细胞分离与培养
获取人婴儿巩膜前部、赤道部和后部区域的成纤维细胞。
从4名婴儿供体(3个月、4个月、1岁、2岁)获取巩膜组织,解剖为前部、赤道部和后部区域,通过组织块培养法分离原代巩膜成纤维细胞,传代至P2。
Distinct Transcriptomic Profiles of Cultured Anterior and Posterior Populations of Human Infant Scleral Fibroblasts: Including Dopamine Receptors
包含scRNA-seq、qRT-PCR、Western blot、原位杂交、胶原凝胶收缩实验、药理干预和siRNA基因沉默等多种独立证据层级,并进行功能与机制验证。
原代人婴儿巩膜成纤维细胞(前部、赤道部、后部) 人巩膜组织切片(成人供体)
scRNA-seq:10x Genomics平台,每样本10,000细胞,P2代细胞 胶原凝胶收缩实验:3 mg/mL胶原蛋白I型基质,1×10^5细胞/mL,DA浓度50 µM DA受体药理调控:SCH23390(10 µM)、A68930(10 µM)、L741626(10 µM)等 siRNA敲低DRD2和DRD4,对照为非靶向siRNA
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获取人婴儿巩膜前部、赤道部和后部区域的成纤维细胞。
从4名婴儿供体(3个月、4个月、1岁、2岁)获取巩膜组织,解剖为前部、赤道部和后部区域,通过组织块培养法分离原代巩膜成纤维细胞,传代至P2。
揭示前后巩膜成纤维细胞的转录组异质性。
对P2代细胞进行scRNA-seq,分析细胞聚类、差异表达基因和富集通路。
验证scRNA-seq发现的DA受体差异表达。
通过qRT-PCR检测mRNA水平,Western blot检测蛋白水平,原位杂交(ISH)检测组织定位。
评估DA对巩膜成纤维细胞介导的ECM重塑(收缩)的影响。
将细胞包埋于3 mg/mL胶原基质中,加入DA(1-100 µM)处理,监测7天凝胶收缩率。
探究不同DA受体亚型在DA抑制收缩中的作用。
在DA处理前1小时加入选择性受体激动剂或拮抗剂,测量24小时收缩率。
验证DRD2和DRD4表达在DA介导收缩抑制中的作用。
用siRNA敲低DRD2或DRD4,检测7天收缩曲线及DA的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 胎牛血清 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | -- | |
| 胶原酶D | Roche | -- | |
| 单细胞RNA测序 | Chromium Next GEM单细胞3'试剂盒v3 | 10x Genomics | -- |
| Chromium芯片G单细胞试剂盒 | 10x Genomics | -- | |
| HiSeq2500测序仪 | Illumina | -- | |
| 胶原凝胶收缩实验 | I型胶原 | Biocoat | -- |
| 盐酸多巴胺 | Sigma-Aldrich | -- | |
| SCH23390盐酸盐 | MedChemExpress | -- | |
| A68930盐酸盐 | MedChemExpress | -- | |
| 左旋舒必利 | MedChemExpress | -- | |
| 甲磺酸溴隐亭 | MedChemExpress | -- | |
| L-741626 | MedChemExpress | -- | |
| PNU-95666E | MedChemExpress | -- | |
| L-745870 | MedChemExpress | -- | |
| A-412997 | APExBIO Technology | -- | |
| qRT-PCR | RNeasy Mini试剂盒 | QIAGEN | -- |
| HiScript III逆转录预混液 | Vazyme | -- | |
| ChamQ通用SYBR qPCR预混液 | Vazyme | -- | |
| QuantStudio 3实时荧光定量PCR系统 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 原位杂交 | RNASweAMI原位杂交DAB检测试剂盒 | Servicebio | GF001 |
| Tissue FAXS Plus ST系统 | TissueGnostics | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| cOmplete蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | -- | |
| Mini-Protean Tetra电泳系统 | Bio-Rad | -- | |
| SurePAGE Bis-Tris凝胶 | GenScript | -- | |
| Tris-MOPS-SDS电泳缓冲液 | GenScript | -- | |
| PVDF膜 | Merck Millipore | -- | |
| 转膜缓冲液 | GenScript | -- | |
| 高灵敏度ECL发光液 | Zen-Bioscience | -- | |
| FluorChem E成像系统 | Bio-Techne | -- | |
| 多巴胺受体D1兔单克隆抗体 | Zen-Bioscience | 381747 | |
| DRD2多克隆抗体 | Proteintech | 55084-1-AP | |
| 多巴胺受体D3兔单克隆抗体 | Zen-Bioscience | 382983 | |
| DRD4兔多克隆抗体 | Proteintech | 28094-1-AP | |
| 多巴胺受体D5兔多克隆抗体 | Zen-Bioscience | 820522 | |
| GAPDH (7E4)小鼠单克隆抗体 | Zen-Bioscience | 200306-7E4 | |
| β-微管蛋白多克隆抗体 | Proteintech | 10094-1-AP | |
| 山羊抗兔IgG (H&L) (HRP偶联) | Zen-Bioscience | 511203 | |
| 山羊抗小鼠IgG (H&L) (HRP偶联) | Zen-Bioscience | 511103 | |
| siRNA转染 | Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Gibco Opti-MEM培养基 | Gibco | -- | |
| 数据分析 | ImageJ图像分析软件 | -- | -- |
| 统计分析 | Prism 9统计分析软件 | GraphPad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 供体年龄、巩膜区域划分、传代次数 阅读提示:Methods: Primary Human Scleral Fibroblast Culture |
| scRNA-seq | 细胞数量、平台版本、测序深度、数据处理参数 阅读提示:Methods: Single-Cell RNA Sequencing 和 Data Processing and Analysis |
| 胶原凝胶收缩实验 | 胶原浓度、细胞密度、DA浓度、处理时间、凝胶面积测量方法 阅读提示:Methods: Collagen Gel Contraction Assay 和 Figure 4 图注 |
| 药理学干预 | 药物浓度、处理时间、DA浓度 阅读提示:Figure 5 图注和表3 |
| siRNA敲低实验 | siRNA序列、转染试剂、转染时间、敲低效率验证 阅读提示:Methods: Small Interfering RNA Transfection 和 Figure 6 图注 |