miRNA研究常用软件信息

1）targetScan: 基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。

网址: http://www.targetscan.org/

2）PicTar：基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因的软件，假阳性率较低。

网址：http://pictar.mdc-berlin.de/

3）PITA：基于靶位点的可接性（target-site accessibility）和自由能预测microRNA的靶标。

网址：http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html

4）RNA22：基于序列特征预测microRNA的结合位点。

网址：http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html

5）RNAhybrid：一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标的软件。

网址：http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/

6）Targetfinder: 使用基于植物的靶标罚分策略预测小RNA的靶标软件。

网址：http://jcclab.science.oregonstate.edu/node/view/56334

7）CleaveLand: 一个基于mRNA降解组数据预测microRNA靶标的工具。

网址：https://homes.bio.psu.edu/people/faculty/Axtell/AxtellLab/Software.html

8）Target-align：一个鉴定植物microRNA靶标的工具。

网址：http://www.leonxie.com/targetAlign.php

编辑： hejianxin    来源：丁香园