临床样本关联分析
探讨牙周炎与NAFLD的相关性
纳入12543例NAFLD患者,分析PD合并NAFLD的发病率;收集肝组织和血清样本进行病理和血清学检测;进行血清RNA测序分析。
Porphyromonas gingivalis OMVs Activate Macrophage-Hepatic Stellate Cells via Thbs1/TGF-β Signalling in NAFLD
包含临床样本分析、小鼠疾病模型、体外细胞实验、RNA测序和机制抑制剂验证,涵盖了从表型到机制的多个独立证据层级。
C57BL/6J小鼠高脂饮食诱导NAFLD模型 C57BL/6J小鼠结扎诱导牙周炎模型 RAW264.7巨噬细胞(ATCC TIB-71) 小鼠原代肝星状细胞
P. gingivalis OMVs给药途径(牙周膜注射)和剂量(10 μg/只,每周3次) LSKL(Thbs1抑制剂)给药剂量(30 mg/kg体重) 体外MΦs刺激条件(25 μg/mL P. gingivalis OMVs或0.1 μg/mL LPS作用24小时) HSCs处理条件(MΦs上清或P. gingivalis OMVs作用12小时) 主要检测指标(ALT、AST、α-SMA、TGF-β1、Thbs1等)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探讨牙周炎与NAFLD的相关性
纳入12543例NAFLD患者,分析PD合并NAFLD的发病率;收集肝组织和血清样本进行病理和血清学检测;进行血清RNA测序分析。
验证牙周炎或P. gingivalis OMVs对高脂饮食诱导NAFLD的促进作用
C57BL/6J小鼠喂养ND或HFD,结扎诱导牙周炎,牙周膜注射P. gingivalis OMVs或PBS,检测肝损伤、脂肪变性和纤维化指标。
确认所提取的P. gingivalis OMVs的纯度和特性
从P. gingivalis ATCC 33277培养物中通过超速离心提取OMVs,通过NTA、TEM和蛋白质组学分析进行表征。
探究P. gingivalis OMVs对巨噬细胞表型的影响
用P. gingivalis OMVs或LPS刺激RAW264.7巨噬细胞24小时,检测M1/M2标志物表达、细胞形态和信号通路。
明确P. gingivalis OMVs是否通过巨噬细胞间接激活HSCs
用P. gingivalis OMVs直接处理HSCs,或用经OMVs预处理的MΦs的条件培养基培养HSCs,检测活化标志物和纤维化相关基因表达。
验证Thbs1/TGF-β信号通路在HSC活化中的作用
通过RNA测序分析差异表达基因和富集通路,并用LSKL抑制Thbs1,检测TGF-β信号通路蛋白和mRNA水平变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细菌培养和OMV制备 | 牙龈卟啉单胞菌ATCC 33277 | -- | -- |
| 细菌培养 | 脑心浸液琼脂 | -- | -- |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| 细胞刺激 | 大肠杆菌脂多糖 | Sigma | -- |
| 荧光标记 | PKH26荧光染料 | -- | -- |
| Western blot | RIPA裂解缓冲液 | ThermoFisher | 89900 |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| ECL化学发光试剂盒 | -- | -- | |
| LAS-41000成像仪 | -- | -- | |
| qRT-PCR | TRIzol试剂 | -- | -- |
| MMLV逆转录酶 | -- | -- | |
| oligo-dT引物 | -- | -- | |
| QuantStudio 12K Flex实时荧光定量PCR系统 | -- | -- | |
| 流式细胞术 | FACScan流式细胞仪 | -- | -- |
| 组织切片扫描 | 全景切片扫描仪 | -- | -- |
| 组织病理学 | Masson三色染色试剂盒 | -- | -- |
| 油红O染色试剂盒 | Abcam | ab150678 | |
| 免疫组化 | α-SMA抗体 | Proteintech | 14395-1-AP |
| TGF-β1抗体 | Abcam | ab215715 | |
| MPO抗体 | Abcam | ab208670 | |
| Thbs1抗体 | Abcam | ab267388 | |
| 免疫荧光 | CD86抗体 | Abcam | ab119857 |
| iNOS抗体 | Abcam | ab178945 | |
| IL-6抗体 | Abcam | ab290735 | |
| TGF-β1抗体 | Proteintech | 81746-2-RR | |
| TNF-α抗体 | Abcam | ab215188 | |
| αSMA抗体 | Proteintech | 14395-1-AP | |
| IL-1β抗体 | Abcam | ab315084 | |
| TIMP1抗体 | -- | F31 P2 A5 | |
| Western blot | TGF-β1抗体 | Proteintech | 81746-2-RR |
| αSMA抗体 | Proteintech | 14395-1-AP | |
| Thbs1抗体 | Abcam | ab267388 | |
| iNOS抗体 | Abcam | ab178945 | |
| CD86抗体 | Proteintech | 13395-1-AP | |
| IL-1β抗体 | Abcam | ab315084 | |
| IL-6抗体 | Abcam | ab290735 | |
| TIMP1抗体 | -- | F31 P2 A5 | |
| TNF-α抗体 | Abcam | ab215188 | |
| TGF-βR2抗体 | Abcam | ab259360 | |
| SMAD2抗体 | Abcam | ab280888 | |
| SMAD3抗体 | Abcam | ab208182 | |
| 动物实验 | LSKL多肽 | -- | -- |
| Cy7荧光染料 | -- | -- | |
| IVIS Spectrum小动物活体成像系统 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本 | NAFLD患者诊断标准、牙周炎严重程度指标(CPI评分)、样本量及分组 阅读提示:Methods: Subjects, Human specimens |
| 动物模型 | 小鼠品系、性别、周龄、饲料类型及喂养时间、牙周炎诱导方法、P. gingivalis OMVs给药剂量和频率、LSKL给药剂量 阅读提示:Methods: Animals, Figure 2 legend |
| OMV制备与给药 | P. gingivalis培养条件、OMV分离方法、OMV表征、给药途径和剂量 阅读提示:Methods: Preparation and identification of P. gingivalis OMVs, In vivo imaging |
| 细胞实验 | 细胞系来源、培养条件、刺激物浓度和时间、HSC与MΦ共培养条件 阅读提示:Methods: Cell cultures, P. gingivalis OMVs labelling and uptake assay |
| 分子检测 | 抗体及其稀释度、蛋白上样量、qRT-PCR引物序列、RNA-seq分析参数 阅读提示:Methods: Immunoblotting analyses, Quantitative RT-PCR, RNA sequencing analyses |