将系统性功能检测结果整合入ACMG评分框架以重新分类ATM错义变异意义不明确变异

目的：ATM是一个中度风险癌症易感基因，其携带数千个意义不明确的错义变异（VUS），这些变异限制了临床遗传检测在癌症风险管理与个体化医疗中的作用。功能检测为评估变异影响提供了有价值的依据，但ATM领域尚缺乏此类检测。实验设计：我们开发了一种系统方法，通过在两种ATM缺陷人类细胞系中重新表达ATM，基于多种DNA损伤相关表型的纠正来对ATM错义变异进行功能表征。结果：针对遗传性癌症患者中观察到的ATM VUS，建立了pKAP1磷酸化流式检测，并用48个良性及致病性对照进行了校准，达到了100%的特异性和97%的敏感性。该系统将88个位于FATKIN区域的ATM错义VUS中的82个（93%）区分为功能中性或有害。重要的是，在临床VUS分类中，功能结果被整合进美国医学遗传学与基因组学学会（ACMG）的基于积分的框架中，同时考虑了氨基酸/替换的保守性和性质以及遗传数据；由此，88个VUS中的79个（90%）被重新分类为良性/可能良性或致病性/可能致病性。作为我们方法的额外验证，来自1134名乳腺癌患者数据库的临床特征在携带中性vs有害ATM变异的个体间存在显著差异。此外，利用我们的功能结果，我们识别了氨基酸2702-2730和2891-2951区域的有害VUS和对照的热点。结论：我们建立了功能检测作为可靠工具，能更好地解释ATM变异的临床影响，并为携带者改善癌症预防措施提供指导。