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今天跟大家分享伯豪生物单细胞核RNA测序(single-nucleus RNA sequencing, snRNA-seq)的项目经验。 snRNA-seq发文情况 首先,我们文献调研一下近年来snRNA-seq的发文情况,在Pubmed上检索“snRNA-seq”关键词,共计369篇见刊的snRNA-seq文章。其中2023,2024近两年占到了63%,从2021年起,2022年和2023年相关发文量都是在翻倍增长。由此可见,snRNA-seq技术在近两年已经被广泛应用到各种研究中,未来应用潜力巨大! 伯豪生物snRNA-seq项目经验展示 在伯豪生物自主研发的伯优®系列抽核试剂盒的助力加持下,我们已经顺利完成上百种组织类型,数千个样本的snRNA-seq实验。对于单细胞测序结果,我们非常关注的两个指标就是实测细胞数和中位基因数。之前给大家展示过我们目前已经做过的snRNA-seq的组织类型,下面跟大家分享我们做过的抽核样本数比较多的组织类型的项目信息统计(分别统计了多样本实测细胞数和中位基因数的中位值)。从统计结果来看,snRNA-seq数据还是非常稳定的,不同物种,不同的组织类型均能拿到理想的测序数据。 脑组织样本的snRNA-seq项目经验展示 snRNA-seq涉及到组织类型及样本数非常多,下面我们以脑组织样本为例,详细展示snRNA-seq关键环节的重要结果。 1.制备单细胞核悬液经验分享 2.实测细胞数和中位基因数项目经验分享 迄今为止,我们做过的人,小鼠,大鼠这三个物种的脑组织snRNA-seq样本数已有286例(不包括胶质瘤等肿瘤组织),下面以箱线图的形式具体展示每个样本的实测细胞数和中位基因数。从统计结果来看,不同物种,甚至同一物种相同组织类型的不同样本,实测细胞数和中位基因数都有着较大差异,人,小鼠,大鼠脑组织的实测细胞中位数分别为11322,12241和12696,基因中位数分别为1947,1571,1224。3.细胞注释及细胞占比结果展示 在了解snRNA-seq的实测细胞数和中位基因数之后,接下来我们要重点关注的就是细胞聚类分群及细胞注释的结果了。已有研究证实,snRNA-seq可以提供足够的基因表达信息来定义成人大脑和小鼠海马区相对宽泛的细胞类别,而且能够获得更真实的细胞比例。尤其是关注神经元细胞的话,snRNA-seq是更好的选择。伯豪生物snRNA-seq项目经验分享就到这里,希望这些信息能够给到大家参考。经过数年技术的迭代,实验的优化,分析流程的更新,伯豪生物有实力,更有信心为广大科研工作者提供专业硬核的科研服务。 |