基于STARTRAC算法的肿瘤模型单细胞RNA测序数据分析揭示T细胞动态及治疗靶点

单细胞RNA测序是研究人类癌症及动物模型中细胞异质性、新型标记物与靶基因以及治疗机制的重要工具。本文通过基于PCA的亚群聚类结合STARTRAC算法的TCR追踪技术，分析了从多种小鼠肿瘤模型获取的T细胞单细胞RNA测序数据。该方法揭示了多个分化型T细胞亚群及激活状态，并证实了人类与小鼠肿瘤中T细胞亚群的对应关系。STARTRAC分析显示，外周T细胞亚群与肿瘤浸润性CD8+细胞、CD4+ Th1细胞及T调节细胞存在发育关联。此外，大量配对的TCRα/β序列使我们能够识别肿瘤中特定富集的公共配对TCR克隆。最后，我们鉴定出CCR8作为肿瘤相关T调节细胞的标记物，该标记物能优先清除肿瘤相关T调节细胞。研究表明，在CT26肿瘤模型中CCR8清除抗体治疗具有疗效优势，并在MC38和B16F10肿瘤模型中与抗PD-1治疗产生协同作用。