检测NLRC5在卒中后的表达和定位
评估NLRC5在缺血性脑损伤中的表达变化及细胞特异性分布。
采用Western blot、RT-qPCR检测tMCAO小鼠缺血半暗带NLRC5表达;免疫荧光共染NLRC5与Iba1、GFAP、NeuN,并分析共定位;在卒中患者死后脑组织中进行NLRC5免疫荧光染色。
Microglial NLRC5 drives lysosomal dysfunction to disrupt autophagic flux and promote post-stroke neuroinflammation
包含小鼠tMCAO模型、小胶质细胞特异性Nlrc5敲除小鼠、原代细胞和细胞系实验、患者样本分析、蛋白质组学和分子机制验证,并通过功能回补实验确证机制。
小鼠tMCAO模型 小胶质细胞特异性Nlrc5敲除小鼠 原代小胶质细胞 BV2小胶质细胞系
Nlrc5敲除效率及特异性:Western blot和PCR确认mCKO小鼠中NLRC5蛋白显著降低 tMCAO模型缺血时间60分钟及再灌注阶段CBF监测 OGD/R处理时长:原代小胶质细胞4小时缺氧,原代神经元35分钟 LPS处理浓度0.1 μg/mL及处理时间6小时 BAF处理浓度50 nM对自噬流的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估NLRC5在缺血性脑损伤中的表达变化及细胞特异性分布。
采用Western blot、RT-qPCR检测tMCAO小鼠缺血半暗带NLRC5表达;免疫荧光共染NLRC5与Iba1、GFAP、NeuN,并分析共定位;在卒中患者死后脑组织中进行NLRC5免疫荧光染色。
验证小胶质细胞NLRC5对卒中后神经功能、梗死体积和神经元凋亡的影响。
利用Tmem119-CreERT2与Nlrc5fl/fl杂交获得mCKO小鼠,腹腔注射他莫昔芬诱导敲除,进行tMCAO手术,通过mNSS、抓力、转棒和足失误测试评估神经功能,TTC染色测量梗死体积,TUNEL染色检测神经元凋亡。
探究Nlrc5缺失是否抑制小胶质细胞激活和促炎因子表达。
流式分选缺血半球小胶质细胞进行PCR阵列分析,RT-qPCR检测促炎基因(Il6、Il1b、Nos2、Tnf)表达,ELISA检测TNF-α和IL-6蛋白水平,并通过Iba1染色分析小胶质细胞形态(分支数和复杂度)。
确认NLRC5在体外模型中促进炎症并介导神经元毒性。
分离原代小胶质细胞,给予LPS、OGD/R、神经元碎片或上清液刺激,检测炎症因子表达;利用WT和Nlrc5 KO小胶质细胞条件培养基处理原代神经元,进行TUNEL染色评估神经元凋亡;并在BV2细胞中敲降或过表达NLRC5验证其促炎作用。
揭示Nlrc5缺失后小胶质细胞中变化的蛋白和信号通路,重点关注溶酶体功能。
对WT和Nlrc5 KO原代小胶质细胞进行OGD/R处理后提取蛋白,进行蛋白质组学分析(PCA、差异蛋白筛选、GO和KEGG富集),并验证溶酶体相关基因的mRNA表达。
验证Nlrc5缺失是否通过改善溶酶体功能促进自噬流,从而减轻炎症。
通过Western blot检测LC3-II、SQSTM1、CTSB、CTSD、LAMP1表达;TEM观察自噬体;mRFP-GFP-LC3荧光报告检测自噬流;LysoTracker和LysoSensor染色评估溶酶体酸化和功能。
寻找并验证NLRC5的功能伙伴,阐明其调控溶酶体功能的机制。
在原代小胶质细胞中过表达HA-NLRC5,通过Co-IP结合LC-MS/MS鉴定相互作用蛋白,筛选出ISG15;通过Co-IP和PLA验证NLRC5与ISG15的内源性结合;检测Nlrc5缺失对ISG15蛋白水平的影响。
确定NLRC5是否通过其CARD结构域结合ISG15并抑制其降解,以及该过程是否依赖自噬-溶酶体途径。
进行CHX追踪实验检测ISG15降解速率;使用自噬抑制剂(CQ、BAF)和蛋白酶体抑制剂(MG132)处理,观察ISG15水平;通过截短体质粒Co-IP确定结合结构域;通过分子对接预测结合位点。
确定NLRC5的促炎和溶酶体损伤作用是否依赖于ISG15。
利用Isg15条件敲除小胶质细胞,进行OGD/R处理,同时过表达NLRC5,检测溶酶体相关蛋白(CTSB、CTSD)和炎症因子表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | 11965092 |
| 胎牛血清 | Gibco | 10099141C | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | 15070063 | |
| 药物处理 | 脂多糖 | Sigma-Aldrich | L6529 |
| 4-羟基他莫昔芬 | MedChemExpress | HY-16950 | |
| 动物实验 | 他莫昔芬 | MedChemExpress | HY-13757A |
| 药物处理 | 3-甲基腺嘌呤 | MedChemExpress | HY-19312 |
| 氯喹 | MedChemExpress | HY-17589A | |
| 巴弗洛霉素A1 | MedChemExpress | HY-100558 | |
| MG132 | MedChemExpress | HY-13259 | |
| 动物实验 | 2,2,2-三溴乙醇 | Sigma-Aldrich | T48402 |
| 转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | 11668019 |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| ECL化学发光检测试剂盒 | Millipore | -- | |
| 免疫荧光 | NLRC5抗体 | abcam | ab105411 |
| Iba-1抗体 | Oasis biofarm | OB-PGP049-01 | |
| GFAP抗体 | abcam | ab4674 | |
| NeuN抗体 | abcam | ab104224 | |
| MAP2抗体 | abcam | ab5392 | |
| MAP1LC3抗体 | Cell Signaling Technology | 12741s | |
| SQSTM1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-48402 | |
| ISG15抗体 | Invitrogen | 703132 | |
| Western blot | β-actin抗体 | Bioworld | AP0060 |
