体外验证ATR抑制诱导cGAS通路
验证ATR抑制是否激活cGAS-IRF3胞质DNA传感通路并诱导免疫相关基因表达。
用LY2603618或VE822处理786-O和RCC4细胞,检测胞质DNA积累、炎症细胞因子和免疫检查点表达,并通过shRNA敲低cGAS和IRF3验证其依赖性。
SETD2 Loss and ATR Inhibition Synergize to Promote cGAS Signaling and Immunotherapy Response in Renal Cell Carcinoma
包含体外细胞实验、小鼠移植瘤模型及患者队列分析,并进行了功能验证(shRNA敲低)和机制验证(cGAS/IRF3通路)。
786-O细胞 RCC4细胞 Renca小鼠肾癌细胞 BALB/c小鼠皮下移植瘤模型
SETD2敲低是否增强ATR抑制诱导的DNA损伤(γH2AX)和凋亡。 SETD2敲低是否增强ATR抑制诱导的cGAS-IRF3通路激活。 SETD2敲低肿瘤中ATR抑制是否增加免疫细胞浸润和免疫检查点表达。 Setd2敲低肿瘤对PD-1抗体单独或联合VE822治疗的敏感性。 SETD2突变在ICB治疗患者中的预后价值。
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证ATR抑制是否激活cGAS-IRF3胞质DNA传感通路并诱导免疫相关基因表达。
用LY2603618或VE822处理786-O和RCC4细胞,检测胞质DNA积累、炎症细胞因子和免疫检查点表达,并通过shRNA敲低cGAS和IRF3验证其依赖性。
探究SETD2缺失是否影响ATR-CHK1和ATM-CHK2通路活性,并增强对ATR抑制的敏感性。
利用SETD2敲低的786-O、RCC4和Renca细胞,检测ATR/ATM磷酸化水平、细胞凋亡、细胞周期和克隆形成能力。
验证SETD2缺失是否增强ATR抑制诱导的胞质DNA积累和cGAS通路激活。
用VE822处理SETD2敲低细胞和Renca肿瘤,检测胞质DNA、IRF3磷酸化及下游靶基因表达,并在临床队列中分析相关性。
验证VE822治疗在Setd2缺失肿瘤中是否增强免疫细胞浸润和免疫检查点表达。
在免疫健全BALB/c小鼠中建立Setd2敲低Renca肿瘤,给予VE822治疗,通过IHC和RNA-seq分析免疫细胞和检查点分子。
验证Setd2缺失肿瘤是否对PD-1单抗单药或联合VE822治疗更敏感。
在Renca荷瘤小鼠中给予VE822、PD-1单抗或联合治疗,监测肿瘤生长,比较最终肿瘤体积。
验证SETD2突变在ICB治疗患者中是否与更高反应率和更长的总生存期相关。
利用公共数据库(TCGA、Braun、Samstein、McDermott)分析SETD2突变状态与免疫相关特征、ORR和OS的关联。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 蛋白检测 | cGAS抗体 | Cell Signaling Technology | 15102 |
| IRF-3抗体 | Cell Signaling Technology | 4302 | |
| 磷酸化组蛋白H2A(Ser139)抗体 | Cell Signaling Technology | 9718 | |
| 磷酸化ATR抗体(Ser428) | Cell Signaling Technology | 2853 | |
| 剪切型Caspase-3抗体 | Cell Signaling Technology | 9664 | |
| CHK1抗体 | Cell Signaling Technology | 2360 | |
| 磷酸化CHK1(Ser345)抗体 | Cell Signaling Technology | 2348 | |
| 磷酸化CHK1(Ser296)抗体 | Cell Signaling Technology | 90178 | |
| 免疫组化/免疫荧光 | CD11C抗体 | Cell Signaling Technology | 97585 |
| CD4抗体 | Cell Signaling Technology | 25229 | |
| CD8抗体 | Cell Signaling Technology | 98941 | |
| PD-1抗体 | Cell Signaling Technology | 84651 | |
| 蛋白检测 | PD-L1抗体 | Cell Signaling Technology | 13684 |
| PD-L1抗体 | Cell Signaling Technology | 64988 | |
| Rad50抗体 | Cell Signaling Technology | 3427 | |
| 磷酸化Rad50(Ser635)抗体 | Cell Signaling Technology | 14223 | |
| SETD2抗体 | Sigma-Aldrich | HPA042451 | |
| 磷酸化IRF3(S386)抗体 | Abcam | ab76493 | |
| 磷酸化ATM(S1981)抗体 | Abcam | ab81292 | |
| GAPDH抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc32233 | |
| 药物处理 | Berzosertib | Selleck Chemicals | S7102 |
| Prexasertib 盐酸盐 | Selleck Chemicals | S7178 | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 嘌呤霉素 | -- | -- | |
| RNA提取和实时PCR | RNeasy微型试剂盒 | Qiagen | 74106 |
| iScript™逆转录预混液 | Bio-Rad | 1708841 | |
| SsoAdvanced通用SYBR Green预混液 | Bio-Rad | 1725275 | |
| 胞质DNA检测 | PicoGreen试剂 | Invitrogen | P7581 |
| 细胞周期分析 | 碘化丙啶流式细胞术试剂盒 | Abcam | ab139418 |
| 克隆形成实验 | 结晶紫 | -- | -- |
| 免疫组化 | SignalStain Boost IHC检测HRP兔 | Cell Signaling | 8114 |
| ImmPact DAB过氧化物酶(HRP)底物 | Vector Laboratories | SK-4105 | |
| ImmPact NovaRed(HRP)底物 | Vector Laboratories | -- | |
| Cytoseal™封片剂 | -- | -- | |
| 小鼠实验 | Matrigel基质胶 | Corning | 354234 |
| 细胞系鉴定 | Promega 16高灵敏度STR试剂盒 | Promega | DC2100 |
| 支原体检测 | 支原体PCR检测试剂盒 | BioVision | -- |
| 免疫组化定量 | Vectra®3自动定量病理成像系统 | Akoya Biosciences | -- |
| Inform® 2.6软件 | Akoya Biosciences | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养和基因敲低 | 细胞系(786-O, RCC4, Renca)来源和STR鉴定;shRNA序列和载体;嘌呤霉素筛选浓度 阅读提示:Materials and Methods: Cell culture and establishment of knockdown cell lines |
| 药物处理 | ATR抑制剂VE822和CHK1抑制剂LY2603618的浓度和处理时间 阅读提示:Figure 1 and 2 legends; Materials and Methods: Antibodies and chemical reagents |
| 动物实验 | 小鼠品系、年龄、性别;细胞接种数量;治疗分组和给药方案(VE822剂量和频率,PD-1抗体剂量和频率) 阅读提示:Materials and Methods: Mouse experiments; Figure 5 legend |
| 免疫组化分析 | 抗体(CD4, CD8, CD11C, PD-1)稀释度、抗原修复条件、染色定量方法 阅读提示:Materials and Methods: Immunohistochemical (IHC) staining and Quantification of Immunohistochemical Images |
| RNA-seq分析 | 测序平台、比对软件、基因计数方法、差异表达和通路评分方法 阅读提示:Materials and Methods: Murine tumor gene expression and signature score analysis |