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        TCGA数据库筛选MSI-H肿瘤样本

        user-title

        如意阳光光

        求教大神,怎么从TCGA数据库中筛选MSI-H的样本,并进行移码突变、移码肽的预测,以及neoantigen表位与MHC-I结合的预测?

        谢谢!

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        3 个回答

        user-title

        秋秋欣欣

        有帮助

        在TCGA的GDC里面就可以直接搜索

        user-title

        天一湖医者

        有帮助

        1、从TCGA数据库下载要研究的癌种的基因、miRNA表达数据。

        2、分别针对基因、miRNA进行表达差异分析。

        3、分别针对基因和miRNA进行WGCNA分析,获得聚类模块。并分析与病理学分期相关联的基因模块。

        4、验证基因模块与临床特征相关的基因。

        5、选择模块中的hub gene和hub miRNA进行生存分析。

        6、从病理分期相关联的模块中验证的基因和miRNA做代谢通路分析,构建miRNA-基因的调控网络。

        user-title

        汤姆卜丽波

        有帮助

        你需要先确定想筛的是那种肿瘤株,MSI-H肿瘤涵盖的肿瘤类别很多,而TCGA是以肿瘤分类的临床信息为主的

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