建立ICB耐药细胞系及模型验证
生成对anti-PD1和anti-CTLA4治疗的敏感和耐药的前列腺癌细胞系,用于研究耐药机制。
从PPS-6239细胞中通过体内筛选获得抗PD1耐药株PPS-PD1R、抗CTLA4耐药株PPS-CTLA4R和双重耐药株PPS-ICBR;检测MHC-I表达和RNA-seq分析。
Ketogenic Diet Alters the Epigenetic and Immune Landscape of Prostate Cancer to Overcome Resistance to Immune Checkpoint Blockade Therapy
包含体外细胞实验、体内动物模型、功能性验证(CD8+ T细胞耗竭、Batf3−/−和Rag1−/−小鼠)以及多组学分析(scRNA-seq、CyTOF),证据层级丰富。
PPS-ICBR小鼠前列腺癌细胞系 C57BL/6小鼠皮下移植瘤模型 MyC-CaP去势抵抗性前列腺癌模型
细胞系:PPS-ICBR(对anti-PD1和anti-CTLA4双耐药) 动物模型:6-8周龄雄性C57BL/6J小鼠皮下接种5x10^5细胞 治疗剂量:抗PD1和抗CTLA4各10mg/kg,腹腔注射每周两次;伏立诺他25mg/kg每日一次 饮食干预:标准饮食(Teklad 2918)、生酮饮食(Teklad 160153)、循环生酮饮食(每周5天KD+2天SD)、1,3-丁二醇补充饮食 关键基因:Bdh1(CKD抗肿瘤作用必需)、Cxcr3(BD+ICB治疗中CD8+ T细胞浸润必需)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
生成对anti-PD1和anti-CTLA4治疗的敏感和耐药的前列腺癌细胞系,用于研究耐药机制。
从PPS-6239细胞中通过体内筛选获得抗PD1耐药株PPS-PD1R、抗CTLA4耐药株PPS-CTLA4R和双重耐药株PPS-ICBR;检测MHC-I表达和RNA-seq分析。
检测HDACi伏立诺他是否能恢复ICB耐药细胞中下调的MHC-I表达。
用5μM伏立诺他处理PPS-ICBR细胞12小时,通过流式检测H2-Kb和H2-Db水平,并用ChIP-qPCR检测H2-K1位点的组蛋白乙酰化。
评估伏立诺他是否能增敏ICB治疗ICB耐药的前列腺癌。
在PPS-ICBR皮下移植瘤模型中,分别给予vehicle、vorinostat、ICB和vorinostat+ICB治疗,监测肿瘤生长和生存;通过免疫组化和流式检测CD8+ T细胞浸润。
测试循环生酮饮食或1,3-丁二醇补充饮食是否能增强ICB疗效,并验证BHB的必要性。
在PPS-ICBR模型中,给予标准饮食、循环生酮饮食或1,3-丁二醇饮食,联合或不联合ICB;使用Bdh1−/−小鼠验证BHB的关键作用;检测肿瘤生长、血清BHB水平、MHC-I表达和H3K9Ac。
揭示联合治疗对肿瘤免疫微环境的重塑作用。
对BD+ICB等处理组的肿瘤进行scRNA-seq和CyTOF分析,鉴定免疫细胞亚群的变化、信号通路富集和细胞间通讯。
确认Cxcr3介导的趋化信号在BD+ICB治疗中促进CD8+ T细胞浸润和抗肿瘤活性。
使用anti-Cxcr3抗体阻断Cxcr3,检测CD8+ T细胞比例和肿瘤生长。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | GE Healthcare | SH30243.FS |
| 胎牛血清 | GE Healthcare | SH30396.03 | |
| 青霉素-链霉素 | Cytiva | SV30010 | |
| 药物处理 | 伏立诺他 | MedChemExpress | HY-10221 |
| β-羟基丁酸 | Cayman Chemical | 14148 | |
| 动物实验 | 抗PD1抗体 | BioLegend | 114116 |
| 抗CTLA4抗体 | BioLegend | 106207 | |
| 抗CD8抗体 | BioXCell | BE0061 | |
| 抗Cxcr3抗体 | BioLegend | 126538 | |
| 生酮饮食 | Teklad | 160153 | |
| 标准饲料 | Teklad | 2918 | |
| 1,3-丁二醇 | Sigma-Aldrich | 309443 | |
| 糖精 | Sigma-Aldrich | 109185 | |
| 抗CD20抗体 | Genentech | clone 5D2 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Bimake | B14012 | |
| 磷酸酶抑制剂混合物 | Bimake | B15002 | |
| β-肌动蛋白抗体 | Santa Cruz | sc-47778 | |
| 乙酰化组蛋白H3 Lys9抗体 | Cell Signaling Technology | 9649 | |
