患者PBMCs转录组分析
鉴定VCI患者PBMCs中的差异表达基因和富集通路,探究炎症激活状态。
对VCI患者和健康对照的PBMCs进行RNA测序,使用GO和KEGG富集分析,并验证NLR信号通路和炎症因子表达。
Targeting NAD+ Salvage Suppresses PBMC Inflammation to Improve Cognitive Function in Vascular Cognitive Impairment
包含患者PBMCs转录组和功能验证、体外抑制剂实验、动物模型体内干预及行为学和组织学评估等多个独立证据层级。
VCI患者外周血单个核细胞 TBCCAO诱导的VCI小鼠模型
患者PBMCs中iNAMPT和eNAMPT水平的对立变化 FK866抑制eNAMPT对PBMCs炎症和吞噬功能的效应 PRPP恢复NAD+水平并抑制PBMCs炎症的浓度 TBCCAO小鼠模型的构建及PRPP给药时间点 PRPP对认知行为测试(NOR和Y迷宫)的改善
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定VCI患者PBMCs中的差异表达基因和富集通路,探究炎症激活状态。
对VCI患者和健康对照的PBMCs进行RNA测序,使用GO和KEGG富集分析,并验证NLR信号通路和炎症因子表达。
评估VCI PBMCs中NAD+补救通路的功能状态。
通过ELISA检测PBMCs中NAD+、NMN和ATP水平,Western blot检测iNAMPT和血浆eNAMPT水平。
验证eNAMPT是否驱动VCI PBMCs的促炎激活。
用FK866(eNAMPT特异性抑制剂)处理PBMCs,检测炎症因子表达、granzyme活性和吞噬功能。
验证eNAMPT是否通过TLR4和CCR5受体介导炎症。
使用IAXO-102(TLR4抑制剂)和TAK779(CCR5抑制剂)处理VCI PBMCs,检测炎症因子和吞噬功能变化。
评估PRPP能否恢复NAD+补救通路并抑制PBMCs炎症。
用PRPP处理健康对照和VCI患者的PBMCs,检测NAD+、NMN、ATP、iNAMPT水平以及炎症因子、granzyme和吞噬功能。
评估PRPP在体内对VCI小鼠认知功能和神经损伤的改善作用。
对C57BL/6J小鼠进行TBCCAO手术,术后3小时和6小时腹腔注射PRPP,进行行为学测试(NOR和Y迷宫)、脑血流成像、免疫荧光染色和凋亡检测。
验证小鼠模型中PBMCs的NAD+补救受损和炎症激活,以及PRPP的逆转作用。
分离TBCCAO小鼠和PRPP处理小鼠的PBMCs,检测NAD+、NMN、ATP、iNAMPT和eNAMPT水平以及炎症因子表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| PBMC分离 | Ficoll | Cytiva | 17544203 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher | 15596026CN |
| RT-qPCR | SYBR Premix Ex Taq | -- | -- |
| ABI 7500系统 | -- | -- | |
| ELISA | 颗粒酶A ELISA试剂盒 | Meimian | MM-0435H1 |
| 颗粒酶B ELISA试剂盒 | Meimian | MM-0434H1 | |
| NAD+ ELISA试剂盒 | Beyotime | S0175 | |
| NMN ELISA试剂盒 | Shanghai Enzyme-Linked | YJ200258 | |
| ATP ELISA试剂盒 | Solarbio | BC0300 | |
| eNAMPT ELISA试剂盒 | Shanghai Enzyme-Linked | ml058527 and ml060212 | |
| 细胞处理 | 葡聚糖Alexa Fluor 647 | -- | -- |
| 抑制剂处理 | FK866 | Abmole | M2887 |
| IAXO-102 | MCE | HY-125171 | |
| TAK779 | Abmole | M9135 | |
| Western blot | 抗Nampt抗体 | Proteintech | 11776-1-AP |
| 抗β-actin抗体 | Proteintech | 66009-1-Ig | |
| HRP标记二抗 | -- | -- | |
| Fujifilm LAS-3000 Mini系统 | Fujifilm | -- | |
| 动物实验 | PRPP | APE BIO | 108321-05-7 |
| 免疫荧光 | 抗CD31抗体 | R&D | AF3628 |
| 抗NeuN抗体 | ABclonal | A19086 | |
| Alexa Fluor 555标记二抗 | -- | -- | |
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| PBMC分离和培养 | 患者和对照的匹配标准、Ficoll分离方法、培养条件(培养基、血清浓度、时间) 阅读提示:Methods部分:Patients and Clinical Assessment, Phagocytosis Assay and Flow Cytometry Analysis |
| RNA测序分析 | 样本量(n=5),差异表达阈值(|log2FC|>2,FDR<0.01),分析平台 阅读提示:Methods部分:RNA Sequencing and Data Analysis |
| eNAMPT抑制实验 | FK866浓度(10 μmol/L)、处理时间(4小时)、对照处理 阅读提示:Methods部分:Inhibitor Treatment of PBMCs;Results部分:Inhibition of eNAMPT Attenuates... |
| TLR4/CCR5阻断实验 | IAXO-102(10 μmol/L)和TAK779(100 nmol/L)的浓度、处理时间(4小时)、对照 阅读提示:Methods部分:Inhibitor Treatment of PBMCs;Results部分:Blocking the TLR4/CCR5... |
| PRPP体外处理 | PRPP浓度(2 mmol/L)、处理时间未明确说明 阅读提示:Results部分:PRPP Enhances the NAD+ Salvage Pathway... |
| TBCCAO小鼠模型 | 小鼠品系(C57BL/6J)、年龄(3个月)、性别(雄性)、阻断时间(20分钟)、麻醉方法 阅读提示:Methods部分:TBCCAO and PRPP Administration |
| PRPP体内给药 | PRPP剂量(300 μg/g体重)、给药时间(术后3和6小时)、给药途径(腹腔注射) 阅读提示:Methods部分:TBCCAO and PRPP Administration |
| 行为学测试 | NOR测试的适应期(7天)、训练和测试时间点(24小时)、Y迷宫测试条件 阅读提示:Methods部分:Novel Object Recognition Test;Results部分:PRPP Ameliorates Cognitive Dysfunction... |