建立纤维化模型并分析分子特征
探究晶状体纤维化及TGFβ2刺激的LECs中的分子特征。
对ASC患者、人晶状体外植体、兔原代LECs进行RNA-seq,分析差异表达基因和相关通路;建立小鼠损伤诱导囊膜纤维化模型。
PERK Regulates Epithelial-Mesenchymal Transition Through Autophagy and Lipid Metabolism in Lens Epithelial Cells
包含体外细胞实验、体内小鼠模型、患者样本RNA-seq、脂质组学、多种分子检测,并进行功能验证与机制验证。
兔原代晶状体上皮细胞 人晶状体外植体 小鼠损伤诱导囊膜纤维化模型 ASC患者晶状体囊膜样本
TGFβ2浓度:5 ng/mL,处理48小时 PERK抑制剂ISRIB浓度:4 µM(体外)或5 µM(体内注射2 µL) 小鼠模型:6-8周龄C57BL/6小鼠,26号针头穿刺前囊膜,深度约300 µm ATF4 siRNA转染浓度:50 nM 雷帕霉素浓度:250 nM,氯喹浓度:50 µM
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究晶状体纤维化及TGFβ2刺激的LECs中的分子特征。
对ASC患者、人晶状体外植体、兔原代LECs进行RNA-seq,分析差异表达基因和相关通路;建立小鼠损伤诱导囊膜纤维化模型。
验证ER应激是否在晶状体纤维化和TGFβ2诱导的LECs EMT中被诱导。
检测BiP表达、ER应激传感器表达、ER形态(电镜)。
确定ER应激是否促进EMT进展,以及抑制ER应激是否抑制EMT。
使用ER应激诱导剂(thapsigargin、tunicamycin)和抑制剂4-PBA处理LECs,检测间充质基因和上皮标志物表达。
确定PERK/ATF4或IRE1/XBP1分支是否特异性地调控TGFβ2诱导的EMT。
使用ISRIB、4µ8C、其他IRE1α抑制剂、ATF4 siRNA处理LECs,检测间充质基因表达。
验证ISRIB能否抑制小鼠损伤诱导的晶状体纤维化。
建立小鼠模型并前房注射ISRIB,通过裂隙灯和免疫荧光评估囊下斑块形成和α-SMA表达。
确定ISRIB是否通过调节SMAD2/3信号抑制EMT。
检测TGFβ2和ISRIB处理后SMAD2/3磷酸化、核转位。
探究ISRIB是否通过调节脂质代谢(尤其PE)影响EMT。
对对照、TGFβ2、TGFβ2+ISRIB组LECs进行脂质组学分析,鉴定差异脂质,进行通路富集。
确定ISRIB是否通过抑制自噬来发挥抗纤维化作用。
通过透射电镜、mRFP-GFP-LC3探针、免疫荧光、Western blot检测自噬标志物LC3-II和P62。
确认自噬是否介导ISRIB的抗纤维化效果。
使用自噬诱导剂雷帕霉素和抑制剂CQ处理LECs,检测间充质基因表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | ISRIB | Selleckchem | S0706 |
| 细胞培养 | 最低必需培养基 | Thermo Fisher Scientific | 11095080 |
| 胎牛血清 | Gibco | 10099141C | |
| 非必需氨基酸 | Thermo Fisher Scientific | 11140050 | |
| 抗生素 | Thermo Fisher Scientific | 15140122 | |
| 细胞处理 | 转化生长因子β2 | R&D Systems | 302-B2-010 |
| 4µ8C | Selleckchem | S7272 | |
| 转染 | 脂质体转染试剂3000 | Thermo Fisher Scientific | l3000015 |
| 免疫荧光 | Smad2/3抗体 | Cell Signaling Technology | 8685 |
| p-Smad2/3抗体 | Affinity Biosciences | AF3367 | |
| α-SMA抗体 | Abcam | ab7817 | |
| FN抗体 | Abcam | ab2413 | |
| BiP抗体 | Cell Signaling Technology | 3177 | |
| P62抗体 | Abcam | ab56416 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013C |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | 04906837001 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0012 | |
| GAPDH抗体 | Cell Signaling Technology | 2118 | |
| ACTIN抗体 | Cell Signaling Technology | 3700 | |
| p-eIF2α抗体 | Cell Signaling Technology | 9721 | |