| GAPDH抗体 | Bioworld | AP0063 | |
| NLRC5抗体 | Cell Signaling Technology | 72379s | |
| ATG7抗体 | Proteintech | 10088-2-AP | |
| ATG3抗体 | Proteintech | 11262-2-AP | |
| LAMP1抗体 | abcam | ab24170 | |
| 组织蛋白酶B抗体 | Proteintech | 12216-1-AP | |
| 组织蛋白酶D抗体 | ABclonal | A19680 | |
| LC3抗体 | Cell Signaling Technology | 12741s | |
| SQSTM1抗体 | Cell Signaling Technology | 5114s | |
| HA抗体 | Cell Signaling Technology | 3724s | |
| FLAG抗体 | ABclonal | AE005 | |
| ISG15抗体 | Proteintech | 15981-1-AP | |
| ELISA | IL-1β ELISA试剂盒 | Bioworld | CEK1788 |
| IL-6 ELISA试剂盒 | Bioworld | CEK1785 | |
| TNF-α ELISA试剂盒 | Bioworld | CEK1783 | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596026CN |
| Evo M-MLV反转录试剂盒 | Accurate Biotechnology | AG11728 | |
| SYBR Green荧光定量试剂盒 | Accurate Biotechnology | AG11733 | |
| PCR array | PCR芯片 | Wcgene Biotech | -- |
| 细胞培养 | Neurobasal培养基 | Gibco | -- |
| GlutaMAX添加剂 | Gibco | -- | |
| B27添加剂 | Gibco | -- | |
| 免疫荧光 | Alexa Fluor偶联二抗 | Invitrogen | -- |
| 免疫共沉淀 | Protein A/G磁珠 | MedChemExpress | HY-K0202 |
| 抗HA抗体 | Cell Signaling Technology | 3724s | |
| 抗ISG15抗体 | Proteintech | 15981-1-AP | |
| 抗FLAG抗体 | ABclonal | AE005 | |
| 兔IgG | Cell Signaling Technology | 2729s | |
| 邻位连接分析 | Duolink邻位连接检测试剂盒 | Sigma-Aldrich | -- |
| 质粒构建 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | 11668019 |
| 腺病毒 | mRFP-GFP-LC3腺病毒 | GeneChem | -- |
| HA-NLRC5腺病毒 | GeneChem | -- | |
| 慢病毒 | 靶向NLRC5的shRNA慢病毒 | OBiO Tech | -- |
| FLAG标记ISG15慢病毒 | OBiO Tech | -- | |
| 质粒构建 | HA-NLRC5结构域质粒 | Bioworld | -- |
| 动物实验 | 单丝尼龙线栓 | Doccol Corporation | -- |
| 激光多普勒血流仪 | Perimed Corporation | -- | |
| 激光散斑对比成像 | Perimed Corporation | -- | |
| 行为学测试 | 数字测力计 | Bioseb | GS3 |
| 转棒仪 | RWD Life Science | -- | |
| 染色 | TTC溶液 | Sigma-Aldrich | T8877 |
| 一步法TUNEL凋亡检测试剂盒 | Vazyme Biotech | A112-03 | |
| 显微镜 | 荧光显微镜 | Olympus | BX51 |
| 共聚焦激光扫描显微镜 | Olympus | FV3000 | |
| 电镜 | Hitachi 600透射电子显微镜 | Hitachi High-Technologies | -- |
| 溶酶体染色 | LysoTracker Red溶酶体红色荧光探针 | Thermo Fisher Scientific | A66439 |
| LysoSensor Green溶酶体绿色荧光探针 | Thermo Fisher Scientific | A66436 | |
| 细胞培养 | HBSS缓冲液 | Thermo Fisher Scientific | 14175-079 |
| 蛋白质组学 | 蛋白质组学分析服务 | OE Biotech | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | 小鼠品系、性别、年龄、体重;他莫昔芬给药方案(剂量、频率、持续时间、给药途径);tMCAO手术细节(线栓型号、缺血时间、再灌注时间) 阅读提示:见Methods中Animals和tMCAO部分。 |
| 细胞培养 | 原代小胶质细胞分离方法(出生后48小时内的C57/BL6J小鼠)、培养条件(DMEM+10% FBS+1% PS)、OGD/R条件(缺氧时间4小时,复氧时间)、LPS浓度和处理时间 阅读提示:见Methods中Cell culture and in vitro ischemia modeling部分。 |
| 自噬流检测 | mRFP-GFP-LC3腺病毒转染滴度和时间;BAF处理浓度和时间;LC3-II和SQSTM1蛋白水平检测方法 阅读提示:见Methods中Autophagic flux assay和Results中相关部分。 |
| 溶酶体功能检测 | LysoTracker和LysoSensor染色浓度和孵育时间;溶酶体水解酶(CTSB、CTSD)成熟形式的检测方法 阅读提示:见Methods中Lysosomes staining部分和Results中相关部分。 |
| 分子机制验证 | NLRC5截短体质粒构建和转染条件;Co-IP抗体使用量;CHX追踪实验的时间点和CHX浓度;抑制剂(CQ、BAF、MG132)的处理浓度和时间 阅读提示:见Methods中Virus and plasmids、Co-IP、CHX chase assays和Inhibitor treatment部分。 |