样本采集与患者纳入
收集健康对照、LS患者和HSIL患者的外阴、阴道和肛门拭子,以进行微生物组分析。
从10名健康志愿者、5名HSIL患者和10名LS患者采集外阴、阴道和肛门拭子,外阴采样部位取决于病变位置,同时采集非病变部位。
The vulvar microbiome in lichen sclerosus and high-grade intraepithelial lesions
研究包含队列比较、宏基因组测序及生物物理测量,但样本量小,缺乏功能或机制验证,属于中等级别。
外阴皮肤拭子样本(健康对照、LS、HSIL) 阴道拭子样本 肛门拭子样本
疾病组与健康对照的样本量:LS (n=10), HSIL (n=5), 健康 (n=10) 取样部位:外阴(病变和非病变)、阴道、肛门 宏基因组测序平台:Illumina NovaSeq6000,目标深度3.3百万reads/样本 生物物理测量:经皮水分丢失(TEWL)和pH值 统计分析:LEfSe分析(LDA得分>4.0)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
收集健康对照、LS患者和HSIL患者的外阴、阴道和肛门拭子,以进行微生物组分析。
从10名健康志愿者、5名HSIL患者和10名LS患者采集外阴、阴道和肛门拭子,外阴采样部位取决于病变位置,同时采集非病变部位。
从拭子样本中提取DNA并进行宏基因组鸟枪法测序,以分析微生物组组成。
使用Quick-DNA Fecal/Soil Microbe Miniprep试剂盒提取DNA,包括阳性和阴性对照。文库制备使用Illumina DNA PCR-Free Prep试剂盒,在NovaSeq6000平台上测序,目标深度3.3百万reads/样本。
评估外阴皮肤屏障功能和pH值,以关联微生物组变化。
使用AquaFlux AF200系统测量经皮水分丢失,使用电子pH探针测量外阴pH,使用pH试纸测量阴道pH。
处理测序数据并分析微生物组组成差异。
使用bowtie2去除宿主基因组,fastp进行质量修剪,MetaPhlAn分析微生物群落组成,LEfSe分析差异丰度,R包进行多样性和统计分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 样本采集 | DNA/RNA Shield采集管含拭子 | Zymo Research | -- |
| DNA提取 | Quick-DNA粪便/土壤微生物小提试剂盒 | Zymo Research | D6010 |
| ZymoBIOMICS微生物群落标准品 | Zymo Research | D6300 | |
| Precellys 24均质器 | Bertin Technologies | -- | |
| DNA定量 | Qubit 4荧光计 | Invitrogen | -- |
| 测序文库制备 | DNA PCR-Free文库制备试剂盒 | Illumina | -- |
| 测序 | NovaSeq6000测序平台 | Illumina | -- |
| TEWL测量 | AquaFlux AF200系统 | Biox | -- |
| pH测量 | 皮肤pH计PH905 | Courage and Khazaka | -- |
| pH试纸 | Macherey-Nagel | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 样本采集 | 外阴采样部位(病变和非病变)、阴道和肛门拭子采集方法、洗脱期、采样前限制条件 阅读提示:Methods - Microbiome characterization - Sample collection |
| DNA提取 | 试剂盒型号、均质器参数、离心条件、洗脱体积、DNA定量方法 阅读提示:Methods - Microbiome characterization - DNA extraction |
| 宏基因组测序 | 文库制备试剂盒、测序平台、目标测序深度、质量控制标准(如DNA浓度) 阅读提示:Methods - Microbiome characterization - Metagenomic shotgun sequencing |
| 生物物理评估 | TEWL测量条件(温度、湿度、适应时间)、pH测量方法、读数次数 阅读提示:Methods - Biophysical assessments |
| 生物信息学分析 | 宿主去除参考基因组、质量控制参数、MetaPhlAn版本、LEfSe分析参数(LDA得分) 阅读提示:Methods - Bioinformatic processing |