特发性声门下狭窄的蛋白质组学和基因组甲基化特征

Proteomic and Genomic Methylation Signatures of Idiopathic Subglottic Stenosis

作者信息Stephen S Schoeff, Xudong Shi, William G Young, Chad W Whited, Resha S Soni, Peng Liu, Irene M Ong, Seth H Dailey, Nathan V Welham
PMID32619300
发布时间2021-02
DOI10.1002/lary.28851

摘要

目的:特发性声门下狭窄(iSGS)是一种导致呼吸困难的慢性炎症性疾病,主要影响白种人、非拉丁裔或西班牙裔的中年女性。为更好地描述其表型与发病机制,我们评估了iSGS患者与对照组声门下组织的蛋白质组学特征及基因组甲基化特征。研究设计:临床生物样本的分子分析。方法:我们在直接喉镜检查中,于iSGS患者手术治疗前即刻采集了12例患者的声门下组织活检样本;同时采集了4例年龄、性别及种族/民族匹配、因其他原因接受直接喉镜检查的对照患者的样本。我们分离了蛋白质和基因组DNA,采用无标记定量质谱技术获取蛋白质组数据,并通过亚硫酸氢盐转化与微阵列平台获取全基因组甲基化数据。我们比较了iSGS组与对照组的分子特征,并分析了iSGS组内分子特征与临床病程的关系。12例iSGS患者中有8例后续接受了血液采集和血浆分离,用于进一步评估。结果:蛋白质组学分析显示,与对照组相比,iSGS活检组织中有42种蛋白质存在差异丰度,提示与早期伤口愈合、先天免疫、基质重塑及代谢相关的生物学通路富集。基于蛋白质组的层次聚类将患者分为两个iSGS亚组和一个对照组亚组。甲基化分析显示,与对照组相比,iSGS活检组织中有5个基因呈现高甲基化,包括生物素回收酶生物素酶(BTD)。后续分析表明,iSGS患者的血浆BTD活性较对照组及已发表的正常参考数据均显著升高。结论:iSGS表现出独特的蛋白质组学与基因组甲基化特征。这些特征拓展了当前对iSGS表型的理解,支持疾病存在亚群的可能性,并为未来实验研究的方向提供了依据。证据等级:不适用 《喉镜》,131卷,E540-E546页,2021年。

实验方法

产品清单

名称品牌货号
Vacutainer EDTA采血管BD Biosciences366643
AllPrep DNA离心柱----
酶标仪Molecular DevicesFlexstation 3
比色试剂盒Abcamab185441
Pierce BCA试剂盒Thermo Fisher Scientific--
线性离子阱/Orbitrap质谱仪Thermo Fisher ScientificLTQ Orbitrap Elite
液相色谱-串联质谱系统----
NanoDrop 2000分光光度计Thermo Fisher Scientific--
Qubit 2.0荧光计Invitrogen--
dsDNA HS试剂盒----
EZ DNA甲基化试剂盒Zymo ResearchD5001
Infinium MethylationEPIC 芯片IlluminaWG-317–1001