临床样本分析与模型建立
评估NEAT1在膀胱癌中的表达及其与CD8+T细胞免疫应答的关联
利用公共数据集分析NEAT1表达;从患者肿瘤和血液中分离TIL和CD8+T细胞,建立共培养体系;建立NEAT1敲低或激活的肿瘤细胞及CD8+T细胞模型。
NEAT1 is a therapeutic target for reversing T-cell exhaustion in bladder cancer
包含体外细胞共培养、体内小鼠模型、患者样本、及ChIRP、ChIP、荧光素酶等机制验证,功能与机制研究完善。
人膀胱癌细胞系RT-112、T24 原代人膀胱肿瘤细胞 患者来源的肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)和CD8+T细胞 NSG小鼠移植瘤模型
NEAT1在CD8+T细胞中表达水平及其对免疫检查点基因(2B4、CTLA-4、LAG3、PD-1、TIGIT)表达的影响 乳酸(Na-lactate)浓度(0、5、10、20 mM)处理CD8+T细胞24小时对NEAT1表达及功能的影响 NEAT1对糖酵解相关基因(LDHA、PDHA1、PDHA2、DLAT)转录调控及乳酸产生的效应 肿瘤细胞与CD8+T细胞共培养比例1:2.5及相关时间点(0、24、48、72小时) 动物模型中肿瘤细胞接种量(1×10^6细胞)及CD8+T细胞转移剂量和频率
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估NEAT1在膀胱癌中的表达及其与CD8+T细胞免疫应答的关联
利用公共数据集分析NEAT1表达;从患者肿瘤和血液中分离TIL和CD8+T细胞,建立共培养体系;建立NEAT1敲低或激活的肿瘤细胞及CD8+T细胞模型。
验证NEAT1在CD8+T细胞中对免疫检查点基因表达和细胞因子产生的作用
通过上调或下调CD8+T细胞中NEAT1,检测IL-2、IFN-γ产生和免疫检查点基因表达。
阐明NEAT1直接调控免疫检查点基因转录的分子机制
使用ChIRP、ChIP和荧光素酶实验检测NEAT1与免疫检查点基因启动子的结合及其对组蛋白乳酸化和RNA聚合酶II招募的影响。
验证肿瘤微环境中乳酸是否通过抑制NEAT1表达进而促进T细胞耗竭
用Na-lactate处理CD8+T细胞,检测NEAT1表达、IL-2/IFN-γ产生和免疫检查点基因表达。
探究肿瘤细胞中NEAT1对糖酵解相关基因表达和乳酸产生的调控作用
在NEAT1敲低的肿瘤细胞中检测糖酵解基因表达、乳酸水平和细胞外酸化率。
在体内验证NEAT1对肿瘤生长的影响
建立NSG小鼠肿瘤模型,注射表达NEAT1 sgRNA或NC的CD8+T细胞,监测肿瘤生长。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Gibco | 61870036 |
| DMEM/F-12培养基 | Gibco | 11320033 | |
| McCoy's 5A培养基 | Gibco | 16600082 | |
| 胎牛血清 | Sigma-Aldrich | F8318 | |
| HEPES缓冲液 | Gibco | 15630080 | |
| GlutaMAX添加剂 | Gibco | 35050061 | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | 15140122 | |
| 重组人白介素-2 | Chiron | -- | |
| 脱氧核糖核酸酶I | Sigma-Aldrich | D5025 | |
| II型胶原酶 | Gibco | 17101015 | |
| 成纤维细胞生长因子2 | Gibco | 100-18B-100UG | |
| 表皮生长因子 | Gibco | AF-100-15-1MG | |
| 转铁蛋白 | Sigma-Aldrich | T3309 | |
| 胰岛素 | Sigma-Aldrich | I9278 | |
| CD8+T细胞分离 | Dynabeads未接触人CD8 T细胞分离试剂盒 | Life Technologies | 11348D |
| 流式分析 | CD3抗体 | BioLegend | 319001 |
| CD8抗体 | BioLegend | 319001 | |
| 基因敲低 | 慢病毒NEAT1 shRNA | GenePharma | -- |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596018CN |
| RT-qPCR | ReverTra Ace qPCR RT预混液(含gDNA去除剂) | TOYOBO | FSQ-301 |
| SYBR Green PCR预混液 | TOYOBO | QPK-201 | |
| Western blotting | 人耗竭T细胞抗体套装 | Cell Signaling Technology | 81490 |
| 糖酵解抗体套装 | Cell Signaling Technology | 8337 | |
| β-肌动蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 3700S | |
| CCK-8实验 | CCK-8试剂盒 | DoJinDo | CK04 |
| 荧光素酶实验 | 双荧光素酶报告系统 | Promega | E1960 |
| ChIP实验 | L-乳酸赖氨酸抗体 | Jingjie PTM Biolab | PTM-1401RM |
| H3K18la抗体 | Jingjie PTM Biolab | PTM-1406 | |
| CBP抗体 | Abcam | ab253202 | |
| P300抗体 | Abcam | ab14984 | |
| 磷酸化STAT3 (Tyr705)抗体 | Cell Signaling Technology | 9145 | |
| RNA聚合酶II抗体 | Abcam | ab5131 | |
| 乳酸测量 | L-乳酸检测试剂盒 | Abcam | ab65331 |
| 药物处理 | 没食子黄素 | MedChemExpress | HY-W040118 |
| 7ACC2 | MedChemExpress | HY-D0713 | |
| ChIRP实验 | Dynabeads MyOne链霉亲和素C1 | Invitrogen | 65002 |
| ELISA | 人IL-2 ELISA试剂盒 | Invitrogen | BMS221-2 |
| 人IFN-γ ELISA试剂盒 | Invitrogen | EHIFNG | |
| 细胞刺激 | 抗CD3抗体 | Invitrogen | 14-0037-82 |
| 抗CD28抗体 | Invitrogen | MA1-10166 | |
| 抗PD-L1抗体 | Invitrogen | 14-5982-82 | |
| 代谢分析 | Seahorse XFe24分析仪 | Agilent Technologies | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本收集 | 患者数量、样本类型(肿瘤组织和外周血)及处理方式 阅读提示:Methods: Patients and samples |
| 细胞培养与分离 | 细胞系和原代细胞培养条件(培养基、血清浓度)及CD8+T细胞分离方法 阅读提示:Methods: Generation of TILs and tumor cells and cell culture, Generation of the stable cell lines and cell culture |
| 基因操作 | shRNA和sgRNA序列、转染方法及筛选方式 阅读提示:Methods: Generation of the stable cell lines and cell culture, CRISPR/dCas9 in CD8+ T cells |
| 共培养实验 | 肿瘤细胞与CD8+T细胞比例(1:2.5)及共培养时间点 阅读提示:Methods: Generation of TILs and tumor cells and cell culture, CCK-8 assay |
| 机制分析 | ChIRP、ChIP和荧光素酶实验的具体条件和抗体 阅读提示:Methods: ChIRP assay, ChIP assay, Luciferase assay |
| 代谢分析 | Seahorse实验参数和试剂(葡萄糖、寡霉素、FCCP等) 阅读提示:Methods: ECAR and OCR measurement |
| 动物实验 | 小鼠品系、年龄、性别、细胞接种量及CD8+T细胞转移方案 阅读提示:Methods: Animal work |