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        肠道菌群清理后用什么方法检测清理效果呢?若qPCR则用什么作为内参呢?

        相关实验:肠道菌群检测实验

        user-title

        SYSL的purple

        最近真的要疯了,用abx抗生素混合物做了一个老鼠短期清理,想看一下清理和不清理的菌群差异

        打算做一个琼脂平板培养+qPCR进行一个半定量的看两组肠道菌群总量的差异

        结果死活找不到扩增总肠道菌群qPCR用什么内参😭

        因为扩增就是用的细菌通用引物?扩增全长的基本所有肠道菌都能扩增到,然后再拿什么当内参呢

        救救我吧我真的好痛苦,别人qPCR都是测单个菌用通用引物当内参的😭怎么这么少看到测总肠道菌群量的呢😭

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        3 个回答

        user-title

        土井挞克树

        有帮助

        跑qpcr建议用菌群的DNA做特异性内参,特异性高,容易成功,常用的比如16s,action,都是比较不错的选择

        user-title

        dxyc42u

        有帮助

        我们用的是16s作为qpcr内参的

        user-title

        loveliufudan

        有帮助

        对于测量肠道菌群总量的差异,确实常见的方法是使用通用引物进行扩增。在这种情况下,选择合适的内参是至关重要的,以确保准确的相对定量分析。以下是一些可能的选择作为内参的方法:

        1. 16S rRNA基因:16S rRNA是广泛用于细菌分类和鉴定的标志性基因。您可以选择特定区域的16S rRNA基因引物作为扩增的目标,并使用其扩增产物作为内参。通常,选择16S rRNA的高保守性区域作为内参,如V3-V4区域。

        2. 基因组DNA含量:您可以考虑测量样品中细菌基因组DNA的含量作为内参。这可以通过比较特定基因(如16S rRNA基因)的扩增产物与全基因组DNA的扩增产物的相对浓度来实现。

        3. 稳定表达基因:您可以选择稳定表达的基因作为内参。这些基因的表达量不会受到菌群差异的显著影响。常见的选择包括16S rRNA基因中的某些高保守区域或其他广泛表达的基因。

        需要注意的是,选择适当的内参需要根据您的具体实验设计和样品特点来决定。在进行相对定量分析时,内参的选择对于准确的比较非常重要。

        user-title

        SYSL的purpleuser-title

        你好,谢谢你的回答,太感激了!我想请问一下您的第2个方法中扩增全基因组DNA的引物一般选择哪一个呢?

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