FH变异的生化分类
评估FH变异的催化活性和多聚化状态,以推断其致病性
从大肠杆菌中表达并纯化重组FH蛋白,通过分光光度法测定催化效率,并利用非变性凝胶电泳分析多聚化状态。
FH Variant Pathogenicity Promotes Purine Salvage Pathway Dependence in Kidney Cancer
包含体外酶活测定、细胞系代谢组学、稳定同位素示踪、体内异种移植瘤模型及药物抑制实验,涉及多个独立验证层级。
NCCFH1 HLRCC细胞系 UOK-262 HLRCC细胞系 xp-152-cl患者来源异种移植瘤细胞系 NSG小鼠皮下异种移植瘤模型
FH变异体的催化效率(通过体外酶活测定) 延胡索酸/苹果酸比值与代谢物水平的相关性 嘌呤补救途径酶APRT和HPRT1的表达及功能 6-MP处理对细胞增殖和肿瘤生长的抑制作用
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估FH变异的催化活性和多聚化状态,以推断其致病性
从大肠杆菌中表达并纯化重组FH蛋白,通过分光光度法测定催化效率,并利用非变性凝胶电泳分析多聚化状态。
研究不同延胡索酸积累水平对HLRCC细胞代谢的影响
在NCCFH1细胞中表达GFP、野生型FH或不同催化效率的FH变异体,通过LC-MS分析代谢物。
确定延胡索酸积累如何影响TCA循环、谷胱甘肽合成和嘌呤生物合成
通过稳定同位素标记(U-13C-谷氨酰胺、U-13C-葡萄糖、3,3,3',3'-2H-胱氨酸)结合LC-MS追踪代谢通量,并进行代谢物集富集分析。
验证FH缺陷细胞是否依赖嘌呤补救途径,并测试抑制该途径的影响
通过CRISPR敲除APRT和HPRT1,或在人血浆样培养基中补充腺嘌呤和鸟嘌呤,观察细胞增殖变化;使用6-MP处理细胞和异种移植瘤模型。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 重组蛋白表达与纯化 | HisPur钴离心柱 | Thermo Fisher | -- |
| 细胞培养 | RPMI培养基 | -- | -- |
| DMEM培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| 聚凝胺 | -- | -- | |
| 杀稻瘟菌素 | -- | -- | |
| LC-MS分析 | SeQuant ZIC-pHILIC聚合物色谱柱 | EMD Millipore | -- |
| Q-Exactive质谱仪 | Thermo Scientific | -- | |
| Vanquish超高效液相色谱系统 | Thermo Scientific | -- | |
| 免疫组化 | 抗2SC抗体 | Cambridge Research Biochemicals | crb2005017 |
| 免疫印迹 | GFP抗体 | Cell Signaling Technology | 2956 |
| FH抗体 | Cell Signaling Technology | 4567 | |
| V5-HRP抗体 | Thermo Fisher Scientific | R961-25 | |
| α-微管蛋白抗体 | Sigma-Aldrich | T6074 | |
| 试剂 | 6-巯基嘌呤 | -- | -- |
| U-13C-葡萄糖 | Cambridge Isotope Laboratories | -- | |
| U-13C-谷氨酰胺 | Cambridge Isotope Laboratories | -- | |
| 3,3,3',3'-2H-胱氨酸 | Cambridge Isotope Laboratories | -- | |
| 酰胺-15N-谷氨酰胺 | Cambridge Isotope Laboratories | -- | |
| 8-13C-腺嘌呤 | Cambridge Isotope Laboratories | -- | |
| 8-13C-鸟嘌呤 | Cambridge Isotope Laboratories | -- | |
| 细胞周期和凋亡分析 | Vybrant DyeCycle Green染料 | Thermo Fisher | -- |
| Annexin V, Alexa Fluor 647偶联物 | Thermo Fisher | -- | |
| 质粒克隆 | QuikChange II试剂盒 | Agilent | -- |
| Gibson克隆 | NEB | -- | |
| 重组蛋白表达 | BL21-STAR大肠杆菌 | -- | -- |
| 异丙基硫代半乳糖苷 | -- | -- | |
| 卡那霉素 | -- | -- | |
| 溶菌酶 | -- | -- | |
| 生化检测 | Bradford试剂 | -- | -- |
| Agilent BioTek Synergy H1酶标仪 | Agilent | -- | |
| 电泳 | Mini-PROTEAN TGX凝胶 | BioRad | -- |
| NativeMark非染色蛋白标准品 | Thermo Fisher | -- | |
| 流式细胞术 | BD LSRFortessa流式细胞仪 | BD | -- |
| 细胞培养 | 基质胶 | -- | -- |
| 动物实验 | NSG小鼠 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| FH变异体的表达与纯化 | FH重组蛋白在大肠杆菌中的表达条件(IPTG浓度、诱导时间)、纯化方法(HisPur柱) 阅读提示:Methods: Bacteria-expression plasmid cloning, Recombinant FH and cell-free assays |
| 细胞培养与处理 | 细胞系来源、培养基组成、传代条件、转导方法(lentivirus)、筛选药物(blasticidin) 阅读提示:Methods: Cell lines, cell culture and reagents; Lentivirus production and transduction |
| 代谢组学分析 | LC-MS参数(色谱柱、流动相、梯度)、数据处理流程(MZmine、AccuCor)、内标使用 阅读提示:Methods: LC-MS and analysis |
| 嘌呤补救途径抑制实验 | 6-MP浓度和给药方式、细胞培养条件、肿瘤异种移植模型建立 阅读提示:Results: Targeting purine salvage reduces HLRCC tumor growth; Methods: Mouse cell line xenografts |