致癌物处理癌细胞克隆的建立
评估化学致癌物(DMBA、BaP)处理对乳腺癌细胞系免疫原性的影响
用DMBA或BaP处理PyMt、4T1和LLC细胞,经单细胞分选获得克隆,并与DMSO对照比较。
Carcinogen exposure enhances cancer immunogenicity by blocking the development of an immunosuppressive tumor microenvironment
包含体外细胞系处理与克隆筛选、体内同系小鼠成瘤与T细胞排斥实验、TAM流式与转录组分析、人肺癌单细胞测序分析等多个独立证据层级,并进行功能验证(抗体阻断)与机制验证(M-CSF/CD155)
MMTV-PyMt乳腺癌细胞系及其DMBA/DMSO处理克隆 4T1乳腺癌细胞系 Lewis肺癌细胞系 MMTV-PyMttg自发性乳腺癌小鼠模型 人非小细胞肺癌scRNA-Seq数据
DMBA3-4克隆是否缺乏错义突变(新抗原) CD8+ T细胞耗竭是否恢复DMBA3-4肿瘤生长 M-CSF表达水平是否降低 CD155表达是否降低 抗CSF1R和抗TIGIT联合治疗是否导致混合肿瘤排斥
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估化学致癌物(DMBA、BaP)处理对乳腺癌细胞系免疫原性的影响
用DMBA或BaP处理PyMt、4T1和LLC细胞,经单细胞分选获得克隆,并与DMSO对照比较。
验证致癌物处理的癌细胞是否在免疫健全小鼠中被排斥
将DMBA3-4和DMSO3-1细胞皮下注射至WT小鼠和Rag1KO小鼠,监测肿瘤生长;使用CD4/CD8耗竭抗体验证T细胞依赖性。
验证免疫排斥是否不依赖于新抗原
对DMBA3-4和BaP-4细胞进行全外显子测序,分析突变;用DMBA3-4免疫小鼠后,再接种DMSO3-1、黑色素瘤和黑色素瘤-MT细胞,观察排斥情况。
确定免疫排斥是否由于缺乏免疫抑制性肿瘤微环境
将DMBA3-4和DMSO3-1细胞同时或混合注射至WT小鼠,观察DMBA3-4肿瘤是否因DMSO3-1存在而生长。
鉴定DMBA3-4肿瘤中免疫抑制性细胞类型的变化
对Rag1KO小鼠中形成的DMBA3-4和DMSO3-1肿瘤进行流式细胞术、免疫荧光和RNA-Seq分析,比较TAMs的丰度和表型。
寻找致癌物处理的癌细胞影响巨噬细胞的分子机制
使用细胞因子芯片和ELISA比较DMBA3-4和DMSO3-1的分泌组,通过流式检测抑制性配体(CD155等)。
验证M-CSF和CD155下调在免疫逃避中的功能作用
使用抗CSF1R和抗TIGIT抗体处理混合肿瘤小鼠,观察肿瘤生长。
验证人类癌症中致癌物暴露与TAM重编程的相关性
对先前发表的人类NSCLC scRNA-Seq数据进行分析,将巨噬细胞分为致癌物诱导的TAM和经典TAM,比较吸烟史与TAM分布。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养与处理 | 苯并[a]芘 | Sigma-Aldrich | B1760 |
| 二甲基亚砜 | -- | -- | |
| 细胞分选 | SH800 | Sony | -- |
| 细胞增殖实验 | CellTiter 96非放射性细胞增殖检测试剂盒 | Promega | PAG4000 |
| 动物实验 | 抗小鼠CD4抗体 | Bio X Cell | BE0003 |
| 抗小鼠CD8β抗体 | Bio X Cell | BE0223 | |
| 白喉毒素 | Sigma-Aldrich | D0564 | |
| 抗NK1.1抗体 | Bio X Cell | BE0036 | |
| RNA-Seq | TCL缓冲液 | Qiagen | 1031576 |
| β-巯基乙醇 | Thermo Fisher Scientific | 21985-023 | |
| 外显子组测序 | DNeasy血液和组织试剂盒 | Qiagen | 69504 |
| 组织学与免疫荧光 | Alexa Fluor 647标记的山羊抗大鼠IgG | Thermo Fisher Scientific | A21247 |
| Alexa Fluor 488标记的山羊抗兔IgG | Thermo Fisher Scientific | A11034 | |
| Alexa Fluor 488酪胺信号放大试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | B40943 | |
| AR6缓冲液 | Perkin Elmer | AR6001KT | |
| DAPI核染色 | Thermo Fisher Scientific | D3571 | |
| Prolong GOLD抗淬灭封片剂 | Invitrogen | P36930 | |
