单细胞转录组分析
描绘皮肤红斑狼疮皮损与非皮损及健康对照的细胞组成和基因表达差异。
对皮肤活检样本进行单细胞RNA测序,聚类分析鉴定细胞类型,并进行通路富集和差异表达分析。
Cutaneous Lupus Features Specialized Stromal Niches and Altered Retroelement Expression
包含单细胞RNA测序、空间转录组、原位杂交等多层级验证,并进行了Anifrolumab治疗前后对比,明确了细胞类型、通路和逆转录元件变化。
皮肤红斑狼疮患者皮损皮肤 健康对照皮肤 亚急性皮肤红斑狼疮患者治疗前后皮肤
患者样本:3例健康对照和5例CLE患者,共12个样本(含非皮损) 单细胞RNA测序:10x Genomics 5'v2试剂盒,测序深度至少20,000读对/细胞 空间测序:10x Visium CytAssist,使用FFPE组织 Anifrolumab治疗:1例SCLE患者,8周后评估,皮损明显缓解 原位杂交:使用RNA Scope试剂盒,GREM1和CXCL10探针
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
描绘皮肤红斑狼疮皮损与非皮损及健康对照的细胞组成和基因表达差异。
对皮肤活检样本进行单细胞RNA测序,聚类分析鉴定细胞类型,并进行通路富集和差异表达分析。
揭示皮肤红斑狼疮微环境中细胞间的配体-受体相互作用。
使用CellChat进行配体-受体分析,比较健康、非皮损和皮损状态下的细胞通讯网络。
鉴定皮肤红斑狼疮特有的成纤维细胞亚群及其特征。
对成纤维细胞进行亚聚类,分析差异表达基因、通路激活和转录因子活性,并通过拟时间轨迹推断分化路径。
验证关键细胞类型在组织中的空间定位和共定位。
对健康对照、治疗前和治疗后的皮肤红斑狼疮样本进行空间转录组测序,分析细胞类型和基因表达的空间分布。
独立验证GREM1+成纤维细胞的存在和定位。
使用RNA Scope原位杂交检测GREM1和CXCL10在皮肤红斑狼疮组织中的表达。
评估逆转录元件表达与I型干扰素特征的相关性。
使用scTE分析单细胞RNA测序数据中的转座子表达,并计算与干扰素刺激基因的相关性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 单细胞RNA测序 | 分散酶II | Sigma | -- |
| Liberase TH | Sigma | -- | |
| 脱氧核糖核酸酶I | Roche | -- | |
| Countess III | ThermoFisher | -- | |
| 10x Genomics 5'v2试剂盒 | 10x Genomics | -- | |
| 原位杂交 | RNA Scope试剂盒 | Bio-Techne | 323100 |
| GREM1探针 | Bio-Techne | 312831 | |
| CXCL10探针 | Bio-Techne | 311851 | |
| ProLong Gold防淬灭封片剂 | ThermoFisher | P36934 | |
| Opal 690 | Akoya Biosciences | FP1497001KT | |
| Opal 570试剂 | Akoya Biosciences | FP1488001KT | |
| 空间转录组 | 10x Visium CytAssist | 10x Genomics | -- |
| Illumina NovaSeq | Illumina | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 单细胞RNA测序样本准备 | 皮肤活检样本类型和数量:皮损、非皮损、健康对照;消化条件:Dispase II浓度、孵育时间等 阅读提示:Methods: 'Skin digestion for single cell RNA sequencing' |
| 单细胞RNA测序数据分析 | Seurat版本、质控参数(基因数、线粒体比例)、归一化方法、聚类参数 阅读提示:Methods: 'Single cell RNA sequencing and analysis' |
| 空间转录组学 | Visium实验步骤、FFPE处理、探针面板、测序平台和参数 阅读提示:Methods: '10x Visium spatial sequencing and analysis' |
| 原位杂交 | RNA Scope试剂盒货号、探针序列、染色和成像条件 阅读提示:Methods: 'In-situ hybridization' |
| 逆转录元件分析 | scTE版本、构建索引的参考基因组、BAM文件预处理条件 阅读提示:Methods: 'scTE analysis' |