建立匹配的类器官培养模型
区分KPC肿瘤中的癌前和浸润细胞,用于转录组分析
从KPC小鼠肿瘤中分离肿瘤细胞并建立类器官培养,利用Nutlin处理选择Trp53 LOH细胞,形成Tm/+和Tm/LOH配对类器官。
FGFR2 Abrogation Intercepts Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Development
包含类器官、3D培养、基因工程小鼠模型、体内移植及药物干预等多个证据层级,并进行了功能验证(增殖、MAPK)和机制验证(TGFβ、EGFR协同)。
KPC小鼠模型(KrasLSLG12D/+; Trp53LSLR172H/+; Pdx1-Cre) KC小鼠模型(KrasLSLG12D/+; Pdx1-Cre) 小鼠胰腺导管类器官(Tm/+和Tm/LOH) KC腺泡富集外植体3D培养
Fgfr2基因敲除小鼠品系(Fgfr2flox) 类器官培养条件(Complete vs Minimal培养基) TGFβ处理浓度和时间(5 ng/ml,24-48小时) 抑制剂处理(erlotinib,lirafugratinib)及剂量 体内药物处理剂量和途径(erlotinib 50 mg/kg,每天;lirafugratinib 30 mg/kg,每12小时;口服灌胃)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
区分KPC肿瘤中的癌前和浸润细胞,用于转录组分析
从KPC小鼠肿瘤中分离肿瘤细胞并建立类器官培养,利用Nutlin处理选择Trp53 LOH细胞,形成Tm/+和Tm/LOH配对类器官。
鉴定在癌前和浸润细胞中差异表达的基因
对Tm/+和Tm/LOH类器官进行RNA-seq,PCA和GSEA分析差异表达基因和通路。
确认FGFR2在突变KRAS驱动的化生和癌前病变中的表达上调
通过免疫荧光和IHC检测小鼠和人类胰腺组织中的FGFR2表达。
探索FGFR2下调的机制
用TGFβ处理Tm/+类器官,检测Fgfr2表达变化。
测试FGFR2在胰腺损伤后的恢复中是否必要
对C Fgfr2+/+和Fgfr2f/f小鼠进行雨蛙素诱导的胰腺炎,评估组织恢复情况。
评估FGFR2在KRAS驱动的腺泡导管化生中的作用
用KC Fgfr2+/+和Fgfr2f/f小鼠的腺泡细胞进行3D培养,观察导管结构形成,检测蛋白表达和RNA-seq。
评估FGFR2失活是否延迟肿瘤形成
比较KC和KPC小鼠中Fgfr2+/+和Fgfr2f/f的病变形成和生存期。
验证FGFR2和EGFR是否协同促进肿瘤发生,以及联合抑制是否有效
在类器官中检测EGFR抑制后FGFR2表达,进行联合药物处理实验,并在KC小鼠中进行体内治疗。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| 类器官培养 | GFR基质胶 | BD | -- |
| AdDMEM/F12培养基 | -- | -- | |
| HEPES缓冲液 | Invitrogen | -- | |
| Glutamax补充剂 | Invitrogen | -- | |
| A83-01 | Tocris | -- | |
| 小鼠表皮生长因子 | -- | -- | |
| 小鼠Noggin | Peprotech | -- | |
| 人FGF10 | Peprotech | -- | |
| 人胃泌素I | Sigma | -- | |
| N-乙酰半胱氨酸 | -- | -- | |
| 烟酰胺 | Sigma | -- | |
| B27补充剂 | Invitrogen | -- | |
| R-spondin条件培养基 | -- | -- | |
| Nutlin-3a | Sigma | -- | |
| 药物处理 | 转化生长因子β1 | R&D | -- |
| 多西环素 | Sigma | -- | |
| 吉非替尼 | Selleckchem | -- | |
| 厄洛替尼 | MedChem | -- | |
| Lirafugratinib | MedChem | -- | |
| DNA含量分析 | 碘化丙啶 | -- | -- |
| 核糖核酸酶A | -- | -- | |
| 病毒生产 | X-tremeGENE 9 DNA转染试剂 | Roche | -- |
| 聚凝胺 | -- | -- | |
| Lenti-X浓缩器 | Takara | -- | |
| 细胞活力测定 | CellTiter-Glo试剂盒 | Promega | -- |
| 3D培养 | 胶原酶P | Roche | -- |
| 大豆胰蛋白酶抑制剂 | ThermoFisher | -- | |
| 地塞米松 | Sigma | -- | |
| 大鼠尾胶原I | ThermoFisher | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | -- | |
| 磷酸酶抑制剂 | Roche | -- | |
| FGFR2抗体 | Cell Signaling Technology | 23328 | |
| HSP90抗体 | Millipore | 07-2174 | |
