单细胞转录组分析CXCR4表达模式
分析CD4+ T细胞中CXCR4的表达特征及其与Treg细胞发育轨迹的关系。
分析人类结肠癌、肺腺癌、非小细胞肺癌等多癌种单细胞RNA-seq数据,聚类并注释CD4+ T细胞亚群,分析CXCR4表达与Treg比例的相关性。
Blocking CXCR4+ CD4+ T cells reprograms Treg-mediated immunosuppression via modulating the Rho-GTPase/NF-κB signaling axis
结合单细胞转录组、磷酸化蛋白质组、ChIP-seq、动物模型、患者样本和类器官等多层级证据,包含功能验证和机制验证。
U14宫颈癌小鼠模型 4T1乳腺癌小鼠模型 ID8卵巢癌小鼠模型 人宫颈癌类器官与PBMC共培养体系
CXCR4拮抗剂BL-8040(Motixafortide)的给药剂量(0.133 mg/kg)和频率(每周三次) Cxcr4flox/flox LckCre条件性敲除小鼠的构建 Treg表型关键标志物(FOXP3、CTLA4、TIGIT、TNFRSF9)的检测 体外Treg刺激实验中人IFN-α的浓度(0, 0.25, 0.5, 1 mg/mL)和培养时间(7天) 类器官共培养系统中Caspase-3凋亡检测的时间点(0h, 24h, 48h)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
分析CD4+ T细胞中CXCR4的表达特征及其与Treg细胞发育轨迹的关系。
分析人类结肠癌、肺腺癌、非小细胞肺癌等多癌种单细胞RNA-seq数据,聚类并注释CD4+ T细胞亚群,分析CXCR4表达与Treg比例的相关性。
验证CXCR4阻断对Treg表型和肿瘤生长的影响。
使用CXCR4拮抗剂BL-8040处理荷瘤小鼠(U14、4T1、ID8),并通过Cxcr4条件敲除小鼠(Cxcr4flox/flox LckCre)验证。通过流式细胞术检测肿瘤浸润免疫细胞中Treg标志物和IFN-γ。
研究CXCR4阻断对PD-1免疫治疗疗效的影响及其对肿瘤微环境中Treg介导免疫抑制的重编程。
建立U14和4T1肿瘤模型,分为对照组、抗PD-1单药、CXCR4拮抗剂单药和联合治疗组,监测肿瘤体积。进行肿瘤再挑战实验,使用CXCR4激动剂NUCC-390验证CXCR4信号在免疫记忆中的作用。利用scRNA-seq、RNA-seq分析肿瘤微环境变化。
揭示CXCR4阻断后CD4+ T细胞中信号通路的变化,特别是Rho GTPase信号。
从健康供者PBMCs分选Treg细胞,在CXCR4拮抗剂处理前后进行TMT标记定量磷酸化蛋白质组学分析,鉴定差异磷酸化位点并富集通路。
验证NFKB2和RelB对Treg标志基因的转录调控,并检测CXCR4阻断的影响。
使用公开的NFKB2和RelB ChIP-seq数据,分析Treg标志基因的染色质结合。进行ChIP-qPCR验证CXCR4拮抗剂处理后Treg中标记基因结合变化。
分析CXCR4缺失对Treg细胞染色质可及性和转录组的影响。
对荷瘤Cxcr4flox/flox LckCre和对照小鼠脾脏进行scRNA-seq和scATAC-seq,分析CD4+ T细胞亚群和Treg标志基因的染色质可及性,进行motif分析和通路富集。
利用临床试验数据和人体类器官模型验证CXCR4阻断在增强抗肿瘤免疫治疗中的功效。
分析临床试验NCT02826486和NCT04516616的数据,评估CXCR4阻断对外周血Treg和抗肿瘤免疫的影响。建立人宫颈癌类器官与PBMC共培养体系,检测CXCR4拮抗剂对肿瘤细胞凋亡的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Gibco | 11875093 |
| DMEM培养基 | Gibco | 11966025 | |
| 胎牛血清 | Thermo Fisher Scientific | A4766801 | |
| 青霉素/链霉素 | Servicebio | G4003 | |
| 动物实验 | 基质胶 | Corning | 356234 |
| 药物处理 | 莫替沙福肽 | MCE | HY-P0171 |
| 抗PD-1抗体 | BioXCell | BE0146 | |
| NUCC-390 | MCE | HY-111793A | |
| 体外Treg刺激 | 重组人IFN-α | Abcam | ab48750 |
| 类器官培养 | Advanced DMEM/F-12培养基 | Gibco | 12634010 |
| 胶原酶I | Solarbio | C8140 | |
| 分散酶II | Solarbio | D6430 | |
| DNA酶I | Solarbio | D8071 | |
| Y-27632 | MCE | HY-10583 | |
| GlutaMax添加剂 | Gibco | 35050061 | |
| HEPES缓冲液 | Boster | PYG0019 | |
| 青霉素/链霉素/两性霉素B | Solarbio | P7630 | |
| 支原体清除试剂 | Yeasen | 40607ES03 | |