| AxioScan | Zeiss | -- | |
| HALO图像分析平台 | Indica Labs | -- | |
| 蛋白分析 | SpeedVac真空浓缩仪 | Thermo Fisher Scientific | SPD1010 |
| 小鼠XL细胞因子芯片 | R&D Systems | ARY028 | |
| IFN-α ELISA试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | BMS6027TWO | |
| IFN-β ELISA试剂盒 | Biolegend | 439407 | |
| RIPA裂解缓冲液 | Thermo Fisher Scientific | 89900 | |
| 蛋白酶抑制剂 | Thermo Fisher Scientific | A32955 | |
| Pierce BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23225 | |
| 小鼠M-CSF ELISA试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | EMCSF1 | |
| 慢病毒包装 | pLV-mCherry质粒 | Addgene | 36084 |
| pCMV Δ R8.2质粒 | Addgene | 12263 | |
| pMD2.G质粒 | Addgene | 12259 | |
| pCDH-3xFLAG-GFP-puroR质粒 | Addgene | 167463 | |
| pMDLg/pRRE质粒 | Addgene | 12251 | |
| pRSV-Rev质粒 | Addgene | 12253 | |
| 荧光素酶活性检测 | 荧光素酶检测系统 | Promega | G7941 |
| Synergy Neo2发光酶标仪 | Biotek | -- | |
| 定量PCR | iTaq通用SYBR Green超混液 | Bio-Rad | 1725121 |
| ABI 7500 PCR系统 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 流式细胞术 | IV型胶原酶 | Worthington Biochemical | LS004189 |
| 脱氧核糖核酸酶I | New England Biolabs | M0303S | |
| CD45微磁珠 | Miltenyi Biotec | 130-052-301 | |
| True-Nuclear转录因子缓冲液套装 | Biolegend | 424401 | |
| LSR Fortessa X-20流式细胞仪 | BD Bioscience | -- | |
| BMDM趋化实验 | 小鼠重组M-CSF | Biolegend | 576406 |
| Transwell板 | Corning | 3421 | |
| 抗小鼠CSF1R抗体 | Bio X Cell | BE0213 | |
| IgG对照抗体 | Bio X Cell | BE0289 | |
| 计数微球 | Thermo Fisher Scientific | C36950 | |
| 自发乳腺癌研究 | 橄榄油 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞系生成 | 处理浓度和处理时间;克隆筛选标准 阅读提示:Methods: Cell lines |
| 体内成瘤实验 | 细胞注射数量和部位;小鼠品系和年龄 阅读提示:Methods: In vivo tumor engraftment |
| T细胞耗竭 | 抗体名称、剂量和给药时间 阅读提示:Methods: In vivo tumor engraftment |
| 巨噬细胞分析 | 肿瘤消化和流式染色的具体步骤;抗体克隆号 阅读提示:Methods: Flow cytometry |
| M-CSF检测 | 细胞裂解液的制备和ELISA步骤 阅读提示:Methods: Protein analysis |
| 免疫治疗组合 | anti-CSF1R和anti-TIGIT抗体的剂量和给药方案 阅读提示:Results: Carcinogen exposure downregulates M-CSF and CD155 expression by cancer cells |
| 人scRNA-Seq分析 | 数据集版本和预处理参数 阅读提示:Methods: Macrophage and cancer cell analysis from lung cancer scRNA-Seq data |