TRAP-seq和scRNA-seq图谱构建
表征不同疾病阶段巨噬细胞在主动脉、脂肪和肝脏中的基因表达程序
使用TRAP-seq和scRNA-seq分析LDLR−/−ApoB100/100小鼠(HFD 0、1、3个月)及对照,鉴定巨噬细胞富集基因和细胞亚型。
Single-cell to pre-clinical evaluation of Trem2, Folr2, and Slc7a7 as macrophage-associated biomarkers for atherosclerosis
包含TRAP-seq和scRNA-seq多组织转录组分析、PET/CT成像与体外放射自显影、ELISA检测sTREM2、BMDM功能实验及骨髓移植体内验证,多层级功能与机制验证。
LDLR−/−ApoB100/100小鼠动脉粥样硬化模型 C57Bl/6J小鼠 Slc7a7LysM−/−小鼠骨髓来源巨噬细胞 BiKE和STARNET人类队列
HFD喂养时间(1个月早期,3个月晚期)及年龄匹配(5-6个月起始HFD 1个月,3-4个月起始HFD 3个月) PET示踪剂剂量(18F-FDG 13.9±0.7 MBq,18F-FGln 14.2±0.8 MBq,68Ga-FOL 20.1±1.3 MBq)及动态采集60分钟 BMDM处理条件(氧化型LDL 100 μg/mL,乙酰化LDL 50 μg/mL,处理24小时) 骨髓移植模型(Ldlr−/−受体,4×10^6细胞,Western diet 11周) 统计分析(双尾非配对Student's t检验,Wilcoxon秩和检验)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
表征不同疾病阶段巨噬细胞在主动脉、脂肪和肝脏中的基因表达程序
使用TRAP-seq和scRNA-seq分析LDLR−/−ApoB100/100小鼠(HFD 0、1、3个月)及对照,鉴定巨噬细胞富集基因和细胞亚型。
评估血浆sTREM2作为区分症状性和无症状性动脉粥样硬化的循环生物标志物
ELISA检测小鼠血浆sTREM2,并在BiKE和STARNET队列中分析组织及血浆TREM2水平。
评估68Ga-FOL和18F-FGln作为PET示踪剂监测动脉粥样硬化斑块负荷的潜力
对LDLR−/−ApoB100/100小鼠进行PET/CT成像,计算主动脉弓TBR,并通过离体放射自显影和组织学染色验证示踪剂定位。
验证Slc7a7在巨噬细胞脂质摄取和泡沫细胞形成中的作用
从Slc7a7LysM−/−小鼠分离BMDM,进行ox-LDL/ac-LDL处理,Oil Red O染色和RNA-seq分析LAM基因特征;骨髓移植实验评估体内谷氨酰胺摄取。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养与处理 | 杜氏改良伊格尔培养基 | 文中未明确说明 | -- |
| 重组巨噬细胞集落刺激因子 | Peprotech | -- | |
| 乙酰化低密度脂蛋白 | 文中未明确说明 | -- | |
| 氧化型低密度脂蛋白 | 文中未明确说明 | -- | |
| PET成像 | 18F-氟代脱氧葡萄糖 | GE Healthcare | -- |
| 18F-氟代谷氨酰胺 | MSKCC Organic Synthesis Core Facility | -- | |
| 68Ga标记叶酸 | NOTA-folate precursor provided by Prof. Philip Low | -- | |
| eXIA160XL造影剂 | Binitio Biomedical | -- | |
| 免疫组织化学 | 抗Mac-3抗体 | BD Biosciences | 550292 |
| 抗SLC7A7抗体 | Thermo Fisher Scientific | PA5-113527 | |
| 抗FR-β抗体 | Biorbyt | -- | |
| 抗TREM2抗体 | Thermo Fisher Scientific | PA5-87933 | |
| ELISA | 抗TREM2捕获抗体 | R&D Systems | MAB17291-100 |
| 生物素化抗TREM2抗体 | R&D Systems | BAF1729 | |
| 重组小鼠TREM2 | Sino Biological | 50149-M08H | |
| 链霉亲和素多聚HRP40偶联物 | Fitzgerald | 65R-S104PHRP | |
| TMB底物 | Sigma-Aldrich | T5569 | |