| 组蛋白H3抗体 | Cell Signaling Technology | 4499 | |
| HRP标记的山羊抗小鼠二抗 | Cell Signaling Technology | 7076 | |
| Clarity Max ECL底物 | Bio-Rad | 1705062 | |
| 免疫组织化学 | VECTASTAIN Elite ABC-HRP试剂盒 | Vector Laboratories | PK-6101 |
| DAB底物试剂盒 | Vector Laboratories | SK-4100 | |
| Aperio扫描仪 | Leica | RRID:SCR_022191 | |
| qRT-PCR | FFPE RNA纯化试剂盒 | Norgen Biotek | 25360 |
| SuperScript III第一链合成系统 | Invitrogen | 18080-051 | |
| SYBR Green qPCR预混液 | Bimake | B21203 | |
| CFX Connect实时荧光定量PCR检测系统 | Bio-Rad | 1855201 | |
| 代谢检测 | β-羟基丁酸比色检测试剂盒 | Cayman Chemical | 700194 |
| 流式细胞术 | CytoFLEX流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- |
| FlowJo软件 | FlowJo | RRID:SCR_008520 | |
| 微阵列分析 | RNeasy试剂盒 | Qiagen | -- |
| 小鼠基因组430 2.0芯片 | Affymetrix | -- | |
| RNA-seq | Rneasy Mini Plus试剂盒 | Qiagen | -- |
| Agilent 2100生物分析仪 | Agilent | -- | |
| Illumina HiSeq 4000测序仪 | Illumina | -- | |
| CyTOF | Helios CyTOF质谱流式细胞仪 | Fluidigm | RRID:SCR_019916 |
| IV型胶原酶 | STEMCELL Technologies | 07427 | |
| scRNA-seq | 小鼠组织解离试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-096-730 |
| EasySep死细胞去除(Annexin V)试剂盒 | STEMCELL Technologies | 17899 | |
| TotalSeq-A hashtag抗体 | BioLegend | 155805, 155807, 155809, 155811, 155813, 155815 | |
| Chromium控制器 | 10X Genomics | RRID:SCR_019326 | |
| Illumina NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | RRID:SCR_016387 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系:PPS-ICBR、MyC-CaP等;培养基:DMEM或DMEM/F12,10% FBS,1%青霉素-链霉素;培养条件:37°C,5% CO2 阅读提示:Materials and Methods - Cell lines |
| 体内肿瘤模型建立 | 细胞接种量:5x10^5个细胞皮下注射;小鼠品系:C57BL/6J(6-8周龄雄性);肿瘤体积达到50-100mm3时开始治疗 阅读提示:Materials and Methods - Animal experiments |
| ICB治疗 | 抗体剂量:anti-PD1 (BioLegend 114116) 和 anti-CTLA4 (BioLegend 106207) 各10mg/kg,腹腔注射,每周两次 阅读提示:Materials and Methods - Animal experiments |
| 伏立诺他治疗 | 剂量:25mg/kg,腹腔注射,每日一次 阅读提示:Materials and Methods - Animal experiments |
| 饮食干预 | 标准饮食:Teklad 2918;生酮饮食:Teklad 160153;循环生酮饮食:每周5天KD+2天SD;1,3-丁二醇饮食:80ml 1,3-丁二醇+120ml水+198g标准饲料+2g糖精,每两天更换 阅读提示:Materials and Methods - Animal experiments |
| BHB补充处理(体外) | 浓度:3mM BHB;培养基:无葡萄糖DMEM,添加5mM葡萄糖,pH 7.2;处理时间:12小时 阅读提示:Materials and Methods - Cell treatment in vitro |