Mettl3表达模式分析
确定METTL3在发育晶状体中的时空表达模式。
通过METTL3免疫荧光染色检测E12.5至P14晶状体中METTL3的表达和定位。
Mettl3 Regulates Lens Development by Promoting the Differentiation Processes of Secondary Fiber Cells
包含条件敲除小鼠模型、组织学与免疫荧光分析、BrdU和TUNEL标记、RNA-seq及m6A-seq等多层级实验,并有明确功能与机制验证。
晶状体特异性Mettl3条件敲除小鼠(P0-3.9GFPCre+; Mettl3flox/flox) 小鼠胚胎晶状体组织(E12.5至P14)
Mettl3-CKO小鼠基因型为P0-3.9GFPCre+; Mettl3flox/flox,对照为其他基因型 BrdU标记:腹腔注射0.32 µmol/g体重,2小时后取材 TUNEL检测使用One Step TUNEL Apoptosis Assay Kit(C1088; Beyotime) RNA-seq每组4个生物学重复,每个重复含4-8个晶状体(来自2-4个胚胎) m6A-seq使用12个E14.5野生型C57BL/6小鼠晶状体提取的总RNA 4 µg
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定METTL3在发育晶状体中的时空表达模式。
通过METTL3免疫荧光染色检测E12.5至P14晶状体中METTL3的表达和定位。
研究Mettl3缺失对晶状体发育的影响。
使用P0-3.9GFPCre和Mettl3flox小鼠构建晶状体特异性敲除,通过裂隙灯、体视镜观察晶状体外观,H&E染色观察组织形态。
检查Mettl3缺失对次级纤维细胞形态和分化状态的影响。
通过鬼笔环肽染色观察肌动蛋白细胞骨架,免疫荧光检测βB1-晶状体蛋白、γ-晶状体蛋白、c-MAF、E-钙黏蛋白、PAX6的表达。
评估Mettl3缺失对晶状体细胞周期退出和细胞存活的影响。
进行BrdU标记和TUNEL染色,定量分析BrdU+和TUNEL+细胞比例。
鉴定Mettl3缺失引起的晶状体转录组变化。
对E14.5对照和Mettl3-CKO晶状体进行RNA-seq,分析差异表达基因和GO富集。
表征晶状体m6A表观转录组,并鉴定Mettl3调控的直接下游基因。
对E14.5野生型小鼠晶状体RNA进行m6A-seq,结合RNA-seq结果重叠分析m6A修饰的差异表达基因。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物模型构建 | P0-3.9GFP-Cre小鼠 | The Jackson Laboratory | #024688 |
| Mettl3flox小鼠 | -- | -- | |
| 眼/晶状体成像 | 裂隙灯BX 900 | Haag-Streit | -- |
| 体视镜SZX10 | Olympus | -- | |
| 组织学处理 | FAS眼球固定液 | Servicebio | -- |
| 组织切片 | Leica RM2235切片机 | Leica | -- |
| OCT包埋剂 | SAKURA | 4583 | |
| Leica CM1950冰冻切片机 | Leica | -- | |
| 免疫荧光染色 | 抗METTL3抗体 | Abcam | ab195352 |
| 抗PAX6抗体 | Abcam | ab195045 | |
| 抗c-MAF抗体 | Santa Cruz | sc-7866 | |
| 抗βB1-晶状体蛋白抗体 | Santa Cruz | sc-374496 | |
| 抗γ-晶状体蛋白抗体 | Santa Cruz | sc-365256 | |
| 抗BrdU抗体 | Cell Signaling Technology | 5292S | |
| 抗p27kip1抗体 | Cell Signaling Technology | 3686S | |
| 抗E-钙黏蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 3195S | |
| Alexa Fluor 488/568 驴抗小鼠二抗 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Alexa Fluor 488/568 驴抗兔二抗 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| DAPI | Sigma-Aldrich | -- | |
| 肌动蛋白染色 | 鬼笔环肽Green-488 | Beyotime | C2201S |
| 显微镜成像 | Zeiss Imager.Z2显微镜 | Carl Zeiss | -- |
| LSM980共聚焦显微镜 | Carl Zeiss | -- | |
| 凋亡检测 | 一步法TUNEL凋亡检测试剂盒 | Beyotime | C1088 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Beyotime | R0016 |
| RNA-seq文库构建 | NEBNext Ultra RNA文库制备试剂盒 | New England Biolabs | -- |
| RNA-seq测序 | Illumina HiSeq测序平台 | Illumina | -- |
| m6A-seq | m6A抗体(小鼠单克隆抗m6A) | Synaptic Systems | 202011 |
| 单细胞全长mRNA扩增试剂盒-Box 2 | Vazyme | N712 | |
| m6A-seq文库构建 | TruePrep DNA文库制备试剂盒V2 | Vazyme | TD503 |
| RT-qPCR | PrimeScript RT Master Mix试剂盒 | Takara | RR036A |
| TB Green Premix Ex Taq II试剂盒 | Takara | RR820A | |
| LightCycler 480 II实时荧光定量PCR仪 | Roche | -- | |
| 统计分析 | GraphPad Prism 9.5.1软件 | GraphPad Software | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型构建 | 小鼠基因型:Mettl3-CKO为P0-3.9GFPCre+; Mettl3flox/flox,对照为P0-3.9GFPCre+; Mettl3flox/wt、P0-3.9GFPCre-; Mettl3flox/flox和P0-3.9GFPCre-; Mettl3flox/wt;背景为C57BL/6。 阅读提示:Methods: Animals |
| 免疫荧光染色 | 一抗使用浓度:METTL3 1:300,PAX6 1:400,c-MAF 1:200,βB1-CRYSTALLIN 1:50,γ-CRYSTALLIN 1:50,BrdU 1:300,p27kip1 1:300,E-CADHERIN 1:500。 阅读提示:Methods: Hematoxylin and Eosin Staining and Immunofluorescence Analysis |
| 细胞增殖检测 | BrdU剂量:0.32 µmol/g体重,注射后2小时取材。 阅读提示:Methods: 5-Bromo-2′-Deoxyuridine Labeling |
| 细胞凋亡检测 | TUNEL检测使用Beyotime一步法TUNEL凋亡检测试剂盒(C1088)。 阅读提示:Methods: TUNEL Staining |
| RNA-seq | E14.5晶状体,每组4个生物学重复,每个重复4-8个晶状体;测序平台Illumina HiSeq,150bp双端。 阅读提示:Methods: RNA Sequencing |
| m6A-seq | E14.5野生型C57BL/6小鼠晶状体12个,总RNA 4 µg;m6A抗体(Synaptic Systems 202011)。 阅读提示:Methods: m6A Sequencing |