检测不同增殖状态RPE细胞中MITF剪接异构体表达
评估(+)MITF和(−)MITF在不同增殖状态RPE细胞中的表达差异。
分离2月龄C57BL/6J小鼠RPE组织并原代培养7天,通过BrdU掺入确认细胞增殖状态;使用RT-PCR和qRT-PCR分析RPE组织和培养细胞中(−)MITF和(+)MITF的表达。同时,将hESC-RPE细胞分为高增殖和低增殖组,分析MITF异构体表达。
LncRNA NEAT1 Recruits SFPQ to Regulate MITF Splicing and Control RPE Cell Proliferation
研究包含体外细胞模型(ARPE-19、D407、原代小鼠RPE、hESC-RPE),结合siRNA敲低、慢病毒过表达、RIP、RT-PCR/qRT-PCR、细胞计数、Ki67染色及Western blot等多层级功能与机制验证。
ARPE-19细胞 D407细胞 原代小鼠RPE细胞 hESC来源的RPE细胞
NEAT1敲低效率及对MITF剪接的影响(ARPE-19和D407细胞) SFPQ过表达效率及对MITF剪接的影响(ARPE-19+SFPQ细胞) SFPQ与NEAT1和MITF mRNA的直接结合(RIP实验) NEAT1敲低后SFPQ与MITF mRNA结合亲和力的变化 NEAT1敲低对细胞增殖的影响(细胞计数、Ki67染色、Western blot)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估(+)MITF和(−)MITF在不同增殖状态RPE细胞中的表达差异。
分离2月龄C57BL/6J小鼠RPE组织并原代培养7天,通过BrdU掺入确认细胞增殖状态;使用RT-PCR和qRT-PCR分析RPE组织和培养细胞中(−)MITF和(+)MITF的表达。同时,将hESC-RPE细胞分为高增殖和低增殖组,分析MITF异构体表达。
探究NEAT1表达是否与RPE细胞增殖状态相关。
使用RT-PCR和qRT-PCR检测原代培养小鼠RPE细胞与分离组织、高/低增殖hESC-RPE细胞、以及亚融合和后融合的ARPE-19和D407细胞中NEAT1的表达。
验证NEAT1是否调控RPE细胞增殖。
在ARPE-19和D407细胞中转染si-NEAT1或si-NC,通过qRT-PCR验证敲低效率;通过细胞计数、细胞生长曲线、Ki67免疫染色和Western blot检测增殖相关蛋白(MET、E2F1、P-Rb等)评估增殖变化。
确定NEAT1是否调控MITF mRNA的选择性剪接。
在ARPE-19和D407细胞中敲低NEAT1后,通过RT-PCR和qRT-PCR分析(+)MITF和(−)MITF的比例,并检测总MITF mRNA水平。
探究NEAT1是否通过招募SFPQ调控MITF剪接。
使用RIP实验检测ARPE-19细胞中SFPQ与NEAT1和MITF mRNA的结合;通过慢病毒过表达SFPQ,检测SFPQ结合MITF mRNA的变化及MITF剪接异构体比例变化。
证明NEAT1对于SFPQ介导的MITF剪接调控是必需的。
在ARPE-19和ARPE-19+SFPQ细胞中敲低NEAT1,通过RIP检测SFPQ与MITF mRNA结合的变化,并分析MITF剪接异构体比例。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM/F-12培养基 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 分散酶 | -- | -- | |
| Essential 8培养基 | Gibco | A1517001 | |
| 基因敲低 | LipoJet转染试剂 | SignaGen Labs | -- |
| 基因过表达 | SFPQ过表达慢病毒 | GeneCopoeia | -- |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| 逆转录 | 逆转录试剂盒 | Promega | -- |
| PCR | 2× Taq预混液(含染料) | Vazyme Biotech | -- |
| qRT-PCR | SYBR Green荧光染料 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 免疫染色 | 抗Ki67抗体 | MilliporeSigma | ab9260 |
| 溴脱氧尿苷 | -- | -- | |
| 抗BrdU抗体 | Sigma-Aldrich | b8434 | |
| 荧光显微镜 | 蔡司荧光显微镜 | Carl Zeiss Microscopy | -- |
| Western blot | MET抗体 | Cell Signaling Technology | 8198 |
| E2F1抗体 | Cell Signaling Technology | 3742S | |
| 磷酸化Rb抗体 | Cell Signaling Technology | 3590 | |
| 磷酸化AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 4060 | |
| AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 4691 | |
| Odyssey CLx成像系统 | LI-COR Biosciences | -- | |
| RNA免疫沉淀 | Magna RIP RNA结合蛋白免疫沉淀试剂盒 | MilliporeSigma | 17-700 |
| SFPQ抗体 | Sigma-Aldrich | P2860 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | ARPE-19和D407细胞的培养基(DMEM/F-12或DMEM)、血清浓度(10% FBS)、培养条件(5% CO2,37°C);小鼠RPE分离方法(2% dispase消化30分钟) 阅读提示:参见Methods中“Cell Culture and NEAT1 Knockdown”和“Mouse RPE Isolation and Primary Culture”部分 |
| NEAT1敲低 | siRNA序列(si-NEAT1-1和si-NEAT1-2)、转染浓度(40 pmol)、转染试剂(LipoJet Reagent)、转染时细胞密度(约50%汇合度) 阅读提示:参见Methods中“Cell Culture and NEAT1 Knockdown”部分和Supplementary Table S1 |
| SFPQ过表达 | 慢病毒滴度(2×10^8 TU/mL)、感染体积(10 µL)、感染时间(约6小时)、检测时间(72小时后) 阅读提示:参见Methods中“SFPQ Overexpression”部分 |
| MITF剪接分析 | RT-PCR引物(跨外显子6a)、PCR条件(94°C 40秒,58°C 30秒,72°C 30秒,34个循环)、qRT-PCR引物位置(总MITF外显子2-3,+MITF外显子6a和7) 阅读提示:参见Methods中“MITF mRNA and Splicing Isoform Analysis”部分和Supplementary Figure S1 |
| RNA免疫沉淀 | 使用Magna RIP试剂盒、SFPQ抗体(P2860)、细胞培养时间(24小时) 阅读提示:参见Methods中“RNA Binding Protein Immunoprecipitation Assay”部分 |
| 增殖检测 | 细胞计数时间(转染后48小时)、Ki67染色步骤(4%多聚甲醛固定,0.4% Triton X-100透化,抗体稀释1:200)、BrdU浓度(20 µm)和孵育时间(2小时) 阅读提示:参见Methods中“Immunostaining”和“Statistical Analysis”部分 |