临床样本代谢分析
检测糖尿病视网膜病变患者玻璃体中BCAA水平,确定BCAA代谢与疾病关联。
收集35例PDR患者和22例非糖尿病黄斑裂孔患者的玻璃体液,采用质谱法检测BCAA(亮氨酸、异亮氨酸、缬氨酸)水平。
BCAT1 Activation Reprograms Branched-Chain Amino Acid Metabolism and Epigenetically Promotes Inflammation in Diabetic Retinopathy
包含单细胞测序、代谢组学、ChIP、RNA测序、激酶筛选、体内动物模型及抑制剂处理,体外和体内功能验证与机制验证完整。
rMC-1大鼠视网膜Müller细胞系 db/db糖尿病小鼠模型 WT C57BL/6J小鼠模型 糖尿病视网膜病变患者玻璃体液样本
Bcat1在Müller细胞中的表达及活性变化 高糖处理Müller细胞中Bcat1对BCAA代谢和炎症基因表达的影响 Bcat1抑制剂(BAY-069和ERG240)对糖尿病小鼠视网膜炎症和血管渗漏的作用 Plk4介导的Bcat1 T333磷酸化对Bcat1活性的调控
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
检测糖尿病视网膜病变患者玻璃体中BCAA水平,确定BCAA代谢与疾病关联。
收集35例PDR患者和22例非糖尿病黄斑裂孔患者的玻璃体液,采用质谱法检测BCAA(亮氨酸、异亮氨酸、缬氨酸)水平。
确定Bcat1和Bcat2在视网膜不同细胞类型中的表达及亚细胞定位。
利用公开的单细胞RNA测序数据分析Bcat1和Bcat2在视网膜细胞中的表达;通过免疫荧光共染色检测Bcat1与Müller细胞标志物Gs、Bcat2与线粒体标志物Tom20的共定位。
验证高糖条件下Bcat1表达或活性变化对BCAA代谢产物的影响。
在rMC-1细胞中敲低Bcat1(siRNA),并在高糖(30 mM)或正常糖(5.5 mM+甘露醇)条件下培养,检测α-KG、BCAA(Leu、Ile、Val)和Glu水平。
确定Bcat1是否调控高糖诱导的Müller细胞炎症基因表达。
在rMC-1细胞中敲低Bcat1或用化学抑制剂(BAY-069、ERG240)处理,高糖刺激后检测炎症基因(Gfap、Il6、Tnf-α、Cxcl10、Ccl7)的mRNA表达。
评估Bcat1抑制剂对糖尿病小鼠视网膜炎症和功能的影响。
对db/db小鼠和WT小鼠进行玻璃体腔注射BAY-069(1 mM)或ERG240(100或200 µM),分别处理2或4周,检测视网膜中炎症基因(Gfap、Il6)表达和GFAP免疫荧光。
阐明Bcat1调控炎症的表观遗传机制,即α-KG水平变化对组蛋白甲基化的影响。
在rMC-1细胞中敲低Bcat1或过表达Flag-BCAT1,并在有无外源α-KG(1 mM)条件下,进行ChIP-qPCR检测炎症基因启动子处H3K4me3和H3K9me3水平,同时检测炎症基因表达。
确定Bcat1活性是否受Plk4介导的T333磷酸化负调控,并阐明糖尿病条件下该调控的变化。
在rMC-1细胞中共表达Flag-BCAT1与HA-PLK4、MASTL或BMPR1B,检测Bcat1磷酸化水平和酶活性;比较正常和高糖条件下Bcat1 T333磷酸化水平;检测db/db小鼠视网膜中Plk4表达和Bcat1 T333磷酸化。
评估Bcat1抑制对糖尿病视网膜血管功能损伤的改善作用。
对db/db小鼠玻璃体腔注射BAY-069,使用Evans Blue染色评估视网膜血管渗漏。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜尔贝科改良伊格尔培养基 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 胎牛血清 | ExCell Bio | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 靶向Bcat1的小干扰RNA | -- | -- | |
| 药物处理 | BAY-069 | MedChemExpress | HY-148242 |
| ERG240 | MedChemExpress | HY-W193545A | |
| 免疫荧光 | 抗BCAT1抗体 | Cell Signaling Technology | 88785 |
| 抗BCAT2抗体 | Cell Signaling Technology | 79764 | |
| 抗GFAP抗体 | Cell Signaling Technology | #12389 | |
