表达分析
确定SEL1L-HRD1 ERAD在肾脏和足细胞中的表达情况。
通过单细胞RNA测序分析人类肾脏样本,并通过免疫荧光染色检测SEL1L和HRD1蛋白在人和小鼠肾脏足细胞中的表达。
Endoplasmic reticulum-associated degradation is required for nephrin maturation and kidney glomerular filtration function
包含足细胞特异性基因敲除小鼠模型、细胞系CRISPR敲除、代谢标记、生化实验、电镜及结构预测等多层级验证,并进行了功能与机制验证。
足细胞特异性Sel1L敲除小鼠(Sel1LPodCre) HRD1敲除的人足细胞系(CIHP-1) HRD1敲除的HEK293T细胞 HRD1敲除的N2a细胞
Sel1LPodCre小鼠中Sel1L在足细胞的特异性敲除效率 足细胞特异性Sel1L敲除后HRD1蛋白水平的降低 5周龄Sel1LPodCre小鼠尿液中白蛋白/肌酐比值升高 通过Western blot检测nephrin b/a比例及EndoH敏感性评估nephrin成熟状态
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定SEL1L-HRD1 ERAD在肾脏和足细胞中的表达情况。
通过单细胞RNA测序分析人类肾脏样本,并通过免疫荧光染色检测SEL1L和HRD1蛋白在人和小鼠肾脏足细胞中的表达。
研究足细胞特异性SEL1L缺失对小鼠存活、肾脏功能和形态的影响。
通过Sel1Lfl/fl与podocin-Cre小鼠杂交产生Sel1LPodCre小鼠,监测体重、生存率,检测尿液和血液生化指标,并进行组织学检查。
评估足细胞形态和裂孔隔膜完整性。
使用扫描电子显微镜和透射电子显微镜观察肾小球和足细胞超微结构,包括足突和裂孔隔膜。
确定SEL1L缺失对nephrin在细胞内定位和成熟的影响。
通过免疫荧光共染检测nephrin与ER标志物KDEL及裂孔隔膜蛋白ZO1的共定位;通过Western blot分析nephrin的a/b形式比例,并通过EndoH消化检测其内质网滞留。
证明nephrin是SEL1L-HRD1 ERAD的底物。
通过免疫共沉淀检测nephrin与BiP的相互作用;通过泛素化实验、CHX追踪和35S脉冲追踪分析nephrin的降解和成熟;通过非还原电泳检测高分子量复合物。
研究致病性nephrin突变体是否作为ERAD底物,以及ERAD对其致病性的影响。
通过结构预测和突变体构建,分析6个nephrin错义突变体的稳定性、内质网滞留和降解;通过共表达实验评估突变体对WT nephrin的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Corning | 10017CV |
| RPMI 1640培养基 | Corning | 10-040-CM | |
| 胰岛素-转铁蛋白-硒 | Gibco, Thermo Fisher Scientific | 51500-056 | |
| 免疫荧光 | ProLong Gold抗淬灭封片剂(含DAPI) | Invitrogen, Thermo Fisher Scientific | P36931 |
| 免疫印迹 | SEL1L抗体 | Abcam | ab78298 |
| podocin抗体 | MilliporeSigma | P0372 | |
| podocin抗体 | ABclonal | A17337 | |
| HRD1抗体 | Proteintech | 13473-1-AP | |
| synaptopodin抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-515842 | |
| synaptopodin抗体 | ABclonal | A12049 | |
| nephrin抗体 | ABclonal | A3048 | |
| 免疫荧光 | KDEL抗体 | Abcam | ab12223 |
| ZO1抗体 | Thermo Fisher Scientific | 33-9100 | |
| 免疫印迹 | BiP抗体 | Abcam | ab21685 |
| 免疫荧光 | CD2AP抗体 | Proteintech | 51046-1-AP |
| 免疫印迹 | 泛素抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-8017 |
| Myc抗体 | MilliporeSigma | C3956 | |
| Flag抗体 | MilliporeSigma | F-1804 | |
| HSP90抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-13119 | |
| 组蛋白H2A抗体 | Cell Signaling Technology | 2578 | |
| 山羊抗兔IgG HRP | Bio-Rad | 5196-2504 | |
| 抗小鼠IgG HRP | Bio-Rad | 1706516 | |
| 免疫荧光 | 抗小鼠IgG Alexa Fluor 594 | Jackson ImmunoResearch Laboratories | 115-585-044 |
| 抗小鼠IgG Alexa Fluor 488 | Jackson ImmunoResearch Laboratories | 715-545-150 | |
| 抗兔IgG Alexa Fluor 594 | Jackson ImmunoResearch Laboratories | 111-585-144 | |
| 抗兔IgG Alexa Fluor 488 | Jackson ImmunoResearch Laboratories | 711-545-152 | |
| 组织处理 | Sorensen缓冲液 | Electron Microscopy Sciences | 11600-05 |
| Tissue-Tek O.C.T.包埋剂 | Electron Microscopy Sciences | -- | |
| 显微镜 | 低温恒温器 | Leica | CM1950 |
| 尼康A1共聚焦显微镜 | Nikon | -- | |
| 电镜 | JEOL JEM-1400 Plus透射电子显微镜 | JEOL | -- |
| AMRAY 1910场发射扫描电子显微镜 | AMRAY | -- | |
| Thermo Fisher Helios 650 Nanolab扫描电子显微镜 | Thermo Fisher | -- | |
| 药物处理 | 布雷菲德菌素A | -- | -- |
| MG132 | MilliporeSigma | -- | |
| 试剂 | β-巯基乙醇 | -- | -- |
| NP-40 | -- | -- | |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | MilliporeSigma | -- | |
| PMSF | MilliporeSigma | -- | |
| N-乙基马来酰亚胺 | MilliporeSigma | -- | |
| [35S]-半胱氨酸和甲硫氨酸 | -- | -- | |
| HBSS缓冲液 | Gibco, Life Technologies, Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 组织处理 | Triton X-100 | -- | -- |
| 柠檬酸钠缓冲液 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 小鼠模型 | Sel1LPodCre小鼠的构建:Sel1Lfl/fl与podocin-Cre杂交,C57BL/6背景;对照包括WT和杂合子。 阅读提示:Methods: Mice |
| 肾功能评估 | 尿白蛋白/肌酐比、血清肌酐、胆固醇和BUN的检测时间点(3、5、7、10周) 阅读提示:Results: 图3,Methods: Mouse studies |
| 电镜分析 | 扫描电镜和透射电镜的样本固定(2.5%戊二醛和4%多聚甲醛)和观察年龄(3、5、10周) 阅读提示:Methods: TEM and advanced SEM, Results: 图4 |
| nephrin成熟分析 | Western blot中nephrin抗体(ABclonal A3048)识别a和b形式;EndoH消化条件 阅读提示:Methods: Antibodies, Results: 图5 |
| 体外细胞实验 | HRD1敲除细胞系的生成(CRISPR,guide序列);CHX实验浓度和时间(1 μg/mL BFA预处理30分钟,CHX 2和4小时) 阅读提示:Methods: Cell lines, In vitro drug treatment |