PCO体内和体外模型建立
建立PCO模型以模拟后发性白内障的病理过程
对C57BL/6小鼠进行模拟白内障手术,建立体内PCO模型;使用TGF-β2处理HLE-B3细胞诱导EMT,作为体外模型。
LncRNA HOTAIR Interaction With WTAP Promotes m6A Methyltransferase Complex Assembly and Posterior Capsule Opacification Formation by Increasing THBS1
包含体外细胞实验(HLE-B3细胞)、体内小鼠白内障手术模型,并通过RIP、Co-IP、MeRIP-seq等验证分子机制,且包含功能获得和功能丧失实验,证据层级独立充分。
人晶状体上皮B3细胞系(HLE-B3) 小鼠白内障手术模型(C57BL/6小鼠) TGF-β2诱导的HLE-B3细胞EMT模型
TGF-β2处理浓度10 ng/mL,处理时间48小时 HOTAIR和WTAP过表达及敲低效率(慢病毒和siRNA) RIP实验中使用的抗WTAP抗体(Cell Signaling Technology,Cat#41934) Co-IP实验中使用的抗WTAP抗体(Proteintech,Cat#10200-1) 体内实验中,小鼠术后5天取材用于主要分析
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立PCO模型以模拟后发性白内障的病理过程
对C57BL/6小鼠进行模拟白内障手术,建立体内PCO模型;使用TGF-β2处理HLE-B3细胞诱导EMT,作为体外模型。
验证HOTAIR对LECs EMT、增殖、迁移的影响
通过慢病毒介导的HOTAIR过表达和siRNA敲低,检测EMT标志物表达、细胞活力、增殖和迁移能力。
验证HOTAIR与WTAP在LECs中的直接结合及其对m6A甲基转移酶复合物组装的影响
使用CatRAPID预测、RIP-qPCR、双RNA-FISH和IF、Co-IP实验验证HOTAIR与WTAP相互作用,并检测对METTL3/METTL14结合的影响。
鉴定HOTAIR/WTAP复合物调控的m6A靶基因及其对EMT的影响
通过RNA-seq和MeRIP-seq筛选差异表达和m6A修饰基因,用MeRIP-qPCR和qRT-PCR验证候选基因,重点关注THBS1。
验证THBS1是否为HOTAIR/WTAP复合物的下游效应分子
在HOTAIR过表达细胞中敲低THBS1,检测EMT标志物和细胞迁移能力的变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 最低必需培养基 | Gibco | C11095500BT |
| 胎牛血清 | Gibco | 10099-141 | |
| 青霉素/链霉素 | Gibco | 15140122 | |
| 药物处理 | 转化生长因子-β2 | PeproTech | 100-35B |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | 11668019 |
| Opti-MEM培养基 | Gibco | 31985070 | |
| 细胞增殖检测 | 细胞计数试剂盒 | Dojindo Laboratories | CK04 |
| 5-乙炔基-2'-脱氧尿苷 | Beyotime | C0071S/C0078S | |
| 核染色 | Hoechst 33342染料 | -- | -- |
| 荧光原位杂交 | FISH试剂盒 | RiboBio | C10910 |
| 免疫荧光染色 | 正常驴血清 | Solarbio | SL050 |
| 4',6-二脒基-2-苯基吲哚 | Beyotime | C1005 | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Takara Bio | 9108 |
| m6A定量 | EpiQuik m6A RNA甲基化定量试剂盒 | EpiGentek | P-9005 |
| RT-qPCR | PrimeScript逆转录试剂盒 | Takara Bio | RR820A |
| TB Green Premix Ex Taq II | Takara Bio | RR036A | |
| 定量PCR | QuantStudio 5实时荧光定量PCR仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| RNA免疫沉淀 | EZ-Magna RIP RNA结合蛋白免疫沉淀试剂盒 | Merck Millipore | 17-701 |
| 蛋白质印迹 | BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0010 |
| PVDF膜 | Merck Millipore | -- | |
| ECL蛋白质印迹检测系统 | VILBER | -- | |
| 共免疫沉淀 | Co-IP试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| MeRIP | MeRIP试剂盒 | RiboBio | C11051-1 |
| RNA纯化 | HiPure血清/血浆miRNA提取试剂盒 | Magen | R4317-03 |
| Transwell迁移实验 | Transwell小室 | Corning | 353097 |
| 细胞染色 | 结晶紫 | Beyotime | C0121 |
| 统计分析 | SPSS统计软件 | IBM | -- |
| GraphPad Prism 8 | GraphPad | -- | |
| 图像分析 | ImageJ图像分析软件 | National Institutes of Health | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 体内模型建立 | 小鼠品系(C57BL/6)、年龄(10周)、手术方法和术后时间点(5天)。 阅读提示:Methods的Animal Models and Cataract Surgery部分 |
| 体外细胞培养与处理 | HLE-B3细胞系来源(ATCC)、培养基(MEM)、血清浓度(10%)、TGF-β2浓度(10 ng/mL)和处理时间(48小时)。 阅读提示:Methods的Cell Culture, Treatment, and Transfection部分 |
| HOTAIR操作 | HOTAIR过表达慢病毒载体和siRNA序列,转染效率和稳定克隆筛选(puromycin)。 阅读提示:Methods的Cell Culture, Treatment, and Transfection部分及补充表S1 |
| 分子互作验证 | RIP中使用的抗体(抗WTAP Cat#41934和IgG),Co-IP中使用的抗体(抗WTAP Cat#10200-1),共沉淀效率。 阅读提示:Methods的RNA Immunoprecipitation Assay和Co-Immunoprecipitation部分 |
| m6A检测 | m6A定量试剂盒(EpiGentek),MeRIP-seq的建库方法和数据分析标准。 阅读提示:Methods的RNA m6A Quantification和Methylated RIP Sequencing and MeRIP-qPCR部分 |