| eIF2α抗体 | Cell Signaling Technology | 9722 | |
| IRE1α抗体 | Cell Signaling Technology | 3294 | |
| 波形蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 5741 | |
| β-连环蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 8480 | |
| LC3抗体 | Cell Signaling Technology | 12741 | |
| p-SMAD2/3抗体 | Cell Signaling Technology | 8828 | |
| SMAD2/3抗体 | Cell Signaling Technology | 8685 | |
| FN抗体 | Abcam | ab137720 | |
| α-SMA抗体 | Abcam | ab7817 | |
| P62抗体 | Abcam | ab56416 | |
| 毛细血管Western | Wes系统 | ProteinSimple | -- |
| RNA提取 | RNA提取试剂盒 | Qiagen | 74104 |
| RT-qPCR | PrimeScript逆转录预混液 | Takara Bio | RR036A |
| ChamQ SYBR Color qPCR预混液 | Vazyme | Q431-02 | |
| StepOnePlus实时荧光定量PCR仪 | Applied Biosystems | -- | |
| RNA测序 | NEBNext Ultra RNA文库制备试剂盒 | New England Biolabs | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | 小鼠品系:C57BL/6;周龄:6-8周;损伤方式:26号针头垂直插入前囊膜,深度约300 µm;ISRIB注射剂量:2 µL(5 µM);对照组注射等量PBS。 阅读提示:详见 Methods 中 Animal Experiments 部分。 |
| 细胞培养与处理 | 细胞类型:兔原代晶状体上皮细胞(传代3-5次);培养基:MEM添加10% FBS、NEAA、抗生素;TGFβ2浓度:5 ng/mL;ISRIB浓度:4 µM(体外);处理时间:72小时(EMT检测)。 阅读提示:详见 Methods 中 Cell Culture and Treatment 部分。 |
| RNA-seq | 样本类型:ASC患者和正常供体晶状体囊膜、人晶状体外植体、兔原代LECs;TGFβ2处理:5 ng/mL,48小时;每个样本合并3个囊膜;测序平台:Illumina HiSeq;差异基因筛选标准:P<0.05,log2|FC|>1。 阅读提示:详见 Methods 中 Lens Collection and RNA Sequencing 部分及图例1。 |
| ER应激检测 | 检测BiP表达:免疫荧光、Wes;检测ER应激传感器:RT-qPCR、Western blot;检测ER形态:透射电镜;TGFβ2时间和剂量梯度。 阅读提示:详见 Methods 中相关部分及图2图例。 |
| EMT诱导与抑制 | ER应激诱导剂:thapsigargin(1 µM,6小时或梯度剂量40小时)、tunicamycin(5 µg/mL,6小时);ER应激抑制剂:4-PBA;PERK抑制剂:ISRIB;IRE1抑制剂:4µ8C(25 µM)及其他IRE1抑制剂。 阅读提示:详见 Results 中相应结果及图3、图4图例。 |
| ATF4敲低 | siRNA浓度:50 nM;转染试剂:Lipofectamine 3000;转染时间:48小时;对照:非靶向siRNA。 阅读提示:详见 Methods 中 Transfection With Small Interfering RNA 部分。 |
| 体内给药 | 给药方式:前房注射;ISRIB体积:2 µL,浓度5 µM;对照组注射PBS;观察时间:损伤后7天。 阅读提示:详见 Methods 中 Animal Experiments 部分及图5图例。 |
| SMAD2/3检测 | 检测磷酸化SMAD2/3和总SMAD2/3;核转位检测;体内免疫荧光。 阅读提示:详见 Results 中 ISRIB Partially Blocks SMAD2/3 Activation 部分及图6图例。 |
| 自噬检测 | 透射电镜观察自噬泡;mRFP-GFP-LC3探针检测自噬流;Western blot检测LC3-II和P62;ISRIB处理时间和剂量依赖性。 阅读提示:详见 Methods 中相关部分及图8图例。 |
| 脂质组学 | 细胞样品:对照、TGFβ2、TGFβ2+ISRIB;提取方法:MTBE/MeOH;质谱:ESI-QTRAP-MS/MS;数据分析:PCA、PLS-DA、KEGG富集。 阅读提示:详见 Methods 中 Lipidomics Analysis 部分。 |