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解析癌相关成纤维细胞（CAF）的空间异质性，对于理解肿瘤生物学机制及治疗方案设计至关重要。本研究结合病理图像分析与空间蛋白质组学技术，在肝细胞癌（HCC）中鉴定出两种具有不同生物学功能和细胞外基质组成的基质原型。

确定可预测免疫治疗疗效的生物标志物，并发现联合治疗的新靶点，是改善膀胱癌（BLCA）患者预后的关键要素。 本实验利用多个公共数据库的数据，探究了 TBX3 在正常组织和泛癌组织中的表达模式，以及 TBX3 与免疫微环境之间的相关性。随后，我们结合多种技术证实了 TBX3 在膀胱癌（BLCA）中可构建免疫抑制性肿瘤微环境（TME）。

已有研究表明 T 细胞（尤其是细胞毒性 T 细胞）参与肿瘤免疫，但 B 细胞和抗体在肿瘤免疫中的作用仍不明确。以往研究主要聚焦于血液中的循环 B 细胞，对人头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）组织中的肿瘤浸润 B 细胞（TIL-Bs）及其分泌的抗体研究有限。

人类免疫缺陷病毒（HIV）感染的一个显著特征是肠道屏障完整性受损，即便人类免疫缺陷病毒感染者（PWH）接受了抗逆转录病毒治疗（ART），这种损伤仍会持续存在。该损伤对 HIV 疾病进展至关重要，但目前其病因尚未完全明确。

三阴性乳腺癌（TNBC）是乳腺癌（BC）中侵袭性最强的亚型。TNBC 具有高转移率、高远处复发率、缺乏特异性治疗靶点且易产生耐药性的特点，这与其不同于其他乳腺癌亚型的独特肿瘤微环境（TME）密切相关。

相关研究强调了 PD-1 + 调节性 T 细胞（Treg）/PD-1+CD8+T 细胞比值在预后预测中的作用。然而，该比值与三级淋巴结构（TLS）在晚期胃癌患者预后及对新辅助治疗或转化治疗响应中的关联尚不明确。

CD47 / 信号调节蛋白 α（signal-regulatory protein α，SIRPα）信号通路可使恶性细胞逃避巨噬细胞介导的吞噬作用，这为通过免疫检查点阻断实现癌症治疗提供了极具潜力的策略。然而，临床研究揭示了该策略存在包括贫血在内的多种安全风险，因此其应用一直备受争议。

Tissue Cytometry技术在肿瘤免疫研究的文章节选

肌萎缩侧索硬化症是一种极具破坏性的神经退行性疾病，目前缺乏能全面再现其病理特征的理想模型。TDP-43 病理改变作为神经退行性疾病的标志性特征，在疾病进展过程中发挥着关键作用。鉴于猪脑与人类大脑在解剖学和生理学方面存在相似性，大型动物模型在更精准模拟患者特异性疾病特征方面具有独特优势。

胃癌（GC）是全球胃癌（GC）是全球第五大常见恶性肿瘤，也是癌症相关死亡的第三大原因，具有多阶段发展、病因复杂的特征。

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肝细胞癌（Hepatocellular Carcinoma, HCC）作为全球高发且高死亡率的恶性肿瘤，临床治疗疗效有限、预后差，晚期患者常用的一线药物仑伐替尼（Lenvatinib）虽能抑制多个靶点，但客观响应率不足20%，多数患者会耐药且耐药机制不明，制约治疗优化与预后改善；同时，肿瘤谱系可塑性与癌症耐药相关，肝脏中肝细胞和胆管细胞本可互转，肝癌中部分患者会发生肝细胞向胆管细胞谱系转变(HBT)形成混合型肝癌且这类患者预后差、治疗响应低，但HBT在肝癌患者接受仑伐替尼治疗时是否发生、是否驱动耐药及调控机制均未明确，是需探索的关键问题。

在肿瘤免疫治疗领域，如何打破肿瘤微环境（TME）中的免疫抑制 “屏障”，恢复 CD8⁺T 细胞的抗肿瘤活性，一直是科研与临床关注的核心难题。本研究发现，肿瘤浸润性树突状细胞（DC）特异性表达的脱氧核糖核酸酶 DNASE1L3，与癌症患者接受抗 PD-(L) 1 治疗的良好预后呈正相关。

结直肠癌（CRC）是全球第三大常见恶性肿瘤，其中 95% 的患者属于错配修复功能正常型（pMMR），这类肿瘤突变负荷低、免疫细胞浸润少，对 ICIs 治疗响应不佳。尽管免疫检查点抑制剂（ICIs）为结直肠癌提供了一种颇具前景的治疗选择，但其疗效仍有限。结直肠癌（CRCs）的低肿瘤突变负荷和免疫抑制性肿瘤微环境（TME）是导致患者对免疫检查点抑制剂产生耐药性的原因。了解癌症免疫逃逸的机制将有助于制定新的治疗策略。

激素受体阳性（HR+）乳腺癌具有显著的异质性，受脂质代谢和铁死亡（LMF）的影响。尽管免疫检查点抑制剂在新辅助治疗中显示出前景，如 KEYNOTE-756 和 CheckMate 7FL 试验所证明的那样，但确定最佳患者群体仍然具有挑战性。本研究旨在基于 LMF 相关基因对分子簇进行分类，并开发 LMF 指数，以预测 HR + 乳腺癌的预后和免疫治疗反应。

乳腺癌作为全球最常见的恶性肿瘤之一，其内分泌治疗耐药问题一直是临床治疗的难点。北京大学张宏权教授团队发表重要研究成果，首次揭示肿瘤抑制因子FRMD8的功能缺失通过双重机制赋予乳腺癌细胞对他莫昔芬的耐药性。这项研究中，团队借助TissueGnostics公司的先进组织细胞定量分析技术，在多个关键实验环节实现了高精度的组织原位分析，为解析FRMD8调控机制提供了强有力的技术支撑。

肝细胞癌（HCC）是全球癌症相关死亡的主要原因之一，乙型肝炎病毒（HBV）是其主要致病因素。尽管病毒感染在塑造肿瘤微环境（TME）中起关键作用，但 HBV、丙型肝炎病毒（HCV）和非 B 非 C 型（NBNC）相关 HCC 之间的机制差异仍知之甚少。

人类皮肤利什曼病（CL）以慢性皮肤病变为特征。免疫检查点（ICs）在疾病结局中起着至关重要的作用，细胞介导的免疫是主要保护机制，但过度或持续的效应 T 细胞反应会导致组织损伤。目前对免疫检查点在慢性感染或癌症相关复杂空间微环境中的调节机制了解较少，虽已知多种细胞因子等可诱导 IDO1 和 PD-L1 表达，但在慢性感染的复杂空间微环境中其调控机制尚不明确。

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TLSs 是一类在多种癌症中出现的异位淋巴聚集体（ectopic lymphoid aggregates），其结构类似次级淋巴器官（如淋巴结），但形成于非淋巴组织的肿瘤微环境中。大量研究表明，TLSs 的存在与免疫治疗响应增强和更好的临床预后相关，因其能促进抗肿瘤免疫细胞（如 T 细胞、B 细胞）的活化和肿瘤抗原呈递。然而，尽管 TLSs 被视为预测免疫治疗效果的生物标志物，其成熟的调控机制仍未被完全阐明，这也限制了靶向 TLSs 的治疗策略开发。