| p53抗体 | Leica Biosystems | P53-CM5P | |
| p21抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-6246 | |
| COFILIN抗体 | Cell Signaling Technology | 5175 | |
| 淀粉酶抗体 | Abcam | ab21156 | |
| 磷酸化p44/42 MAPK抗体 | Cell Signaling Technology | 4370 | |
| ERK1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 9102 | |
| EPCAM抗体 | Cell Signaling Technology | 93790 | |
| β-肌动蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 4970 | |
| HRP偶联二抗 | Jackson ImmunoResearch Laboratories | -- | |
| ECL检测试剂盒 | Cytiva | -- | |
| 体内移植 | 异氟烷 | -- | -- |
| 酮洛芬 | -- | -- | |
| 可吸收缝合线 | Ethicon | -- | |
| 伤口夹 | CellPoint Scientific Inc | -- | |
| 体内治疗 | 雨蛙素 | Sigma | -- |
| 组织学 | 中性缓冲福尔马林 | -- | -- |
| 免疫组化/免疫荧光 | 柠檬酸盐缓冲液 | -- | -- |
| 正常马血清 | Vector Laboratories | -- | |
| 牛血清白蛋白 | Sigma | -- | |
| ImmPRESS AP/HRP IgG聚合物 | Vector Laboratories | -- | |
| ImmPACT DAB过氧化物酶底物 | Vector Laboratories | -- | |
| Vector Blue碱性磷酸酶底物 | Vector Laboratories | -- | |
| Cytoseal 60封片剂 | -- | -- | |
| DAPI | -- | -- | |
| ProLong Gold抗淬灭封片剂 | ThermoFisher | -- | |
| RNA原位杂交 | RNAscope多重荧光试剂盒v2 | ACD | 323100 |
| RNA提取 | TRIzol Plus RNA纯化试剂盒 | ThermoFisher | -- |
| PureLink DNase | ThermoFisher | -- | |
| RT-qPCR | TaqMan逆转录试剂 | ThermoFisher | -- |
| TaqMan通用预混液II | ThermoFisher | -- | |
| TaqMan探针 | ThermoFisher | -- | |
| RNA测序 | Bioanalyzer 2100 | Agilent | -- |
| RNA 6000 Nano试剂盒 | Agilent | -- | |
| TruSeq链特异性总RNA文库制备试剂盒 | Illumina | -- | |
| KAPA mRNA HyperPrep试剂盒 | Roche | -- | |
| 高灵敏度DNA试剂盒 | Agilent | -- | |
| PicoGreen染料 | ThermoFisher | -- | |
| Illumina NextSeq 500/550测序仪 | Illumina | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 类器官培养 | 类器官培养基成分及生长因子浓度(EGF、Noggin、FGF10等) 阅读提示:Methods: Murine Pancreatic Ductal Organoid Culture |
| 体外3D培养 | 胶原酶P消化时间(15-20分钟)、细胞培养天数(0,2,5) 阅读提示:Methods: 3D culture of KC acinar-enriched explants; Results: Figure 5 |
| 体内药物处理 | 药物剂量(erlotinib 50 mg/kg每日,lirafugratinib 30 mg/kg每12小时)、给药方式(口服灌胃)、治疗持续时间(10天) 阅读提示:Methods: In vivo therapeutic study |
| 体内肿瘤模型 | KC和KPC小鼠的基因型、年龄(6-10周)、雨蛙素处理方案(80 μg/kg,腹腔注射,8小时一次,连续2天) 阅读提示:Methods: Cerulein treatments; Results: Figure 6 |
| 类器官药物处理 | 抑制剂浓度(erlotinib 1 μM,lirafugratinib 1 μM)、处理时间(3天) 阅读提示:Methods: In vitro viability/growth assay; Figure 7 |