circRNA表达谱分析
鉴定结直肠癌中差异表达的circRNA,筛选候选肿瘤抑制性circRNA。
对3对结直肠癌及癌旁组织进行circRNA测序,分析差异表达circRNA,并结合TCGA数据库筛选临床相关的circRNA,最终聚焦circRERE。
A Tumor-suppressive Molecular Axis EP300/circRERE/miR-6837-3p/MAVS Activates Type I IFN Pathway and Antitumor Immunity to Suppress Colorectal Cancer
包含体外细胞功能实验、体内移植瘤模型、AAV治疗实验、分子机制验证(RIP、ChIRP、双荧光素酶等)及转录组分析,多层级验证。
结直肠癌细胞系(HCT116、RKO、DLD1、LoVo) 小鼠皮下移植瘤模型(MC38细胞在C57BL/6J小鼠,HCT116细胞在BALB/c裸鼠) 结直肠癌患者组织样本
circRERE在结直肠癌组织中的表达水平(qRT-PCR) siRNA/shRNA敲低及过表达circRERE对细胞增殖和集落形成的影响 circRERE-AAV处理对肿瘤生长的抑制效果及剂量(5×10^8 Pfu/只,每周一次) 抗PD-1抗体剂量(200 μg/只,每周两次)及给药途径(腹腔注射) circRERE/miR-6837-3p/MAVS相互作用的验证(RIP、ChIRP、双荧光素酶报告基因)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定结直肠癌中差异表达的circRNA,筛选候选肿瘤抑制性circRNA。
对3对结直肠癌及癌旁组织进行circRNA测序,分析差异表达circRNA,并结合TCGA数据库筛选临床相关的circRNA,最终聚焦circRERE。
验证circRERE对结直肠癌细胞增殖和肿瘤生长的影响。
在DLD1和LoVo细胞中过表达circRERE,在HCT116和RKO细胞中敲低circRERE,检测细胞增殖和集落形成;在MC38细胞中过表达circRere并移植至C57BL/6J小鼠,在HCT116细胞中敲低circRERE并移植至BALB/c裸鼠,观察肿瘤生长。
阐明circRERE调控MAVS及I型干扰素通路的分子机制。
通过RNA-seq分析circRERE敲低后的转录组变化,发现IFNα通路富集;通过qRT-PCR和Western blot验证MAVS表达及下游信号;通过RIP、ChIRP、双荧光素酶报告基因实验验证circRERE直接结合miR-6837-3p并调控MAVS。
探究circRERE在结直肠癌中低表达的原因。
通过生物信息学预测和ChIP实验验证EP300与RERE启动子结合,并通过qRT-PCR和Western blot验证EP300对circRERE和MAVS表达的调控。
评估circRERE-AAV单独及联合抗PD-1抗体的抗肿瘤效果。
在BALB/c裸鼠皮下接种HCT116细胞,肿瘤长至约100 mm³后瘤内注射NC-AAV或circRERE-AAV(5×10^8 Pfu/只,每周一次);在C57BL/6J小鼠皮下接种MC38细胞,同样处理,并联合腹腔注射抗PD-1抗体(200 μg/只,每周两次),检测肿瘤体积、重量、免疫细胞浸润。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI1640培养基 | -- | -- |
| DMEM培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | BI | -- | |
| 基因敲低和过表达 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 细胞增殖检测 | CCK8试剂盒 | meilunbio | -- |
| RNA提取和qRT-PCR | 超纯RNA提取试剂盒 | Com Win | -- |
| GoScript反转录混合液 | Promega | -- | |
| Hieff qPCR SYBR Green预混液 | Yeasen | -- | |
| circRNA测序和RNA测序 | RNase R外切酶 | Epicentre | -- |
| NEBNext Ultra II RNA文库制备试剂盒 | NEB | E7760 | |
| RNA免疫沉淀 | 抗Flag抗体 | Sigma-Aldrich | F1804 |
| M2琼脂糖 | Sigma | -- | |
| RNasin RNA酶抑制剂 | -- | -- | |
| 钒核糖核苷复合物溶液 | Sigma | -- | |
| 蛋白酶K | Ambion | -- | |
| 染色质免疫沉淀 | 甲醛 | Sigma | -- |
