临床相关性分析
评估UBC9表达与前列腺癌患者预后及巨噬细胞活化状态的相关性。
利用TCGA数据库及临床样本,分析UBC9表达水平与肿瘤分期、Gleason评分、生化复发及转移生存率的关系;通过CIBERSORT和GSEA分析免疫细胞浸润及通路富集;通过免疫荧光检测UBC9和CD68在肿瘤组织中的共表达。
UBC9 deficiency enhances immunostimulatory macrophage activation and subsequent antitumor T cell response in prostate cancer
包含患者样本及TCGA数据库分析、巨噬细胞特异性Ubc9敲除小鼠模型、BMDM体外功能实验、STAT4 SUMOylation机制验证及体内联合治疗实验等多个独立证据层级。
巨噬细胞特异性Ubc9敲除小鼠(LyzM-Cre+Ubc9fl/fl) RM-1小鼠前列腺癌皮下移植瘤模型 B16-OVA黑色素瘤模型 骨髓来源巨噬细胞(BMDMs)
UBC9抑制剂2-D08的给药剂量(10 mg/kg,每3天一次,瘤内注射)及处理时间(2周) 巨噬细胞条件性Ubc9敲除小鼠(LyzM-Cre+Ubc9fl/fl)的构建及对照组(LyzM-Cre−Ubc9fl/fl)的选择 STAT4 K350R突变对STAT4 SUMO化、核转位、稳定性及巨噬细胞活化的影响 2-D08与抗PD-1抗体联合治疗的给药方案(抗PD-1 250 μg/只,每3天一次,腹腔注射) CD8+ T细胞耗竭实验(抗CD8抗体200 μg/只,腹腔注射)对Ubc9缺失抗肿瘤效应的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估UBC9表达与前列腺癌患者预后及巨噬细胞活化状态的相关性。
利用TCGA数据库及临床样本,分析UBC9表达水平与肿瘤分期、Gleason评分、生化复发及转移生存率的关系;通过CIBERSORT和GSEA分析免疫细胞浸润及通路富集;通过免疫荧光检测UBC9和CD68在肿瘤组织中的共表达。
验证抑制UBC9是否影响前列腺癌肿瘤生长及肿瘤微环境中的免疫细胞。
通过RM-1皮下移植瘤模型,给予UBC9抑制剂2-D08或溶剂对照,监测肿瘤生长;分析肿瘤内免疫细胞亚群、巨噬细胞活化标志物及CD8+ T细胞状态。
确定巨噬细胞中Ubc9缺失对前列腺癌生长及CD8+ T细胞反应的影响。
构建LyzM-Cre+Ubc9fl/fl(Ubc9–/–)小鼠及对照,皮下接种RM-1细胞,监测肿瘤生长;分析肿瘤内TAMs表型、浸润CD8+ T细胞数量及活化状态;通过免疫荧光观察TAMs与CD8+ T细胞的相互作用。
验证Ubc9缺失或抑制对巨噬细胞M1极化和抗原呈递能力的影响。
分离并诱导WT和Ubc9–/– BMDMs,给予LPS刺激,检测CD86、MHC I及炎性细胞因子表达;通过流式细胞术、qPCR和ELISA评估M1标志物和细胞因子分泌。
评估Ubc9缺陷巨噬细胞激活抗原特异性CD8+ T细胞的能力。
采用B16-OVA肿瘤模型,将OVA脉冲的WT或Ubc9–/–巨噬细胞过继转移至肿瘤旁,监测肿瘤生长并分析CD8+ T细胞浸润和活化;体外将OVA脉冲的巨噬细胞与OT-I CD8+ T细胞共培养,检测T细胞增殖和细胞因子产生。
阐明UBC9介导的STAT4 SUMO化修饰对巨噬细胞M1极化的调控机制。
通过RNA-Seq分析TAMs中差异表达基因,鉴定JAK/STAT通路;通过免疫沉淀验证STAT4的SUMO化及修饰位点;构建STAT4 K350R突变体,检测其对STAT4核转位、稳定性、泛素化水平及巨噬细胞M1极化和CD8+ T细胞激活的影响。
评估UBC9抑制剂2-D08与抗PD-1抗体联合治疗前列腺癌的疗效及对CD8+ T细胞反应的影响。
在RM-1肿瘤模型中,分别给予DMSO、2-D08、抗PD-1抗体或两者联合治疗,监测肿瘤生长;分析肿瘤内CD4+和CD8+ T细胞比例及IFN-γ+ CD8+ T细胞频率。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Sigma-Aldrich | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Beyotime | -- | |
| 细胞因子 | 巨噬细胞集落刺激因子 | PeproTech | 315-02-250 |
| 细胞刺激 | 脂多糖 | PeproTech | L4130 |
| 白细胞介素-12 | -- | -- | |
| 抗原递呈 | 卵清蛋白多肽257-264 | Sigma-Aldrich | S7951 |
| 免疫沉淀 | 抗STAT4抗体 | Cell Signaling Technology | 2653S |
| 抗FLAG抗体 | Cell Signaling Technology | 2368 | |
| 抗泛素抗体 | Cell Signaling Technology | 3936s | |
| Western blot | 抗UBC9抗体 | Abcam | ab75854 |
| 免疫荧光 | 抗CD68抗体 | Proteintech | 66231-2-Ig |
| 免疫沉淀 | 抗SUMO1抗体 | Youke Group | -- |
| 流式细胞术 | 抗CD45.2抗体 | BioLegend | 109837 |
| 抗F4/80抗体 | BioLegend | 123108 | |
| 抗CD11b抗体 | BioLegend | 101208 | |
| 抗CD86抗体 | BioLegend | 105014 | |
| 抗MHC I抗体 | BioLegend | 116418 | |
| 抗MHC II抗体 | BioLegend | 107606 | |
| 抗CD4抗体 | BioLegend | 100406 | |
| 抗CD8抗体 | BioLegend | 140416 | |
| 抗PD-1抗体 | BioLegend | 135210 | |
| 抗IFN-γ抗体 | BioLegend | 505810 | |
