单细胞RNA测序分析鉴定成纤维细胞标记物
确定能区分肝脏成纤维细胞与其他细胞类型的特异性基因。
整合scRNA-seq数据集,通过t-SNE聚类和差异表达基因分析,鉴定成纤维细胞特异性标记Cd34和Dpt。
Periductal fibroblasts participate in liver homeostasis, fibrosis, and tumorigenesis
结合scRNA-seq、遗传命运图谱、细胞耗竭和条件性基因敲除,多种证据交叉验证。
小鼠肝脏成纤维细胞(Cd34-CreER、Dpt-CreER标记) 小鼠肝内胆管癌(ICC)模型 小鼠胆汁性纤维化(DDC诱导)和中央静脉周围纤维化(CCl4诱导)模型 骨髓移植小鼠模型
他莫昔芬诱导方案(连续3天腹腔注射2mg他莫昔芬) Cd34-CreER和Dpt-CreER品系标记的成纤维细胞亚群 DDC诱导胆汁性纤维化的给药方案(0.1% DDC饮食,2-4周) ICC诱导的质粒剂量(20 μg NICD1、4 μg Akt、1 μg转座酶) Tgfbr2条件性敲除(Cd34creER; R26tdTomato; Tgfbr2fl/fl)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定能区分肝脏成纤维细胞与其他细胞类型的特异性基因。
整合scRNA-seq数据集,通过t-SNE聚类和差异表达基因分析,鉴定成纤维细胞特异性标记Cd34和Dpt。
验证Cd34-CreER和Dpt-CreER品系能否特异性标记目标成纤维细胞亚群。
生成Cd34creER和DptcreER敲入小鼠,与R26tdTomato报告小鼠杂交,通过免疫染色和流式细胞术验证标记特异性。
评估Cd34+和Dpt+成纤维细胞对肌成纤维细胞形成的贡献。
通过CCl4诱导中央静脉周围纤维化,DDC诱导门管区周围纤维化,共染色分析Col1+肌成纤维细胞中Tomato+细胞的比例。
评估Cd34+和Dpt+成纤维细胞对CAFs形成的贡献。
通过水动力尾静脉注射NICD/AKT质粒诱导ICC,分析肿瘤中CAFs的来源。
通过清除Cd34+细胞,研究其在稳态和疾病中的功能。
将Cd34creER与R26DTA小鼠杂交,通过他莫昔芬诱导DTA表达,分析胆管形态、纤维化和ICC进展的变化。
验证Tgfβ信号在Cd34+成纤维细胞形成肌成纤维细胞中的必要性。
将Cd34creER;R26tdTomato小鼠与Tgfbr2fl/fl小鼠杂交,在DDC模型中比较肌成纤维细胞形成。
排除Cd34-CreER标记的造血细胞对纤维化和肿瘤发生的贡献。
将Cd34creER;R26tdTomato小鼠的骨髓细胞移植到野生型受体,或反向移植,然后诱导疾病模型,追踪Tomato+细胞。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 基因工程小鼠构建 | Cd34creER小鼠 | 上海南方模式生物 | -- |
| DptcreER小鼠 | 上海南方模式生物 | -- | |
| 他莫昔芬诱导 | 他莫昔芬 | Sigma-Aldrich | -- |
| 纤维化诱导 | 3,5-二乙氧基羰基-1,4-二氢咔啉 | Future Biotech | -- |
| ICC诱导 | pT3-EF1a-NICD1质粒 | -- | -- |
| pT3-EF1a-HA-myr-Akt质粒 | -- | -- | |
| 免疫染色 | 抗aSma抗体 | Abcam | ab5694 |
| 抗CD31抗体 | R&D | AF3628 | |
| 抗F4/80抗体 | Bio-Rad | MCA497rt | |
| 抗CD34抗体 | Abcam | ab81289 | |
| 抗Reln抗体 | R&D | AF3820 | |
| 抗Col1抗体 | ABclonal | A1352 | |
| 抗Myh11抗体 | Atlas Antibodies | HPA015310 | |
| 抗Hnf4a抗体 | Abcam | ab181604 | |
| 驴抗兔Alexa Fluor 647二抗 | Invitrogen | A31573 | |
| 驴抗山羊Alexa Fluor 488二抗 | Invitrogen | A21432 | |
| 驴抗大鼠Alexa Fluor 488二抗 | Invitrogen | A21208 | |
| 驴抗山羊BV421二抗 | Jackson ImmunoResearch | 705-675-147 | |
| 流式细胞术 | 抗CD144 (VE-cadherin)-BV421抗体 | BD | 747749 |
| 抗CD45-APC抗体 | BioLegend | 103112 | |
| 抗Ter119-APC抗体 | BioLegend | 116212 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 小鼠品系与处理 | 他莫昔芬剂量、给药方式、年龄窗口;Cd34creER和DptcreER小鼠的构建细节 阅读提示:Methods: Mice |
| 纤维化诱导 | CCl4和DDC的剂量、给药途径、疗程 阅读提示:Methods: Induction of liver fibrosis |
| ICC诱导 | 质粒剂量、注射方法(水动力尾静脉)、小鼠周龄 阅读提示:Methods: Induction of ICC |
| 细胞耗竭 | R26DTA等位基因的激活条件、他莫昔芬处理时间 阅读提示:Materials and methods: Mice |
| Tgfbr2敲除 | Tgfbr2fl/fl小鼠与Cd34creER的杂交策略 阅读提示:Materials and methods: Mice |
| 骨髓移植 | 辐射剂量(1080 rad)、移植细胞数量 阅读提示:Methods: Bone marrow transplantation |