单细胞转录组分析免疫微环境
比较非VETC和VETC HCC组织中免疫细胞和内皮细胞的组成差异。
对6例非VETC和6例VETC HCC组织进行scRNA-seq,分析127,510个单细胞,鉴定主要细胞类型和亚群。
Vessels encapsulating tumor clusters promote noninvasive metastasis of hepatocellular carcinoma by shaping an immunosuppressive microenvironment
包含scRNA-seq、IHC、多重免疫荧光、细胞-细胞相互作用分析、Treg清除小鼠实验、VETC破坏与恢复实验等多个独立证据层级,并进行功能验证和机制验证。
人HCC组织样本(VETC与非VETC) Hepa1-6小鼠同种移植模型 LC-Rd53小鼠同种移植模型 NSG免疫缺陷小鼠模型
人HCC样本中VETC与非VETC的判定标准 Treg清除实验:抗CD25抗体剂量、给药时间及方案 VETC破坏实验:shAngpt2或Rebastinib处理及给药方案 VETC恢复实验:重组Angpt2的剂量和给药方式
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较非VETC和VETC HCC组织中免疫细胞和内皮细胞的组成差异。
对6例非VETC和6例VETC HCC组织进行scRNA-seq,分析127,510个单细胞,鉴定主要细胞类型和亚群。
验证VETC肿瘤中Tregs和CD8+ T细胞的数量、功能状态及空间分布。
对119例人HCC样本进行IHC和多重免疫荧光染色,检测Tregs、TNFRSF4+ Tregs、Ki67+ Tregs、PD1+CD8+ T细胞等,并进行空间距离分析。
分析Tregs与CD8+ T细胞之间的配体-受体相互作用。
使用CellPhoneDB分析Treg_TNFRSF4和Treg_MKI67与CD8_PDCD1的相互作用,并验证Galectin9-TIM3轴。
验证Tregs在VETC同种移植模型转移中的作用。
在Hepa1-6同种移植模型中,用抗CD25抗体清除Tregs,评估原发灶、肿瘤栓子和转移灶的免疫细胞及转移情况。
验证VETC结构是否通过TGF-β1塑造免疫抑制微环境。
通过shAngpt2或Rebastinib抑制Angpt2/Tie2信号破坏VETC,检测内皮TGF-β1表达和免疫细胞变化。
验证恢复VETC能否逆转免疫抑制表型。
对Hepa-shAngpt2同种移植物进行重组Angpt2补充,检测VETC形成和免疫细胞变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Corning | 0-013-CVRC |
| 胎牛血清 | Gibco | 10099141 | |
| 单细胞悬液制备 | 脱氧核糖核酸酶I | Sigma-Aldrich | AMPD1-1KT |
| 分散酶 | Corning | 354235 | |
| II型胶原酶 | Thermo Fisher | 17101015 | |
| IV型胶原酶 | Thermo Fisher | 17104019 | |
| 红细胞裂解液 | Beyotine | C3702 | |
| 死细胞去除试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-090-101 | |
| 单细胞测序 | Chromium系统 | 10x Genomics | -- |
| NovaSeq 6000 X测序仪 | Illumina | -- | |
| 慢病毒包装 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Thermo Fisher | L3000015 |
| Lenti-X HTX包装混合物 | Clontech | -- | |
| RNA提取和qPCR | TRIzol试剂 | Thermo Fisher | 15596026 |
| M-MLV逆转录酶 | Promega | M1701 | |
| SYBR Green qPCR预混液 | Bimake | B21202 | |
| 动物实验 | 基质胶 | R&D Systems | 3432-005-01 |
| Rebastinib | MedChemExpress | HY-13024 | |
| 重组小鼠Angpt2蛋白 | R&D Systems | 7186-AN-025 | |
| 免疫组化和免疫荧光 | OCT包埋剂 | SAKURA Finetekn | 4583 |
| Dako EnVision检测系统 | Dako Denmark A/S | K5007 | |
| 苏木素 | Leagene | DH0005 | |
| Vari Fluor 488 TSA | MedChemExpress | HY-D1837 | |
| Vari Fluor 555 TSA | MedChemExpress | HY-D1836 | |
| Vari Fluor 640 TSA | MedChemExpress | HY-D18364 | |
| DAPI | Sigma-Aldrich | D9542 | |
| 组织切片扫描 | Leica Aperio VERSA 200扫描仪 | Leica Biosystems | -- |
| Leica TCS SP8X共聚焦显微镜 | Leica Biosystems | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 人HCC样本收集 | 样本来源:中山大学肿瘤防治中心,2010-2022年,未接受术前治疗;VETC判定标准;样本量:119例(IHC) 阅读提示:Methods: Human tissue specimens,Results: Figure 1F-H |
| 单细胞RNA测序 | 样本量:6例非VETC和6例VETC;组织处理:酶消化和机械分离;建库平台:10x Genomics;测序平台:NovaSeq 6000 X;分析版本:Seurat 5.1.0,Cell Ranger 6.0.1 阅读提示:Methods: Preparation of single-cell suspension for scRNA-seq,scRNA-seq and data processing,Quantification of single-cell gene expression |
| Treg清除实验 | 小鼠:C57BL/6J,5周龄;细胞:Hepa1-6(6×10^5)接种于肝脏;抗CD25抗体剂量:200μg/次,第10、17、24天腹腔注射;取材时间:接种后4周 阅读提示:Methods: Mouse allograft models,Figure 5 legend |
| VETC破坏实验 | shAngpt2稳定敲低Hepa1-6;Rebastinib剂量:20mg/kg,每日一次,第10-21天;对照组:溶剂(40% PEG300, 53% saline, 5% Tween-80, 2% DMSO) 阅读提示:Methods: Mouse allograft models,Establishment of cell lines with stable knockdown of Angpt2,Figure 7 legend |
| VETC恢复实验 | 重组Angpt2剂量:0.2μg/每100mm^3肿瘤体积,瘤周注射,隔日一次,第7-15天 阅读提示:Methods: Mouse allograft models,Figure 8 legend |