| 抗TNF-α抗体 | BioLegend | 506327 | |
| 抗颗粒酶B抗体 | BioLegend | 372204 | |
| 抗Ki67抗体 | BioLegend | 151210 | |
| 免疫沉淀 | Dynabeads蛋白G磁珠 | Invitrogen | 1004d |
| SUMO化检测 | N-乙基马来酰亚胺 | Sigma-Aldrich | 23030.0 |
| 细胞分离 | Percoll分离液 | Solarbio Life Science Co. | 65455-52-9 |
| 细胞活力 | CCK-8试剂盒 | Biosharp Life Science Co. | BS350B |
| 体内实验 | 抗PD-1抗体 | Bio X Cell Co. | BE0146 |
| 抗CD8抗体 | Bio X Cell Co. | BE0004 | |
| 药物处理 | 2-D08 | MCE Biotechnology | HY-114166 |
| TAK-981 | MCE Biotechnology | HY-111789 | |
| MG-132 | MCE Biotechnology | HY-13259 | |
| 病毒包装 | Stat4-WT腺病毒 | Dianjun Biotech Co. Ltd. | -- |
| Stat4-K350R腺病毒 | Dianjun Biotech Co. Ltd. | -- | |
| Ubc9过表达腺病毒 | Dianjun Biotech Co. Ltd. | -- | |
| RNA提取 | Trizol试剂 | Takara | -- |
| RT-qPCR | SYBR Green PCR预混液 | Applied Biosystems | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | Servicebio | -- |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | -- | |
| ELISA | ELISA试剂盒 | eBioscience | -- |
| 组织处理 | 肿瘤解离试剂盒 | Miltenyi Biotec | -- |
| 流式细胞术 | LSRFortessa流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| 共聚焦显微镜 | FV1000共聚焦显微镜 | Olympus | -- |
| siRNA合成 | Stat4 siRNA | Dianjun Biotech Co. Ltd. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型建立 | Ubc9fl/fl小鼠与LyzM-Cre转基因小鼠的杂交方案;对照组采用LyzM-Cre−Ubc9fl/fl小鼠;小鼠周龄(8-12周龄)和性别(雄性)。 阅读提示:Methods - Mouse model |
| 肿瘤接种 | RM-1细胞接种数量(1×10^6)、接种部位(右侧后腿皮下)、肿瘤测量时间间隔(每3天)。 阅读提示:Methods - Xenograft tumor model |
| UBC9抑制剂处理 | 2-D08剂量(10 mg/kg)、给药途径(瘤内注射)、给药频率(每3天)、治疗周期(2周)。 阅读提示:Methods - Xenograft tumor model |
| CD8+ T细胞耗竭 | 抗CD8抗体剂量(200 μg/只)、给药途径(腹腔注射)、首次给药时间(肿瘤接种前3天)、重复频率(每3天)。 阅读提示:Methods - Xenograft tumor model |
| 联合治疗 | 抗PD-1抗体剂量(250 μg/只)、给药途径(腹腔注射)、给药频率(每3天)、首次给药时间(肿瘤接种后第3天)、与2-D08联合方案。 阅读提示:Methods - Xenograft tumor model |
| 巨噬细胞过继转移 | BMDMs分化条件(M-CSF 20 ng/mL,7天)、LPS刺激浓度(50 ng/mL)、OVA脉冲浓度(10 μg/mL)、过继转移细胞数量(5×10^5)、转移时间(第3天和第10天)。 阅读提示:Methods - Xenograft tumor model |
| BMDMs体外刺激 | LPS刺激浓度(50 ng/mL)、2-D08预处理浓度、IL-12刺激浓度(10 ng/mL)、刺激时间。 阅读提示:Methods - Cell culture |
| STAT4 K350R突变体实验 | Stat4 siRNA靶向序列(3'-UTR)、腺病毒转导条件、CHX处理时间、MG-132处理浓度(20 μM)和时间(6小时)。 阅读提示:Methods - In vitro SUMOylation assay, STAT4 stability analysis |
| 体外共培养 | 巨噬细胞与CD8+ T细胞共培养比例(1:5)、共培养时间(3-5天)、OVA脉冲时间(4小时)、抗CD3抗体浓度(1 μg/mL)。 阅读提示:Methods - CD8+ T cell coculture assays |
| 流式细胞术分析 | 细胞表面染色和胞内染色流程、抗体孵育条件(冰上避光30分钟)、使用仪器(LSRFortessa)和分析软件(FlowJo)。 阅读提示:Methods - Flow cytometry analysis |
| RT-qPCR分析 | RNA提取方法(Trizol)、cDNA合成试剂盒、SYBR Green PCR master mix、内参基因(β-actin)、相对定量方法(2−ΔΔCt)。 阅读提示:Methods - RNA extraction and quantitative real-time PCR analysis |
| Western blot分析 | 细胞裂解液成分(RIPA buffer)、蛋白酶抑制剂、一抗和二抗孵育条件、ECL显色、ImageJ软件分析灰度值。 阅读提示:Methods - Western blot analysis |