体外细胞系药物敏感性筛选
评估THIO对胶质瘤细胞系增殖和凋亡的影响
使用17种人胶质瘤细胞系和3种小鼠细胞系,CCK-8测定细胞活力并计算IC50,FACS分析凋亡和细胞死亡,CellTrace Violet追踪细胞分裂。
A Modified Nucleoside 6-Thio-2'-Deoxyguanosine Exhibits Antitumor Activity in Gliomas
包含体外细胞系、神经球、PDO、异种移植及PDX模型,涵盖细胞活力、凋亡、DNA损伤检测及转录组和蛋白质组分析。
人类胶质瘤细胞系 小鼠胶质瘤细胞系 患者来源的异种移植瘤模型 患者来源的类器官模型
THIO处理浓度(0.01-100μM)和处理时间(4天等) 细胞活力检测方法(CCK-8)及IC50计算 凋亡和细胞死亡检测(PSVue 643和PI染色) DNA损伤检测(γH2AX免疫荧光和免疫印迹) 体内给药剂量(3mg/kg)和给药方案(隔日一次)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估THIO对胶质瘤细胞系增殖和凋亡的影响
使用17种人胶质瘤细胞系和3种小鼠细胞系,CCK-8测定细胞活力并计算IC50,FACS分析凋亡和细胞死亡,CellTrace Violet追踪细胞分裂。
评估THIO对细胞增殖和神经球生长的影响
17种细胞系经THIO处理8-14天后进行结晶紫染色;神经球经THIO处理后监测生长和细胞死亡。
验证THIO诱导的DNA损伤及其定位
Western blot和免疫荧光检测γH2AX表达;TIF实验检测端粒区域DNA损伤;PDX肿瘤组织γH2AX免疫组化。
揭示THIO的分子机制
RNAseq分析M059K、H4、D2224MG和DBTRG-05MG细胞;RPPA分析M059K、LN229和U87MG细胞。
评估THIO在体内对肿瘤生长的抑制效果
使用U87MG和U251MG异种移植模型及GBM PDX模型,THIO治疗并测量肿瘤体积和Ki-67表达。
评估THIO在PDO模型中的抗增殖作用
UTSW128和UTSW96 PDO经THIO单药或联合放疗处理,检测Ki-67表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | ThermoFisher | 11995073 |
| 胎牛血清 | Hyclone | SH30071.03 | |
| 星形胶质细胞生长培养基 | Sigma | 821-500 | |
| 干细胞培养基 | Stemcell Technologies | 5751 | |
| 人表皮生长因子 | Stemcell Technologies | 78006 | |
| 人碱性成纤维细胞生长因子 | Stemcell Technologies | 78003 | |
| 肝素 | Stemcell Technologies | 7980 | |
| 药物处理 | 6-硫代-2'-脱氧鸟苷 | -- | -- |
| 替莫唑胺 | Sigma-Aldrich | 14163 | |
| BIBR1532 | Cayman Chemical | 16608 | |
| 流式分析 | PSVue 643 | MTTI | P-1006 |
| 碘化丙啶 | Alfa Aesar | 25535-16-4 | |
| CellTrace Violet | Invitrogen | C34557 | |
| 细胞活力测定 | CCK-8试剂盒 | APEBIO | K1018 |
| 免疫荧光 | DAPI | Cell Signaling Technologies | 8961 |
| 抗Ki-67抗体 | Cell Signaling Technologies | 11882 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | ThermoFisher | 89900 |
| 蛋白酶抑制剂 | ThermoFisher | 78440 | |
| NuPage Bis-Tris凝胶 | ThermoFisher | NP0336 | |
| PVDF膜 | BioRad | 1620264 | |
| 牛血清白蛋白 | Sigma-Aldrich | A7906-100G | |
| ECL化学发光底物 | ThermoFisher | 34080 | |
| 抗cleaved-PARP抗体 | Cell Signaling Technologies | 5625 | |
| 抗p21抗体 | Cell Signaling Technologies | 2947 | |
| 抗p27kip1抗体 | Cell Signaling Technologies | 3686 | |
| 抗Rb抗体 | Cell Signaling Technologies | 9309 | |
| 抗磷酸化Rb抗体 | Cell Signaling Technologies | 8516 | |
| 抗AXL抗体 | Proteintech | 13196-1-AP | |
| 抗ATRX抗体 | Novus Biologicals | NBP1-32851 | |
