单细胞转录组图谱构建
描绘TP53突变AML的骨髓生态系统组成和细胞类型变化
对30例AML患者骨髓样本进行scRNA-seq和靶向DNA测序,聚类注释主要细胞类型,比较TP53突变与野生型组间细胞比例
Single-cell profiling reveals reprogrammed hierarchy and disrupted immune-stromal ecosystem in TP53-mutated AML
包含单细胞转录组、靶向DNA测序、体外功能实验(铁死亡、T细胞共培养)、间质共培养等多层级验证,且体外实验验证了机制。
THP-1细胞系(TP53突变) MOLM-13细胞系(TP53野生型) 原代CD3+ T细胞与AML细胞系共培养 人骨髓间充质干细胞(MSC)与AML细胞共培养
TP53突变与野生型分组(11例 vs 19例) 单细胞RNA测序质控参数(基因数500-5000,线粒体比例<10%) RSL3浓度(1 μM)和处理时间(4小时) 共培养时间(48-72小时) 统计方法(Wilcoxon检验、Benjamini-Hochberg校正)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
描绘TP53突变AML的骨髓生态系统组成和细胞类型变化
对30例AML患者骨髓样本进行scRNA-seq和靶向DNA测序,聚类注释主要细胞类型,比较TP53突变与野生型组间细胞比例
确定TP53突变AML中白血病细胞的分化轨迹和状态变化
对白血病细胞进行亚聚类和Monocle3拟时分析,比较各亚群比例,映射到健康参考骨髓
识别TP53突变AML中富集的功能程序及其临床关联
应用NMF提取11个meta-program,进行GO富集和生存分析,并评估铁死亡相关基因表达
评估TP53突变对T、NK、B和髓系细胞亚群的影响
对免疫细胞亚聚类,比较组间比例,分析功能基因和通路,进行拟时和细胞通讯分析
确定TP53突变AML中间质细胞的组成和功能变化
对骨髓活检的间质细胞亚聚类,比较组间比例,分析差异表达基因和细胞通讯
验证单细胞数据提示的铁死亡抵抗、T细胞功能障碍和间质重塑
用RSL3处理AML细胞系检测脂质过氧化和活力;用TP53突变AML细胞共培养原代T细胞检测PD-1和IFN-γ;用MSC共培养AML细胞检测基因表达
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Hyclone | SH30809.01 |
| L-谷氨酰胺 | Corning | 25-005-CI | |
| 药物处理 | RSL3 | MedChemExpress | HY-100218 A |
| 盐酸多柔比星 | MedChemExpress | HY-15142 | |
| 细胞活力检测 | CCK-8溶液 | TargetMol | C0005 |
| 脂质过氧化检测 | C11-BODIPY581/591 | Molecular Probes, Invitrogen | -- |
| 流式分析 | 抗人CD45抗体 | BD Biosciences | HI30 |
| 抗人CD279抗体 | BioLegend | EH12.1 | |
| 抗人CD3抗体 | BD Biosciences | HIT3a | |
| 可固定活力染料510 | BD Biosciences | 564406 | |
| 凋亡分析 | 膜联蛋白V | BD Biosciences | 567356 |
| DAPI | ThermoFisher | D1306 | |
| 细胞刺激 | 佛波醇12-肉豆蔻酸酯13-乙酸酯 | Sigma-Aldrich | -- |
| 离子霉素 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 布雷菲德菌素A | Cytek Biosciences | -- | |
| 细胞因子染色 | 抗IFN-γ抗体 | BD Biosciences | B27 |
| T细胞活化 | ImmunoCult™人CD3/CD28 T细胞激活剂 | STEMCELL Technologies | -- |
| T细胞培养 | 重组人白细胞介素-2 | STEMCELL Technologies | -- |
| RNA提取 | MolPure TRIeasy Plus总RNA提取试剂盒 | Yeasen | 19211ES60 |
| 逆转录 | Hifair Ⅲ第一链cDNA合成预混液 | Yeasen | 11137ES60 |
| RT-qPCR | Hieff qPCR SYBR Green预混液(Low Rox Plus) | Yeasen | 11202ES03 |
| Bio-Rad CFX96 Touch实时荧光定量PCR检测系统 | Bio-Rad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者样本 | 样本类型(骨髓穿刺液或活检)、TP53突变状态(突变/野生型)、突变负担(VAF)和等位基因状态(单/多等位基因) 阅读提示:Methods: Patient samples |
| 单细胞RNA测序 | 质控参数(基因数500-5000、线粒体比例<10%)、双细胞去除、批次效应校正方法 阅读提示:Methods: Processing of scRNA-seq data |
| 铁死亡功能验证 | RSL3浓度(1μM)、处理时间(4小时)、细胞密度、共培养比例和时间 阅读提示:Methods: Cell viability; Results: 图3 |
| T细胞共培养 | T细胞来源、激活方法、共培养比例(1:2)、时间(48-72小时)、检测指标(PD-1和IFN-γ) 阅读提示:Methods: Primary T cell and AML cell line co-culture; Results: 图4M |
| 间充质干细胞共培养 | MSC代数(P4-5)、接种密度(2.0×10^4 cells/cm^2)、共培养比例(1:5)、时间(48小时) 阅读提示:Methods: Co-culture of AML cells with MSC; Results: 图7K |