| CLARIOstar酶标仪 | BMG Labtech | -- | |
| TRAP-seq | Dynabeads MyOne链霉亲和素T1磁珠 | Invitrogen | 65602 |
| 生物素化蛋白L | Pierce | 29997 | |
| SMARTer链特异性总RNA-seq试剂盒v2 | TaKaRa Bio | 634411, 634412 | |
| scRNA-seq | Chromium单细胞3'试剂盒(v2化学) | 10x Genomics | -- |
| RNA提取 | RNeasy试剂盒 | Qiagen | 74104 |
| Absolutely RNA Nanoprep试剂盒 | Agilent Technologies | #400753 | |
| RNeasy Micro Plus试剂盒 | Qiagen | -- | |
| 组织处理 | Cellcrusher冷冻压碎器 | Cellcrusher | -- |
| 缓冲液试剂 | HEPES | Fisher | 10041703 |
| 氯化镁 | Invitrogen | AM9530G | |
| 二硫苏糖醇 | Sigma | 10197777001 | |
| cOmplete Mini无EDTA蛋白酶抑制剂 | Roche | 11836170001 | |
| 鼠源RNase抑制剂 | NEB | M0314L | |
| Superasin RNase抑制剂 | Thermo Scientific | AM2696 | |
| IGEPAL CA630 | Sigma | I8896 | |
| 1,2-二庚酰基-sn-甘油-3-磷酸胆碱 | Avanti Polar Lipids | 850306P | |
| 二甲基亚砜 | Sigma | C1988-1G | |
| PET示踪剂合成 | 68Ge/68Ga发生器 | Eckert & Ziegler | -- |
| FASTlab放射性合成装置 | 文中未明确说明 | -- | |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | Sigma | R0278 |
| Bradford试剂 | ThermoFisher | -- | |
| PET/CT成像 | Inveon多模态PET/CT扫描仪 | Siemens Medical Solutions | -- |
| 放射自显影 | Fuji成像板BAS-TR2025 | Fuji | -- |
| Fuji分析仪BAS-5000 | Fuji | -- | |
| 组织学 | Pannoramic 250 Flash玻片扫描仪 | 3DHISTECH | -- |
| 放射性检测 | γ计数器(Triathler 3英寸) | Hidex | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动脉粥样硬化小鼠模型 | 小鼠品系(LDLR−/−ApoB100/100)、HFD起始月龄和喂养时长(早期:5-6月龄起1个月;晚期:3-4月龄起3个月)、对照组(chow diet) 阅读提示:Methods 2.1 |
| TRAP-seq | Csf1r启动子驱动的EGFP-RPL10a转基因、组织类型(主动脉、脂肪、肝脏)、每组小鼠数量(6只)、裂解缓冲液组成、抗体及磁珠用量 阅读提示:Methods 2.2, 补充方法 |
| scRNA-seq | 组织来源(主动脉、脂肪)、10× Genomics Chromium平台及试剂盒版本、分析流程(Seurat版本、细胞过滤条件) 阅读提示:Methods 2.3 |
| PET/CT成像 | 示踪剂种类和剂量、禁食时间、麻醉方案、动态采集时长、TBR计算方法(SUVmax主动脉弓/SUVmean血液,40-60分钟) 阅读提示:Methods 2.8, 图4图注 |
| BMDM功能实验 | Slc7a7LysM−/−小鼠来源、BMDM分化条件(M-CSF 50 ng/mL或30% L-Cell条件培养基)、处理条件(ox-LDL 100 μg/mL或ac-LDL 50 μg/mL,24小时)、Oil Red O染色和RNA-seq样本量 阅读提示:Methods 2.12, 图5图注 |
| 骨髓移植和谷氨酰胺摄取 | 受体基因型(Ldlr−/−)、移植细胞数(4×10^6)、放疗方案(16小时前)、恢复期5周、致动脉粥样硬化饮食(Western diet)11周、14C-谷氨酰胺剂量(2 μCi)和注射后时间(15分钟) 阅读提示:Methods 2.13 |