ICC小鼠模型的建立与CAF来源鉴定
建立ICC小鼠模型,并通过遗传谱系示踪确定CAF的细胞来源。
通过流体动力学尾静脉注射在Lrat-Cre TdTomato Col1a1-GFP小鼠中诱导YAP/AKT或KRAS/p19驱动的ICC,利用谱系示踪标记HSC来源的CAF。
Promotion of cholangiocarcinoma growth by diverse cancer-associated fibroblast subpopulations
本研究包含多种独立证据层级:遗传谱系示踪、单细胞RNA测序、配体-受体分析、CAF消耗小鼠模型、条件性基因敲除(Col1a1、Has2、Hgf、Met等)以及患者生存分析,并进行了功能验证和机制验证。
YAP/AKT诱导的肝内胆管癌小鼠模型 KRAS/p19诱导的肝内胆管癌小鼠模型 人肝内胆管癌细胞系HuCCT-1 人肝内胆管癌组织样本
肝星状细胞(HSC)是CAF的主要来源(Lrat-Cre谱系示踪) CAF亚型(iCAF和myCAF)的鉴定及其与肿瘤细胞的配体-受体相互作用 CAF消耗(iDTR或αSMA-TK)对肿瘤生长的影响 HSC选择性敲除Has2或Hgf对肿瘤生长的影响 Col1a1缺失对肿瘤硬度及肿瘤生长的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立ICC小鼠模型,并通过遗传谱系示踪确定CAF的细胞来源。
通过流体动力学尾静脉注射在Lrat-Cre TdTomato Col1a1-GFP小鼠中诱导YAP/AKT或KRAS/p19驱动的ICC,利用谱系示踪标记HSC来源的CAF。
通过单细胞RNA测序分析CAF异质性,并鉴定CAF亚群及其与肿瘤细胞的相互作用。
对ICC小鼠肿瘤和人ICC样本进行scRNA-seq,通过转录组特征将CAF分为iCAF、myCAF和mesCAF亚群,并使用CellPhoneDB分析配体-受体相互作用。
通过遗传或药物手段消耗CAF,评估其对ICC生长的影响。
使用Lrat-Cre iDTR小鼠或αSMA-TK小鼠分别消耗HSC来源的CAF或αSMA阳性CAF,通过白喉毒素或更昔洛韦处理,观察肿瘤生长指标。
评估CAF来源的Col1a1对肿瘤硬度和肿瘤生长的作用。
通过Lrat-Cre或Mx1-Cre条件性敲除Col1a1,通过流变学测量肿瘤硬度,并通过YAP表达分析机械转导,同时评估肿瘤生长。
验证myCAF表达的Has2在ICC生长中的作用及机制。
通过Lrat-Cre条件性敲除Has2,检测肿瘤生长、肿瘤细胞增殖、透明质酸水平及YAP/TAZ表达,并进行CD44敲除和体外HA处理实验。
验证iCAF表达的HGF通过MET受体促进ICC生长的机制。
分别通过Lrat-Cre和AAV8-TBG-Cre敲除Hgf(在HSC中)和Met(在肿瘤细胞中),评估肿瘤生长变化;并利用体外实验验证HGF促进肿瘤细胞增殖和ERK/AKT磷酸化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | ThermoFisher Scientific | #11965118 |
| 胎牛血清 | GeminiBio | # 900-108 | |
| 药物处理 | 重组小鼠HGF蛋白 | R&D | #2207-HG |
| 重组人HGF蛋白 | R&D | #294-HG | |
| U-0126 ERK抑制剂 | Cayman Chemical | #70970 | |
| 更昔洛韦 | Invivogen | sud-gcv | |
| 白喉毒素 | Millipore Sigma | D0564 | |
| 细胞分离 | 胶原酶D | Millipore Sigma | 11088882001 |
| 脱氧核糖核酸酶I | Millipore Sigma | 10104159001 | |
| Percoll分离液 | Millipore Sigma | P4937 | |
| Nycodenz分离液 | Cosmobio | 1002424 | |
| Western blot | PhosSTOP磷酸酶抑制剂 | Millipore Sigma | 4906845001 |
| cOmplete蛋白酶抑制剂混合物 | Millipore Sigma | 11836153001 | |
| 硝酸纤维素膜 | Millipore Sigma | GE10600006 | |
| ELISA | 透明质酸ELISA试剂盒 | R&D | DY3614 |
| 小鼠HGF ELISA试剂盒 | R&D | DY2207 | |
| 免疫组化 | Vectastatin Elite ABC-HRP试剂盒 | Vector Laboratories | PK-6100 |
| DAB过氧化物酶底物试剂盒 | Vector Laboratories | SK-4100 | |
| 细胞增殖 | BrdU细胞增殖试剂盒 | Millipore Sigma | 2752 |
| Quant-iT PicoGreen dsDNA检测试剂盒 | ThermoFisher Scientific | P11496 | |
| 单细胞RNA测序 | Chromium单细胞3'试剂盒v2 | 10x Genomics | PN-120237 |
| Chromium单细胞3'试剂盒v3 | 10x Genomics | PN-1000268 | |
| RNAscope | RNAscope多重荧光试剂盒v2 | Advanced Cell Diagnostic | 323100 |
| RNAscope探针-Mm-Has2-C2 | Advanced Cell Diagnostic | 465171-C2 | |
| RNAscope探针-Mm-Hgf-C3 | Advanced Cell Diagnostic | 315631-C3 | |
| 动物实验 | AAV8-TBG-Cre病毒 | Addgene | 107787-AAV8 |
| 聚肌胞苷酸 | GE Healthcare | 27473201 | |
| 流式细胞术 | Ghost Dye Red 780活力染料 | Tonbo biosciences | 13-0865 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| ICC模型诱导 | 质粒组合, hydrodynamic tail vein injection剂量,小鼠年龄(6-7周),性别(雄性) 阅读提示:Methods: Plasmids and Cholangiocarcinoma Mouse Models |
| CAF消耗 | Lrat-Cre iDTR或αSMA-TK基因型,白喉毒素或更昔洛韦剂量和给药途径,治疗时间窗口(最后两周) 阅读提示:Methods: Mice; Figure 3 legends |
| 单细胞RNA测序 | ICC模型(YAP/AKT或KRAS/p19),细胞分选策略(Col1a1-GFP和TdTomato),10x Genomics试剂盒版本,测序平台 阅读提示:Methods: Single Cell RNA-Sequencing |
| 条件性基因敲除 | Cre转基因(Lrat-Cre或Mx1-Cre)及对应floxed等位基因,AAV8-TBG-Cre剂量和给药途径,敲除效率验证 阅读提示:Methods: Mice; Figure 5, 6, 7 legends |
| 细胞增殖实验 | 细胞系(HuCCT-1、CGKP19等),HGF浓度(25 ng/ml),处理时间(48小时),MEK抑制剂浓度(5 μM) 阅读提示:Methods: Cell Culture |
| 流变学测量 | 肿瘤样本处理,流变仪型号,剪切应变参数(2%),频率(1 rad/s) 阅读提示:Methods: Rheometry |