验证RUNX1在SSc皮肤中的表达及其与疾病严重程度的关联
检验RUNX1表达是否在SSc皮肤中升高,并评估其与疾病严重程度的相关性。
分析多个公开转录组数据集(包括GSE9285等)和队列(86例患者),比较SSc与健康对照皮肤中RUNX1表达;分析RUNX1表达与mRSS和ILD的相关性;进行GSVA分析鉴定相关细胞信号通路。
RUNX1 is expressed in a subpopulation of dermal fibroblasts and is associated with disease severity of systemic sclerosis
结合患者皮肤转录组、DNA甲基化及单细胞测序分析,并通过siRNA、药物抑制和CRISPR敲除进行体外功能验证。
皮肤成纤维细胞(来自SSc患者和健康对照) 3D自组装皮肤组织模型 SSc患者皮肤活检样本
RUNX1在SSc皮肤和成纤维细胞中的表达水平及其与mRSS的关联 RUNX1基因位点CpG甲基化状态(低甲基化) siRNA敲低和CRISPR敲除RUNX1对ECM基因表达的影响 Ro5-3335抑制RUNX1对成纤维细胞增殖、收缩和3D组织形成的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
检验RUNX1表达是否在SSc皮肤中升高,并评估其与疾病严重程度的相关性。
分析多个公开转录组数据集(包括GSE9285等)和队列(86例患者),比较SSc与健康对照皮肤中RUNX1表达;分析RUNX1表达与mRSS和ILD的相关性;进行GSVA分析鉴定相关细胞信号通路。
确定RUNX1在皮肤成纤维细胞中的具体表达亚群。
分析公开的scRNA-seq数据(GSE138669,12例dcSSc和10例健康对照),对成纤维细胞进行聚类,检测RUNX1在不同亚群的表达,并分析与纤维化相关基因(FN1、LUM等)的共表达。
检验TGF-β信号是否诱导RUNX1表达。
用TGF-β1处理分离的正常成纤维细胞,检测RUNX1蛋白水平;分析公开的微阵列数据(GSE12493)中TGF-β1处理对SSc成纤维细胞RUNX1表达的时间效应;并分析fresolimumab(TGF-β抑制剂)临床试验数据中RUNX1表达变化。
确定RUNX1敲低对成纤维细胞基因表达和ECM相关通路的影响。
对SSc成纤维细胞转染siRUNX1或siNC,进行scRNA-seq(GSE312591),分析差异表达基因、通路富集、细胞周期和ECM模块评分。
检验RUNX1启动子区域的甲基化状态是否与其表达相关。
对2D和3D培养的SSc和健康成纤维细胞进行全基因组DNA甲基化分析(Illumina EPIC阵列),鉴定RUNX1位点的差异甲基化区域;用DNA甲基转移酶抑制剂5-AZA处理细胞验证甲基化对RUNX1表达的影响。
检验RUNX1缺失或抑制是否影响成纤维细胞活化、增殖、收缩和ECM产生。
使用CRISPR/Cas9生成RUNX1敲除成纤维细胞,检测α-SMA表达;用Ro5-3335抑制RUNX1活性,检测ECM基因(FN1、COL1A1等)表达、细胞增殖、胶原凝胶收缩和3D自组装组织模型中的基质形成。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| DNA甲基化分析 | Infinium MethylationEPIC 芯片 | Illumina | -- |
| 药物处理 | Ro5-3335 | -- | -- |
| 5-氮杂-2'-脱氧胞苷 (5-AZA) | -- | -- | |
| 细胞培养 | fresolimumab | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者队列分析 | 样本来源(前臂/侧腹)、疾病亚型(lcSSc/dcSSc)、疾病分期(早期/晚期)、样本量(86例基线) 阅读提示:结果部分Fig 1及补充材料,数据集GSE9285等 |
| 单细胞RNA-seq分析 | 数据集GSE138669,12例dcSSc和10例健康对照,样本部位(前臂),聚类数目(10) 阅读提示:结果部分Fig 2,方法部分 |
| TGF-β刺激实验 | 细胞类型(正常成纤维细胞)、TGF-β1浓度(50 pM)和处理时间(0-24小时) 阅读提示:结果部分Fig 3A-D,方法部分 |
| siRNA敲低实验 | 细胞系(SSc成纤维细胞)、siRNA序列(siRUNX1/ siNC)、转染条件、培养时间 阅读提示:结果部分Fig 3E-M,补充方法 |
| DNA甲基化分析 | 细胞培养条件(2D/3D)、EPIC芯片平台、差异甲基化阈值、5-AZA处理浓度和时间 阅读提示:结果部分Fig 4,补充方法 |
| 功能实验 | CRISPR敲除细胞系构建、Ro5-3335浓度(20 μM)、处理时间、胶原浓度、3D组织模型构建 阅读提示:结果部分Fig 5 |