健康小鼠结肠单细胞转录组分析
探究FLNA编辑状态对肠道细胞转录组的影响
对FLNAR和FLNAQ小鼠结肠的CD45+和CD45-细胞进行scRNA-seq,并分析差异表达基因和信号通路。
Filamin A editing in myeloid cells reduces intestinal inflammation and protects from colitis
包含多种独立证据层级:单细胞转录组分析、DSS结肠炎模型、骨髓移植和条件性基因敲除小鼠、体外细胞功能实验,且明确包含功能验证和机制验证。
FLNAQ/FLNAR突变小鼠 DSS诱导的结肠炎小鼠模型 骨髓移植小鼠 髓系条件性表达FLNAR的FLNAQiR LysMCre小鼠
DSS浓度和时间(2-2.5% DSS饮水7天,随后3天正常饮水) 小鼠基因型(FLNAQ vs FLNAR) 骨髓移植后重建时间(8周) 细胞处理刺激条件(LPS、a23187、PMA、fMLP) 炎症指标(结肠长度、组织学评分、细胞因子、NETosis)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究FLNA编辑状态对肠道细胞转录组的影响
对FLNAR和FLNAQ小鼠结肠的CD45+和CD45-细胞进行scRNA-seq,并分析差异表达基因和信号通路。
评估FLNA编辑状态对肠道屏障功能和微生物组的影响
通过FITC-dextran测定体内外肠道通透性,并通过16S rRNA测序分析粪便微生物组组成及SCFA水平。
比较FLNAR和FLNAQ小鼠对DSS诱导结肠炎的易感性
给小鼠饮用含DSS的水7天,再正常饮水3天,评估体重变化、结肠长度、组织学评分和炎症指标。
确定FLNAR在哪种细胞类型中发挥保护作用
采用骨髓移植和条件性基因敲除小鼠(VavCre和LysMCre)验证髓系细胞中FLNAR的表达足以保护小鼠免受结肠炎。
探究FLNAR对巨噬细胞和中性粒细胞功能的影响
分离FLNAQ/FLNAR小鼠的骨髓中性粒细胞和BMDMs,进行LPS刺激测定细胞因子分泌,迁移实验和NETosis实验。
观察结肠炎过程中FLNA编辑水平的变化,并在人类样本中验证
通过amplicon测序检测小鼠结肠炎不同时间点的编辑水平,并分析人类结肠活检样本(健康、活动性UC、缓解期)的编辑水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| DSS诱导结肠炎 | 葡聚糖硫酸钠 | MP Biomedicals | 0216011080 |
| 肠道通透性测定 | 异硫氰酸荧光素-葡聚糖 | Merck/MilliporeSigma | FD4 |
| 微生物组耗竭 | 盐酸万古霉素 | Carl Roth GmbH + C. KG | 0242.3 |
| 硫酸链霉素 | Carl Roth GmbH + Co | 0236.1 | |
| 硫酸新霉素 | Carl Roth GmbH + Co | 8668.1 | |
| NETosis实验 | 钙离子载体a23187 | Merck/MilliporeSigma | C7522 |
| 佛波醇12-肉豆蔻酸酯13-乙酸酯 | Merck/MilliporeSigma | 19-144 | |
| 细胞因子检测 | LEGENDplex小鼠抗病毒反应检测试剂盒 | Biolegend | 740622 |
| 中性粒细胞分离 | 小鼠中性粒细胞分离试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-097-658 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| DSS诱导结肠炎 | DSS浓度(2-2.5%),处理时间(7天DSS+3天正常饮水),小鼠周龄(8-10周) 阅读提示:参见Methods 'Murine colitis models' |
| 基因组编辑小鼠 | FLNAQiR小鼠的构建及Cre重组酶表达(VavCre、LysMCre) 阅读提示:参见Methods 'Mice' 及图6A |
| 骨髓移植 | 照射剂量(2×6 Gy),骨髓细胞数(5×10^6),重建时间(8周) 阅读提示:参见Methods 'BM transplantation' |
| 微生物组耗竭 | 抗生素混合物(氨苄青霉素、万古霉素、链霉素、新霉素各1 mg/ml)处理时间(21天) 阅读提示:参见Methods 'Microbiome depletion' |
| 细胞功能实验 | LPS刺激浓度,fMLP梯度,NETosis诱导剂浓度(a23187 0.5 μM,PMA 0.1 nM) 阅读提示:参见Methods 'Neutrophil DNA release assay' 和 'Neutrophil migration speed measurements' |