鉴定TSP1的来源和细胞类型
确定TSP1在动脉瘤组织中主要由哪种细胞类型表达。
使用RNA-FISH对小鼠(CaCl2和AngII诱导)和人类AAA组织进行染色,检测Thbs1和Cd68共定位。
Myeloid-Derived TSP1 (Thrombospondin-1) Contributes to Abdominal Aortic Aneurysm Through Suppressing Tissue Inhibitor of Metalloproteinases-1
包含体外BMDM模型、体内CaCl2和AngII诱导的AAA模型、人类AAA样本分析、RNA-FISH、单细胞RNA测序分析、siRNA敲低和条件敲除小鼠验证,证据层级完整。
骨髓来源巨噬细胞(BMDM) CaCl2诱导的腹主动脉瘤小鼠模型 Angiotensin II诱导的AAA小鼠模型 人类腹主动脉瘤组织
C57BL/6背景的Thbs1−/−和Thbs1flox/floxLyz2-cre小鼠 骨髓来源巨噬细胞(BMDM)的分离和分化条件(20 ng/ml M-CSF) 体外3D基质胶侵袭实验(Matrigel与纤维连接蛋白凝胶) Timp1 siRNA敲低效率确认 TIMP1表达水平和明胶酶活性检测
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定TSP1在动脉瘤组织中主要由哪种细胞类型表达。
使用RNA-FISH对小鼠(CaCl2和AngII诱导)和人类AAA组织进行染色,检测Thbs1和Cd68共定位。
确定Thbs1表达的巨噬细胞是否具有促炎特性。
RNA-FISH结合免疫荧光染色检测MHC II表达;分析公共单细胞RNA-seq数据(GSE97310);用TNFα、LPS、IL4刺激BMDM检测Thbs1 mRNA水平。
验证TSP1对巨噬细胞浸润细胞外基质的能力是否必要。
使用3D反转Matrigel侵袭实验比较Thbs1+/+和Thbs1−/− BMDM的侵袭能力;进行混合细胞救援实验。
探索TSP1缺失导致的侵袭缺陷是否与MMP活性或表达改变有关。
使用溶液荧光测定、明胶酶谱、Western blot和RT-PCR分析Thbs1+/+和Thbs1−/− BMDM条件培养基中的明胶酶活性和MMP表达。
确定TIMP1上调是否介导Thbs1缺失巨噬细胞的侵袭缺陷。
RT-PCR、免疫荧光和Western blot检测TIMP1表达;用Timp1 siRNA敲低后检测明胶酶活性和侵袭能力。
验证巨噬细胞来源的TSP1在体内对动脉瘤形成的影响。
生成Thbs1flox/flox Lyz2-cre小鼠,诱导CaCl2 AAA,测量主动脉直径,进行组织学染色(弹性纤维、SMC标志物、巨噬细胞、TIMP1)和原位明胶酶活性检测。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | ThermoFisher Scientific | -- |
| 小鼠巨噬细胞集落刺激因子 | eBioscience | Cat. #14–8983–80 | |
| 细胞刺激 | 脂多糖 | Sigma-Aldrich | Cat. # L4391 |
| 重组小鼠肿瘤坏死因子α | R&D Systems | Cat. # 410-MT | |
| 重组小鼠白细胞介素4 | R&D Systems | Cat. # 404-ML | |
| 组织染色 | 弹性纤维染色试剂盒 | Sigma-Aldrich | Cat. # HT25A-1KT |
| 组织包埋 | 最适切割温度包埋剂 | Sakura Tissue Tek | -- |
| 组织切片 | Leica CM3050 S冷冻切片机 | Leica | -- |
| 动物实验 | Alzet渗透压微型泵(型号2004) | DURECT Corporation | -- |
| 血管紧张素II | Sigma-Aldrich | A9525 | |
| RNA-FISH | RNAscope®荧光多重试剂盒 | Advanced Cell Diagnostics (ACD) | 320850 |
| RNAscope®人类THBS1探针 | Advanced Cell Diagnostics | 320850 | |
| RNAscope®人类CD68探针 | Advanced Cell Diagnostics | 560591-C3 | |
| RNAscope®小鼠Thbs1探针 | Advanced Cell Diagnostics | 457891-C3 | |
| RNAscope®小鼠Cd68探针 | Advanced Cell Diagnostics | 316611-C2 | |
| RNAscope®小鼠Pecam1探针 | Advanced Cell Diagnostics | 316721 | |