| SB202190 | MCE | HY-10295 | |
| 烟酰胺 | MCE | HY-B0150 | |
| N-乙酰半胱氨酸 | MCE | HY-B0215 | |
| 毛喉素 | MCE | HY-15371 | |
| B-27添加剂 | Gibco | 17504044 | |
| A83-01 | Selleck | S7692 | |
| 重组人Noggin蛋白 | PeproTech | 120-10C | |
| 重组人RSPO1蛋白 | Novoprotein | CX83 | |
| 重组人FGF-7蛋白 | PeproTech | 100-19 | |
| 重组人FGF-10蛋白 | PeproTech | 100-26 | |
| 胶原酶IV | Solarbio | C8160 | |
| TrypLE消化液 | Gibco | -- | |
| 流式分析 | 小鼠肿瘤解离试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-096-730 |
| ACK裂解液 | Gibco | A1049201 | |
| 染色缓冲液 | BD Biosciences | 4032357 | |
| 可固定活性染料700 | BD Biosciences | 564997 | |
| 白细胞活化混合物 | BD Biosciences | 550583 | |
| Cytoflex LX流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- | |
| T细胞分离与培养 | CD3阳性分选试剂盒 | Stemcell | 100-0692 |
| 白细胞介素-2 | Thermo Fisher Scientific | PMC0025 | |
| β-巯基乙醇 | Gibco | 21985023 | |
| T细胞活化/扩增试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-093-627 | |
| Treg细胞分离 | CD4+ CD25+调节性T细胞分选试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130091301 |
| 多重免疫荧光染色 | 多重免疫组织化学试剂盒 | Absin | abs50031 |
| DAPI染色液 | Abbkine | BMD0063 | |
| PerkinElmer Vectra自动多光谱成像系统 | PerkinElmer | -- | |
| 磷酸化蛋白质组学 | EASY-nLC 1200超高效液相色谱系统 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Orbitrap Exploris 480质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 类器官凋亡检测 | SuperView 488 Caspase-3底物 | Yeasen | 4027ES60 |
| 信号通路抑制 | 法舒地尔盐酸盐 | MCE | HY-10341 |
| SN52 | MCE | HY-P3229 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 体内CXCR4阻断实验 | BL-8040剂量(0.133 mg/kg)、给药频率(每周三次)、给药方式(腹腔注射)、肿瘤模型(U14、4T1、ID8) 阅读提示:Methods: In vivo treatment assay,图2图注 |
| 遗传学敲除小鼠实验 | 小鼠基因型(Cxcr4flox/flox LckCre)、对照(Cxcr4flox/flox)、年龄(6-8周) 阅读提示:Methods: Animal studies and establishment of mouse models,图2H-J图注 |
| 体外Treg刺激实验 | 人IFN-α浓度(0, 0.25, 0.5, 1 mg/mL)、培养时间(7天)、细胞来源(健康供者PBMCs) 阅读提示:Methods: In vitro stimulation of Treg cells |
| 磷酸化蛋白质组学分析 | 细胞处理(CXCR4拮抗剂)、定量方法(TMT)、质谱平台(Orbitrap Exploris 480)、数据过滤阈值 阅读提示:Methods: Phosphoproteomics experimental procedures and analysis,图4A-C图注 |
| 类器官共培养实验 | 类器官来源(12例初治宫颈癌患者)、共培养比例(1:5)、治疗分组(CXCR4拮抗剂、抗PD-1、抗CTLA-4)、凋亡检测时间点(0h, 24h, 48h) 阅读提示:Methods: Tumor organoid and PBMC co-culture system,Apoptosis detection in organoid co-culture system,图4E-F,图6G-H |