全表型组关联分析
评估CD70遗传变异与人类血管疾病表型的关联。
使用BioVU生物库中12,834名欧洲裔成年人的基因型数据,对CD70 SNP rs11458827进行PheWAS分析,关联表型为“外周血管疾病,未特指”。
Expression of CD70 Modulates Nitric Oxide and Redox Status in Endothelial Cells
包含体外细胞模型(HAEC/HPAEC)、siRNA敲低与过表达功能验证、生物传感器实时检测、表达分析、全表型组关联分析和机制探索。
人主动脉内皮细胞 人肺动脉内皮细胞
CD70敲低效率(>90% mRNA抑制)和过表达验证 eNOS蛋白和mRNA表达变化 实时NO(c-geNOp)、H2O2(Hyper7.2)和钙成像 PheWAS分析中SNP rs11458827与血管疾病的关联
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估CD70遗传变异与人类血管疾病表型的关联。
使用BioVU生物库中12,834名欧洲裔成年人的基因型数据,对CD70 SNP rs11458827进行PheWAS分析,关联表型为“外周血管疾病,未特指”。
确定CD70缺失对内皮细胞功能的影响。
使用siRNA敲低HAEC和HPAEC中的CD70,评估伤口愈合、eNOS表达、NO水平、ROS水平及相关蛋白变化。
确定CD70过表达对内皮功能的影响,及其对TNFα诱导的eNOS下调的抑制作用。
使用mCherry标记的CD70过表达质粒转染HPAECs,评估伤口愈合、NO水平和eNOS表达,并在TNFα处理下检测eNOS mRNA。
阐明CD70调节NO和ROS的分子机制。
检测eNOS、Hsp90、NOX1、gp91phox、SOD1/2、过氧化氢酶、GPx1的表达和活性,并进行实时NO、H2O2和钙成像。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | EBM-2培养基 | Lonza | -- |
| EGM-2添加剂 | Lonza | -- | |
| 肿瘤坏死因子-α | R&D Biosystems | -- | |
| 无糖培养基 | Cell Biologics | -- | |
| siRNA处理 | OnTARGETplus短干扰RNA智能池 | Dharmacon | L-009952-00-0005 |
| OnTARGETplus非靶向乱序对照siRNA | Dharmacon | D-001810-10-05 | |
| Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Life Technologies | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| NP-40裂解液 | -- | -- | |
| 蛋白酶和磷酸酶抑制剂混合物 | ThermoFisher Scientific | -- | |
| 去污剂兼容的Lowry测定 | Bio-Rad | -- | |
| Trans-Blot Turbo系统 | Bio-Rad | -- | |
| 3-硝基酪氨酸抗体 | Cell Signaling Technology | 9691 | |
| 过氧化氢酶抗体 | Athens Research and Technology | 01-05-030000 | |
| 小窝蛋白-1抗体 | Cell Signaling Technology | 3267 | |
| CD70抗体 | R&D Systems | AF-2738 | |
| eNOS抗体 | Cell Signaling Technology | 32027 | |
| gp91phox抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-130543 | |
| GPx1抗体 | MBL International | M015-3 | |
| Hsp90抗体 | Cell Signaling Technology | 4877 | |
| mCherry抗体 | Cell Signaling Technology | 43590 | |
| NOX1抗体 | Proteintech | 17772-1-AP | |
| SOD1抗体 | Cell Signaling Technology | 4266 | |
| SOD2抗体 | Cell Signaling Technology | 13141 | |
| 抗小鼠二抗 | Cell Signaling Technology | 7076 | |
| 抗兔二抗 | Cell Signaling Technology | 7074 | |
| 抗山羊二抗 | Abcam | ab205723 | |
| WesternBright增强化学发光试剂盒 | Advansta | -- | |
| ChemiDoc成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| GPx活性测定 | 谷胱甘肽过氧化物酶活性检测试剂盒 | Cayman Chemical | -- |
| cGMP测定 | 3-异丁基-1-甲基黄嘌呤 | -- | -- |
| 三磷酸腺苷 | -- | -- | |
| cGMP酶联免疫吸附测定试剂盒 | Enzo Life Sciences | -- | |
| 硝酸盐/亚硝酸盐测定 | 硝酸盐/亚硝酸盐检测试剂盒 | Cayman Chemical | -- |
| RT-qPCR | RNeasy小提试剂盒 | Qiagen | -- |
| NanoDrop One系统 | ThermoFisher Scientific | -- | |
| 高容量cDNA反转录试剂盒 | Applied Biosystems | -- | |
| TaqMan通用PCR试剂盒 | ThermoFisher Scientific | -- | |
| 7900HT快速实时PCR仪 | Applied Biosystems | -- | |
| PheWAS | Illumina多民族基因分型芯片(MEGAEX) | Illumina | -- |
| 划痕愈合实验 | 尼康TE2000-S显微镜 | Nikon | -- |
| ImageJ软件 | -- | -- | |
| 实时成像 | 表达c-geNOp的腺病毒载体 | -- | -- |
| Fura-2 AM | ThermoFisher Scientific | -- | |
| Hyper7.2生物传感器质粒 | -- | -- | |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Life Technologies | -- | |
| 二氢乙啶 | ThermoFisher | -- | |
| 甲萘醌 | -- | -- | |
| 聚乙二醇化超氧化物歧化酶 | Sigma-Aldrich | -- | |
| CD70过表达 | Q5高保真DNA聚合酶 | New England Biolabs | -- |
| pcDNA3.1(-)载体 | -- | -- | |
| 快速连接试剂盒 | New England Biolabs | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞类型(HAECs/HPAECs)和代数;培养基和补剂;培养条件(37°C, 5% CO2, 95%湿度);TNF-α浓度和处理时间;低氧处理条件 阅读提示:Methods: Cell Culture |
| siRNA敲低 | siRNA序列或目录号;转染试剂;转染后分析时间(2-4天) 阅读提示:Methods: siRNA Treatment |
| 实时NO成像 | c-geNOp腺病毒MOI;成像缓冲液成分;ATP刺激浓度;成像参数(激发/发射波长) 阅读提示:Methods: Real-Time NO, Calcium, and Hydrogen Peroxide Imaging |
| 实时H2O2成像 | Hyper7.2质粒靶向(胞质、小窝、线粒体);转染方法;激动剂(金诺芬或组胺)浓度;成像参数 阅读提示:Methods: Real-Time NO, Calcium, and Hydrogen Peroxide Imaging |
| PheWAS分析 | 队列样本量(12,834);基因分型芯片;表型定义;统计模型(逻辑回归调整年龄性别);多重检验校正方法 阅读提示:Methods: Phenome Wide Association Study |