| 抗GS抗体 | Abcam | ab64613 | |
| Western blot | 抗PLK4抗体 | Proteintech | 28750-1-AP |
| 抗Flag抗体 | Sigma-Aldrich | F1804 | |
| 抗HA抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-7392 | |
| 抗H3K4me3抗体 | Cell Signaling Technology | 9751 | |
| 抗H3K9me3抗体 | Cell Signaling Technology | 13969 | |
| 抗CRALBP抗体 | ABclonal | A9094 | |
| 抗TOM20抗体 | Proteintech | 66777-1-Ig | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 3700 | |
| 免疫沉淀 | 抗FLAG M2琼脂糖珠 | Sigma-Aldrich | -- |
| Western blot | SuperSignal West Pico PLUS化学发光底物 | Thermo Fisher Scientific | 34580 |
| 蛋白浓度测定 | Pierce免稀释快速金BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | A55860 |
| Bcat活性测定 | Bcat酶活性检测试剂盒 | JONLNBIO | JL-T1334 |
| BCAA定量 | BCAA检测试剂盒 | Beyotime | S0535S |
| 细胞培养 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| RT-qPCR | PrimeScript逆转录试剂盒 | Takara | -- |
| TB Green Premix Ex Taq | Takara | -- | |
| SYBR Green | -- | -- | |
| 免疫荧光 | DAPI | Yeasen Biotechnology | -- |
| 徕卡SP8激光扫描共聚焦显微镜 | Leica | -- | |
| RNA测序 | Agilent 4150生物分析仪 | Agilent Technologies | -- |
| ABclonal mRNA测序文库制备试剂盒 | ABclonal | -- | |
| NovaSeq 6000测序系统 | Illumina | -- | |
| MGISEQ-T7测序仪 | MGI Tech | -- | |
| 代谢组学 | 质谱法 | -- | -- |
| 动物实验 | 托吡卡胺滴眼液 | -- | -- |
| 伊文思蓝 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本 | PDR患者和对照组样本量、纳入排除标准、玻璃体采集方法 阅读提示:见Materials and Methods中Human Tissue部分 |
| 细胞培养与处理 | rMC-1细胞培养条件、高糖浓度(30 mM)、渗透压对照(甘露醇24.5 mM)、处理时间(48小时)、siRNA转染条件 阅读提示:见Materials and Methods中Cell Culture部分 |
| 动物模型与注射 | db/db小鼠周龄、性别、遗传背景、注射剂量(BAY-069 1 mM、ERG240 100或200 µM)、注射体积(1 µL)、处理时长(2或4周) 阅读提示:见Materials and Methods中Animal Models和Intravitreal Injection of Compounds部分 |
| Bcat1活性测定 | 细胞或视网膜裂解物制备、蛋白定量方法、Bcat活性检测试剂盒型号及操作步骤 阅读提示:见Materials and Methods中Bcat Enzymatic Activity Assay部分 |
| 表观遗传学分析 | 细胞交联条件、染色质断裂方法、ChIP抗体(H3K4me3、H3K9me3)、qPCR引物、富集计算方法 阅读提示:见Materials and Methods中Chromatin Immunoprecipitation and Quantitative PCR部分及补充表S1 |
| 体内药效评估 | Evans Blue注射剂量(50 mg/kg)、循环时间(2小时)、视网膜分离与成像条件 阅读提示:见Materials and Methods中Evans Blue Assay部分 |