组织学评估
评估衰老对大鼠和小鼠膝关节形态及炎症的影响
对大鼠和小鼠膝关节组织进行固定、脱钙、石蜡包埋、切片,进行番红O/固绿染色和H&E染色,评估关节软骨退变和滑膜炎症,并进行OARSI评分和滑膜炎评分。
Atf3 + senescent chondrocytes mediate meniscus degeneration in aging
研究包含组织学、micro-CT、scRNA-seq、qPCR、免疫组化、伪时间分析、CellChat等多种实验层级,并进行了功能验证和机制验证。
SD大鼠 C57BL/6小鼠 大鼠半月板组织
模型物种:SD大鼠和C57BL/6小鼠,年龄(12周龄 vs 24月龄) 组织消化条件:4 mg/mL蛋白酶1小时,0.25 mg/mL胶原酶P 4-6小时 scRNA-seq平台:10x Genomics Chromium Single Cell 3' Reagent Kit v2,Illumina HiSeq测序平台 数据分析参数:Seurat聚类分辨率0.8,PCA前10个主成分,Monocle 2拟时间分析,CellChat通讯分析 免疫组化抗体:兔抗ANGPTL4(1:200,Proteintech,#18374-1-AP)和兔抗ATF3(1:200,Affinity,#DF3110)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估衰老对大鼠和小鼠膝关节形态及炎症的影响
对大鼠和小鼠膝关节组织进行固定、脱钙、石蜡包埋、切片,进行番红O/固绿染色和H&E染色,评估关节软骨退变和滑膜炎症,并进行OARSI评分和滑膜炎评分。
评估衰老对胫骨软骨下骨微结构的影响
使用NEMO NMC-200 Micro-CT系统扫描大鼠膝关节,定量分析骨小梁厚度、骨体积分数、骨小梁分离度、骨小梁数量、骨密度和骨矿物含量。
表征年轻和老年半月板的细胞组成和转录组变化
消化半月板组织成单细胞悬液,通过流式分选获得活细胞,使用10x Genomics平台构建文库并进行测序,随后使用Seurat、Monocle 2、CellChat等工具进行生物信息学分析。
验证衰老相关基因(Atf3、Cdkn1a、Angptl4)在老年半月板中的表达变化
提取半月板总RNA,逆转录并进行实时定量PCR,以GAPDH为参考基因,用2^-ΔCT或2^-ΔΔCT方法计算相对表达量。
验证ATF3和ANGPTL4蛋白在老年半月板中的表达定位和水平
对小鼠膝关节切片进行抗原修复、封闭,孵育一抗和二抗,DAB显色,苏木素复染,观察并定量阳性细胞。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组化 | 抗ANGPTL4抗体 | Proteintech | 18374-1-AP |
| 抗ATF3抗体 | Affinity | DF3110 | |
| 单细胞测序 | 蛋白酶 | -- | -- |
| 胶原酶P | -- | -- | |
| 牛血清白蛋白 | -- | -- | |
| RT-qPCR | RNeasy Plus 小型试剂盒 | Qiagen | -- |
| ABscript Neo RT预混液 | ABclonal | -- | |
| ChamQ Blue SYBR qPCR预混液 | Vazyme | -- | |
| QuantStudio 6 Flex实时荧光定量PCR仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 单细胞测序 | Chromium单细胞3'试剂盒v2 | 10x Genomics | -- |
| Illumina HiSeq测序平台 | Illumina | -- | |
| 影像学 | NEMO NMC-200微型CT系统 | Pingsheng Healthcare Technology | -- |
| 组织学 | Olympus VS200玻片扫描仪 | Olympus | -- |
| Olympus BX63显微镜 | Olympus | -- | |
| 单细胞测序 | Cell Ranger | 10x Genomics | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | 物种、品系、性别、年龄(SD大鼠12周龄和24月龄,C57BL/6小鼠年龄未明确) 阅读提示:Methods: Animal model and histological analysis |
| 组织学 | 固定、脱钙、包埋、切片、染色步骤及评分系统 阅读提示:Methods: Animal model and histological analysis |
| micro-CT | 扫描参数(电压、电流、帧数)、重建参数、分析指标 阅读提示:Methods: Micro-CT analysis |
| 单细胞RNA测序 | 样本量(n=6 vs n=5)、消化条件、活率阈值、文库构建试剂盒、测序平台及深度、比对参考基因组、聚类参数 阅读提示:Methods: Tissue dissociation for single-cell RNA-seq, Single-cell RNA library Preparation and sequencing, Single-cell data processing and analysis |
| RT-qPCR | RNA提取试剂盒、逆转录试剂、qPCR试剂、仪器、参考基因、引物序列 阅读提示:Methods: Quantitative real-time PCR (RT-qPCR) |
| 免疫组化 | 抗体、稀释比例、孵育时间、显色方法 阅读提示:Methods: Animal model and histological analysis(免疫组化部分) |