法,包括sgRNA序列、转导和筛选条件 阅读提示:Methods - Generation of UNC45A-deficient Caco-2 cells and complementation |
| 类器官实验 | iPSC分化肠道类器官的方案,包括培养基和培养时间 阅读提示:Methods - Intestinal organoid generation |
| 斑马鱼实验 | unc45a突变斑马鱼的饲养和突变等位基因 阅读提示:Methods - Immunofluorescence and labeling of zebrafish sections |
| 蛋白互作分析 | 免疫沉淀和质谱分析的具体条件,包括裂解缓冲液和抗体 阅读提示:Methods - Western blot, immunoprecipitation, and proteomic studies |