| 抗PDGFRβ抗体 | Proteintech | 13449-1-AP | |
| 抗HSP70抗体 | Proteintech | 10995-1-AP | |
| 抗γH2AX抗体 | Cell Signaling Technologies | 9718T | |
| 抗β-actin抗体 | Cell Signaling Technologies | 12620S | |
| 抗兔IgG-HRP抗体 | Cell Signaling Technologies | 7074S | |
| 抗小鼠IgG-HRP抗体 | Cell Signaling Technologies | 7076S | |
| RT-qPCR | miRNeasy微型试剂盒 | Qiagen | 217004 |
| cDNA合成试剂盒 | ThermoFisher | K1651 | |
| Fast SYBR Green预混液 | ThermoFisher | 4385610 | |
| 实时荧光定量PCR检测系统 | BioRad | -- | |
| 相对端粒长度检测 | DNA微型试剂盒 | Qiagen | 51304 |
| 神经球实验 | Accutase | VWR | 490007-741 |
| ECHO Revolve显微镜 | ECHO | -- | |
| 活/死细胞活力检测试剂盒 | Sigma-Aldrich | CBA415 | |
| 衰老检测 | 衰老β-半乳糖苷酶染色试剂盒 | Cell Signaling Technologies | 9860 |
| 端粒酶活性检测 | TRAPeze RT端粒酶检测试剂盒 | -- | S7710 |
| DC蛋白定量试剂盒 | BioRad | 5000111 | |
| TIF实验 | γH2AX抗体 | Millipore | -- |
| Alexafluor 488偶联的山羊抗小鼠二抗 | Invitrogen | -- | |
| Cy5标记的PNA Tel-C探针 | Panagene | -- | |
| Vectashield/DAPI封片剂 | Vector Laboratories | -- | |
| Axio Imager Z2显微镜 | Carl Zeiss | -- | |
| 体内实验 | 无胸腺裸鼠 | -- | -- |
| NCG小鼠 | -- | -- | |
| DMSO-PBS溶液 | -- | -- | |
| 免疫荧光 | Triton X-100 | ThermoFisher | 9002-93-1 |
| 正常山羊血清 | Cell Signaling Technologies | 5425 | |
| Alexaflour 568偶联的山羊抗兔二抗 | -- | -- | |
| DNA提取和外显子测序 | Wizard基因组DNA纯化试剂盒 | Promega | -- |
| Gentra Puregene试剂盒 | Qiagen | -- | |
| Agilent SureSelect人类全外显子V6试剂盒 | Agilent | -- | |
| HiSeq PE150测序平台 | Illumina | -- | |
| RNA-seq | HiSeq 2500测序平台 | Illumina | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞系来源与培养 | 细胞系身份认证(STR)和支原体检测;培养基类型和补充因子 阅读提示:Materials and Methods - Cell lines |
| 药物处理 | THIO、TMZ、BIBR1532的溶剂和浓度;处理时间 阅读提示:Materials and Methods - Drug preparation; Results - Figure 1 and 2 |
| 细胞活力检测 | 细胞接种密度,CCK-8试剂的使用和检测时间 阅读提示:Materials and Methods - Cell viability assay; Results - Figure 1A |
| 凋亡和细胞死亡分析 | PSVue 643和PI染色浓度;流式细胞仪设置 阅读提示:Materials and Methods - FACS analysis of apoptosis |
| DNA损伤检测 | γH2AX抗体使用条件;TIF实验的处理浓度和时间 阅读提示:Materials and Methods - DNA damage detection, TIF assay; Results - Figure 3 |
| 体内实验 | 小鼠品系和性别;THIO剂量、给药途径和频率;肿瘤体积测量方法 阅读提示:Materials and Methods - In vivo study; Results - Figure 6 |
| 转录组和蛋白质组分析 | RNA-seq和RPPA的处理条件;差异表达和GSEA分析的参数 阅读提示:Materials and Methods - RNAseq, RPPA; Results - Figure 4 and 5 |