临床队列分析
评估TLS状态对非pCR ESCC患者术后复发和生存的预测价值。
回顾性收集两个独立临床队列患者的临床病理数据,评估TLS状态,进行生存分析。
Tertiary lymphoid structures correlate with reduced recurrence risk and enhanced antitumor immunity in esophageal squamous cell carcinoma with pathologic non-complete response to neoadjuvant chemoimmunotherapy
包含多中心临床队列、单细胞测序、批量RNA测序、多重免疫组化等多个独立证据层级,并进行了功能验证和机制验证。
非pCR食管鳞癌患者队列 CD45+免疫细胞单细胞测序 FFPE组织切片
TLS状态评估标准及分期 单细胞测序的样本量和细胞分选方法 多重免疫组化的抗体和成像分析 复发和生存的统计分析方法
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估TLS状态对非pCR ESCC患者术后复发和生存的预测价值。
回顾性收集两个独立临床队列患者的临床病理数据,评估TLS状态,进行生存分析。
描绘不同TLS状态下免疫细胞的组成、功能状态和相互作用。
对7例患者的术后残余肿瘤组织进行scRNA-seq和scTCR/BCR-seq,分析T细胞、B细胞、髓系细胞等亚群。
验证关键基因表达模式和细胞空间分布。
对30例患者的肿瘤组织进行bulk RNA-seq和mIHC,验证TLS相关免疫特征。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 单细胞测序 | MACS组织保存液 | Miltenyi Biotec | -- |
| 10x Genomics Chromium控制器 | 10x Genomics | -- | |
| Chromium单细胞5'文库与凝胶微珠试剂盒 | 10x Genomics | -- | |
| V(D)J富集试剂盒 | 10x Genomics | -- | |
| 质量控制 | Qubit 4荧光计 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Bioanalyzer 2200 | Agilent | -- | |
| 批量RNA测序 | RNeasy试剂盒 | Qiagen | -- |
| TruSeq链式mRNA文库制备试剂盒 | illumina | -- | |
| 多重免疫组化 | PANO多重免疫组化试剂盒 | Panovue | -- |
| 抗CD3抗体 | Cell Signaling Technology | 85061 | |
| 抗CD20抗体 | Cell Signaling Technology | 74332 | |
| 抗CD21抗体 | Abcam | ab227668 | |
| 抗CD23抗体 | Abcam | ab254162 | |
| 抗CD4抗体 | Abcam | ab133616 | |
| 抗CD8抗体 | Abcam | ab178089 | |
| 抗FOXP3抗体 | Cell Signaling Technology | 98377s | |
| 抗PD-1抗体 | Abcam | ab52587 | |
| 抗CD68抗体 | Abcam | ab955 | |
| 抗CD14抗体 | Abcam | ab183322 | |
| 抗VEGFA抗体 | Abcam | ab213244 | |
| 抗CXCL13抗体 | Abcam | ab246518 | |
| 抗CD1C抗体 | Abcam | ab156708 | |
| 抗KI67抗体 | Abcam | ab16667 | |
| TissueFAXS Spectra | TissueGnostics | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| TLS评估 | TLS成熟阶段的分类标准(LA、pTLS、sTLS) 阅读提示:参见Methods中"TLS evaluation"部分 |
| 单细胞测序 | 样本量(7例)、CD45+细胞分选、10x Genomics平台 阅读提示:参见Methods中"Single-cell sequencing"部分 |
| 多重免疫组化 | 抗体列表及克隆号、PANO试剂盒、成像系统 阅读提示:参见Methods中"Multiplex immunohistochemistry"部分 |
| 统计分析 | 统计学方法(Logistic回归、Cox模型、Kaplan-Meier分析) 阅读提示:参见Methods中"Statistical analyses"部分 |