验证SPA对RB1缺失细胞的生长抑制
确定RB1缺失是否足以介导SPA耐药
在LNCaP、LNCaP-RB1-/-、LNCaP-DKO细胞中用10 nmol/L R1881处理5天,进行细胞计数检测;同时在PDX模型中评价SPA对RB1不同状态的肿瘤生长的影响。
Supraphysiological Androgens Promote the Tumor Suppressive Activity of the Androgen Receptor through cMYC Repression and Recruitment of the DREAM Complex
包含体外细胞增殖实验、细胞周期分析、RNA-seq转录组分析、CUT&RUN/ChIP-seq染色质分析、RIME蛋白互作分析等多个独立证据层级,并结合基因敲除/过表达进行功能验证和机制验证。
LNCaP人前列腺癌细胞系及其RB1/TP53/RBL1/RBL2基因敲除衍生系 VCaP人前列腺癌细胞系及其RB1基因敲除衍生系 患者来源异种移植瘤(PDX)模型 LNCaPDKO-MYC(MYC过表达)细胞模型
SPA处理浓度:10 nmol/L R1881 RB1、TP53、RBL1、RBL2基因敲除状态 MYC过表达是否恢复SPA抗性 细胞培养条件:RPMI1640 + 10% FBS,37°C,5% CO2 处理时间:生长实验5天,RNA-seq和CUT&RUN为48小时
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定RB1缺失是否足以介导SPA耐药
在LNCaP、LNCaP-RB1-/-、LNCaP-DKO细胞中用10 nmol/L R1881处理5天,进行细胞计数检测;同时在PDX模型中评价SPA对RB1不同状态的肿瘤生长的影响。
验证DREAM复合物是否介导SPA的生长抑制效应
在LNCaP-DKO基础上用CRISPR/Cas9敲除RBL1和/或RBL2,进行5天生长实验、细胞周期分析和剂量反应实验。
确定SPA处理下DREAM复合物是否结合至细胞周期基因启动子
对LNCaP和基因敲除细胞进行ChIP-seq(E2F1、LIN37、LIN9)和CUT&RUN(RBL1、RBL2、RB1),分析全基因组结合位点与SPA抑制基因的关联。
鉴定DREAM复合物的相互作用蛋白,阐明其抑制机制
在LNCaP-DKO细胞中用LIN37抗体进行RIME实验,结合质谱鉴定互作蛋白,比较SPA和对照处理下的差异。
验证MYC是否作为SPA反应的关键决定因素
在LNCaP-DKO细胞中慢病毒介导MYC过表达,进行生长曲线、RNA-seq和GSEA分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI1640培养基 | Thermo Fisher Scientific | 11835030 |
| 胎牛血清 | Thermo Fisher Scientific | 10437-02 | |
| 基因工程 | pLenti6.3载体 | Thermo Fisher Scientific | V53306 |
| RB1过表达慢病毒 | Genecopoeia | LPP-B0065-Lv105-200-S | |
| 基因敲低 | HiPerFect转染试剂 | Qiagen | 301705 |
| 基因编辑 | plentiCRISPRv2载体 | Addgene | 52961 |
| 细胞计数 | Vi-CELL细胞计数器 | Beckman-Coulter | -- |
| 剂量反应 | CellTiter-Glo发光法细胞活力检测试剂盒 | Promega | G7572 |
| RNA-seq | RNeasy小提试剂盒 | Qiagen | -- |
| CUT&RUN | pAG-MNase | EpiCypher | 15-1016 |
| RB1抗体 | Thermo Fisher Scientific | PA5-27215 | |
| RBL1抗体 | Invitrogen | PA5-84228 | |
| RBL2抗体 | Atlas Antibodies | HPA019703 | |
| IgG抗体 | Cell Signaling Technology | 3900S | |
| ChIP-seq | iDeal ChIP-seq转录因子试剂盒 | Diagenode | C01010170 |
| MicroPlex文库制备试剂盒v3 | Diagenode | C05010014 | |
| E2F1抗体 | BD Biosciences | 554213 | |
| LIN9抗体 | Bethyl Laboratories | A300-BL2981 | |
| LIN37抗体 | Bethyl Laboratories | A300-BL2983 | |
| Covaris M220超声破碎仪 | Covaris | -- | |
| 免疫印迹 | NuPAGE 4%-12% Bis-Tris凝胶 | Thermo Fisher Scientific | NP0321 |
| MOPS电泳缓冲液 | Thermo Fisher Scientific | NP0001 | |
| 硝酸纤维素膜 | Thermo Fisher Scientific | LC2000 | |
| SuperSignal Pico化学发光底物 | Thermo Fisher Scientific | PI34080 | |
| GAPDH抗体 | Cell Signaling Technology | 2118L | |
| RB1抗体 | Cell Signaling Technology | 9309S | |
| RBL1抗体 | Cell Signaling Technology | 89798S | |
| RBL2抗体 | Cell Signaling Technology | 13610S | |
| TP53抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-126 | |
| AR抗体 | Cell Signaling Technology | 5153S | |
| p27抗体 | Abcam | ab32034 | |
| 细胞周期分析 | Click-iT EdU Alexa Fluor 488流式细胞术检测试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | C10420 |
| FxCycle Violet染料 | Thermo Fisher Scientific | F10347 | |
| 索尼SH800流式细胞仪 | Sony | -- | |
| RIME | Proteome Discoverer软件 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 数据处理 | STAR比对软件 | -- | -- |
| TopHat比对软件 | -- | -- | |
| 数据分析 | R语言 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基成分(RPMI1640+10% FBS)、培养条件(37°C、5% CO2) 阅读提示:Materials and Methods: 'In vitro models and cell culture' |
| SPA处理 | R1881浓度(10 nmol/L)、处理时间(5天生长实验、48小时RNA-seq)、载体(乙醇) 阅读提示:Results: 'SPAs repress the proliferation of prostate cancers with loss of RB1 and TP53' 及图例 |
| 基因编辑 | CRISPR/Cas9靶序列、载体、克隆筛选方法 阅读提示:Materials and Methods: 'In vitro models and cell culture' 和 'Isogenic knockouts' |
| RNA测序 | RNA提取试剂盒、建库方法、测序平台、比对软件、差异表达阈值 阅读提示:Materials and Methods: 'RNA sequencing' |
| 染色质分析 | CUT&RUN/ChIP-seq抗体、细胞数、处理时间、建库试剂盒、测序平台、数据处理参数 阅读提示:Materials and Methods: 'Cleavage under targets and release using nuclease assays (CUT&RUN)' 和 'Chromatin immunoprecipitation sequencing' |
| 蛋白质互作分析 | RIME方法、抗体(LIN37)、处理条件、质谱分析流程 阅读提示:Materials and Methods: 'RIME' |