健康个体及胰腺癌、结直肠癌、肺癌或卵巢癌患者血浆游离DNA高度升高的来源

The Origin of Highly Elevated Cell-Free DNA in Healthy Individuals and Patients with Pancreatic, Colorectal, Lung, or Ovarian Cancer

作者信息Austin K Mattox, Christopher Douville, Yuxuan Wang, Maria Popoli, Janine Ptak, Natalie Silliman, Lisa Dobbyn, Joy Schaefer, Steve Lu, Alexander H Pearlman, Joshua D Cohen, Jeanne Tie, Peter Gibbs, Kamel Lahouel, Chetan Bettegowda, Ralph H Hruban, Cristian Tomasetti, Peiyong Jiang, K C Allen Chan, Yuk Ming Dennis Lo, Nickolas Papadopoulos, Kenneth W Kinzler, Bert Vogelstein
PMID37565753
发布时间2023-10-05
DOI10.1158/2159-8290.CD-21-1252

摘要

与健康对照者相比,癌症患者的游离DNA(cfDNA)浓度通常升高,但这些额外cfDNA的来源尚未明确。为解决这一问题,我们评估了178例结肠癌、胰腺癌、肺癌或卵巢癌患者以及64例非癌症患者的cfDNA甲基化模式。其中83例个体的cfDNA浓度显著高于健康受试者的普遍水平。所有样本中cfDNA的主要来源均为白细胞,约占cfDNA总量的76%,其中以中性粒细胞为主。这一现象与样本是否来自癌症患者或总血浆cfDNA浓度无关。在癌症患者中观察到的高水平cfDNA并非来源于肿瘤细胞或肿瘤起源组织周围的正常上皮细胞。这些数据表明,癌症可能对细胞更新或DNA清除具有系统性影响。意义:癌症患者体内过量cfDNA的起源尚不明确。通过cfDNA甲基化模式分析,我们确定这些过量cfDNA既不来自肿瘤组织,也不来自周围正常组织,而是源自白细胞。这一发现提示癌症对细胞更新或DNA清除具有系统性影响。相关评论见Thierry和Pisareva撰写的文章(第2122页)。本文入选本期重点推荐文章(第2109页)。

实验方法

产品清单

名称品牌货号
K2-EDTA采血管----
BioChain 游离DNA提取试剂盒BioChainK5011610
QIAsymphony DP DNA Midi试剂盒Qiagen937255
Sso Advanced SYBR Green Supermix预混液BioRad1725271
NIST SRM 2372a标准品National Institute of Standards and Technology2372a
Accel-NGS Methyl-Seq DNA文库制备试剂盒Swift BioSciences30024
EZ DNA甲基化试剂盒Zymo ResearchD5001
Illumina HiSeq 4000测序仪IlluminaHiSeq 4000
NEBNext Ultra II Q5 Master Mix预混液New England BiolabsM0544S
AMPure XP磁珠Beckmana63880
安捷伦BioAnalyzer系统Agilent--