| DapB探针(阴性对照) | Advanced Cell Diagnostics | 310043-C3 | |
| Ubc探针(阳性对照) | Advanced Cell Diagnostics | 310771-C3 | |
| 免疫荧光 | Alexa Fluor® 488抗小鼠MHC II抗体 | BioLegend | 107616, clone M5/114.15.2 |
| 抗TIMP1抗体 | R&D Systems | AF980 | |
| 抗MYH11抗体 | Abcam | ab53219 | |
| PE抗小鼠F4/80抗体 | BioLegend | 123110, clone BM8 | |
| Western blot | Amicon® Ultra-4离心过滤装置 | Millipore | UFC801096 |
| RIPA裂解缓冲液 | Sigma-Aldrich | R0278 | |
| Halt蛋白酶和磷酸酶抑制剂混合物 | Thermo Scientific | -- | |
| 抗MMP9抗体 | R&D Systems | AF909 | |
| 抗ACTB抗体 | Sigma-Aldrich | A5441 | |
| RT-PCR | Trizol试剂 | ThermoFisher Scientific | 15596018 |
| siRNA转染 | Opti-MEM培养基 | Gibco | 51985034 |
| Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Invitrogen | 13778150 | |
| 小鼠Timp1 siRNA | Integrated DNA Technologies | mm.Ri.Timp1.13 | |
| 3D侵袭实验 | 基质胶 | BD Biosciences | -- |
| Transwell小室(8 μm孔径) | Corning | -- | |
| Hoechst 33342染料 | Invitrogen | H3570 | |
| CellTracker Blue CMAC染料 | Invitrogen | C2110 | |
| 明胶酶谱 | Novex 10%明胶酶谱凝胶 | Invitrogen | ZY00100BOX |
| Novex™酶谱复性缓冲液 | Invitrogen | LC2670 | |
| 酶谱显色缓冲液 | Invitrogen | LC2671 | |
| SimplyBlue™安全染液 | Invitrogen | LC6060 | |
| 溶液明胶酶活性检测 | EnzChek®明胶酶/胶原酶检测试剂盒 | Invitrogen | E-12055 |
| 原位明胶酶活性检测 | 荧光素标记DQ™猪皮明胶 | Invitrogen | D12054 |
| UltraPure™低熔点琼脂糖 | Invitrogen | 16520100 | |
| 统计分析 | GraphPad Prism 7.0 | GraphPad Software, Inc. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | 小鼠品系、年龄(12–16周龄)、性别(雄性)、诱导方式(CaCl2或AngII)、麻醉、手术细节 阅读提示:详见Methods中的'Modified CaCl2 model'和'Angiotensin II model'部分 |
| BMDM培养 | 骨髓细胞来源、M-CSF浓度(20 ng/ml)、分化时间(7天)、培养条件(37°C, 5% CO2) 阅读提示:详见Methods中的'Preparation of Bone Marrow-derived Macrophages'部分 |
| 体外侵袭实验 | Matrigel浓度(50%)、纤维连接蛋白浓度(50 μg/ml)、细胞数(5×10^4)、趋化因子(LPS 100 ng/ml或TNFα 20 ng/ml)、培养时间(5天) 阅读提示:详见Methods中的'3D inverted Matrigel infiltration assay'部分 |
| siRNA敲低 | siRNA序列(mm.Ri.Timp1.13)、转染试剂(Lipofectamine RNAiMAX)、转染时间(48小时) 阅读提示:详见Methods中的'siRNA-mediated knock-down'部分 |
| 分子检测 | 抗体信息(anti-TIMP1, anti-MMP9等)、试剂盒(EnzChek® Gelatinase/Collagenase Assay Kit)、检测指标(TIMP1表达、明胶酶活性) 阅读提示:详见Methods中的'Western blotting', 'Gel zymography', 'Solution-based gelatinase activity assay'和'In situ zymography'部分 |