单细胞转录组分析
鉴定集合淋巴管及其周围组织中表达Trpv4的细胞类型。
从C57BL/6J小鼠的4个解剖区域(腹股沟腋窝、浅表颈、腘窝传入、肠系膜)收集集合淋巴管,进行scRNAseq,鉴定细胞类型并分析Trpv4表达。
Regulation of Collecting Lymphatic Vessel Contractile Function by TRPV4 Channels
包含单细胞RNA测序、压力肌动图、钙成像、转基因小鼠模型、患者样本等多个证据层级,并进行功能验证和机制验证。
小鼠离体集合淋巴管(腹股沟腋窝淋巴管等) 小鼠基因敲除模型(Trpv4fx/fx,Prox1-CreERT2,LysM-Cre) 乳腺癌相关淋巴水肿患者皮肤活检组织
GSK1016790A浓度(10 nmol/L) TRPV4拮抗剂GSK2193874浓度(100 nmol/L) COX抑制剂吲哚美辛浓度(10 µmol/L) TXA2R拮抗剂terutroban(S18886)浓度(20 nmol/L) IP3R敲除小鼠(Myh11-CreERT2;Ip3r1fx/fx;Ip3r2fx/fx;Ip3r3fx/fx)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定集合淋巴管及其周围组织中表达Trpv4的细胞类型。
从C57BL/6J小鼠的4个解剖区域(腹股沟腋窝、浅表颈、腘窝传入、肠系膜)收集集合淋巴管,进行scRNAseq,鉴定细胞类型并分析Trpv4表达。
验证TRPV4在淋巴管壁中的定位和表达,以及LYVE1+巨噬细胞的分布。
对分离的淋巴管进行免疫荧光染色,使用抗TRPV4、抗LYVE1和抗F4/80抗体,共聚焦显微镜成像。
评估TRPV4激活对集合淋巴管收缩功能的影响。
将小鼠腹股沟腋窝淋巴管分离、插管并加压,在无流动条件下记录收缩活动,应用TRPV4激动剂GSK101,并应用各种抑制剂和基因敲除小鼠。
观察TRPV4激活时髓系细胞的钙反应。
使用LysM-Cre;Salsa6f小鼠(表达GCaMP6f和tdTomato)的淋巴管,施加GSK101,通过高速共聚焦显微镜记录细胞内钙变化。
评估乳腺癌相关淋巴水肿患者中LYVE1+TRPV4+巨噬细胞的浸润情况。
采集乳腺癌相关淋巴水肿患者的受影响和未受影响手臂的皮肤活检,进行荧光免疫组化染色,计数LYVE1和TRPV4共表达细胞。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物模型构建 | 他莫昔芬 | Sigma | S5007-250ML |
| GSK2193874 | -- | -- | |
| 压力肌动图 | GSK1016790A | -- | -- |
| 吲哚美辛 | -- | -- | |
| U46619 | -- | -- | |
| 特鲁曲班 | -- | -- | |
| 尼卡地平 | -- | -- | |
| L-NAME | -- | -- | |
| 免疫荧光 | 抗LYVE1抗体 | Novus Biologicals | NBP1-43411 |
| 抗TRPV4抗体 | Novus Biologicals | NBP2-41262 | |
| 抗F4/80抗体 | Bio-Rad | MCA497GA | |
| DAPI | -- | -- | |
| 抗LYVE1抗体 | R&D Systems | AF2125 | |
| 抗TRPV4抗体 | Novus Biologicals | NBP2-41262 | |
| 二抗 | Thermo Fisher Scientific | A-11055 | |
| 二抗 | Thermo Fisher Scientific | A-21207 | |
| DAPI | Molecular Probes/Invitrogen | D4571 | |
| Fluoromount-G | SouthernBiotech | -- | |
| 共聚焦显微镜 | ANDOR Dragonfly 202 | -- | |
| RT-PCR | Arcturus PicoPure RNA 分离试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| iScript cDNA合成试剂盒 | Bio-Rad Laboratories | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | 小鼠品系和基因型,Cre重组酶诱导方法(他莫昔芬剂量和给药方案) 阅读提示:Methods, Animals; Cre-Recombinase |
| 压力肌动图 | 淋巴管分离的解剖区域,压力设置,浴液成分,温度,GSK101浓度,抑制剂预处理浓度和时间 阅读提示:Methods, Solutions and Chemicals; Microdissection of Collecting Lymphatic Vessels and Pressure Myography |
| scRNAseq | 组织解离酶和条件,细胞投入数,测序平台,分析参数(如聚类分辨率) 阅读提示:Methods, scRNAseq and Data Analysis; 补充方法 |
| 免疫荧光 | 抗体浓度,固定方法,通透和封闭条件,成像设置 阅读提示:Methods, Immunofluorescence Staining and Confocal Microscopy |
| 人类样本 | 患者纳入标准,活检部位,组织处理,抗体浓度,图像分析方法 阅读提示:Methods, Human Tissue Biopsies and Fluorescence Immunohistochemical Staining and Imaging of LYVE1 and TRPV4 |