| 抗EP300抗体 | Abcam | ab14984 | |
| 蛋白G磁珠 | Bio-Rad | 161-4023 | |
| QIAquick离心柱 | Qiagen | -- | |
| RNA-FISH | Ribo™荧光原位杂交试剂盒 | RiboBio | C10910 |
| Western blot | TBK1抗体 | Cell Signaling Technology | 38066 |
| p-TBK1抗体 | Cell Signaling Technology | 5483 | |
| p-IRF3抗体 | Cell Signaling Technology | 4947 | |
| P65抗体 | Cell Signaling Technology | 8242 | |
| p-P65抗体 | Cell Signaling Technology | 3033 | |
| MAVS抗体 | Proteintech | 14341-1-AP | |
| GAPDH抗体 | Protein Tech | 60004-1 | |
| 山羊抗兔二抗 | Solarbio | SE134 | |
| 山羊抗小鼠二抗 | Solarbio | SE131 | |
| ECL检测试剂 | Advansta | K-12045-D50 | |
| 双荧光素酶报告基因 | psiCHECK2载体 | Addgene | 40763 |
| pGL3-Basic载体 | -- | -- | |
| 双荧光素酶检测系统 | Promega | -- | |
| 动物实验 | 抗PD-1抗体 | Bio X Cell | BE0146 |
| 免疫荧光 | 抗CD8A抗体 | Abcam | ab209775 |
| 抗CD3抗体 | Abcam | ab16669 | |
| 细胞培养 | MC38细胞 | -- | -- |
| HCT116细胞 | -- | -- | |
| LoVo细胞 | -- | -- | |
| RKO细胞 | -- | -- | |
| DLD1细胞 | -- | -- | |
| HEK293T细胞 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系(HCT116、LoVo、RKO、DLD1、MC38、HEK293T)的培养条件(培养基、血清浓度、CO2浓度) 阅读提示:Materials and Methods - Clinical specimens and cell culture |
| 基因敲低和过表达 | siRNA/shRNA/过表达载体的序列和转染条件(浓度、时间) 阅读提示:Materials and Methods - Gene knockdown and overexpression; Supplementary Table S1 |
| circRNA测序和RNA测序 | 样本类型(组织或细胞)、RNase R处理条件、测序平台和文库构建方法 阅读提示:Materials and Methods - circRNA sequencing and RNA sequencing |
| Western blot | 抗体列表(TBK1、p-TBK1、p-IRF3、P65、p-P65、MAVS、GAPDH)及稀释比例 阅读提示:Materials and Methods - Western blotting |
| RNA免疫沉淀 | 细胞数量、抗体(anti-AGO2)、裂解液成分、洗脱条件 阅读提示:Materials and Methods - RNA immunoprecipitation |
| 染色质免疫沉淀 | 细胞数量、抗体(anti-EP300)、甲醛交联时间、超声条件 阅读提示:Materials and Methods - Chromatin immunoprecipitation assay |
| 双荧光素酶报告基因 | 载体构建(psiCHECK2、pGL3-Basic)、细胞系、转染条件、检测时间 阅读提示:Materials and Methods - Dual-luciferase reporter assay |
| 动物实验 | 小鼠品系、周龄、性别、体重、细胞接种数量、AAV剂量、抗PD-1抗体剂量和给药方式 阅读提示:Materials and Methods - Animal experiments |
| 免疫荧光 | 组织切片厚度、一抗(anti-CD8A、anti-CD3)稀释比例 阅读提示:Materials and Methods - Immunofluorescence |
| 统计 | 统计方法(t检验、ANOVA)、显著性阈值 阅读提示:Materials and Methods - Statistical analysis |