纯化了一个病毒蛋白，免疫小鼠，3免后间接ELisa测血清效价，拿了同学的免其他病毒蛋白的血清，发现包被我的蛋白，孵他的血清，阳性，

不知道你所谓的高是相对什么而言的高，阴性一般是相对数值，选用的波长和抗体的滴度都可能使数值偏高，关键是看你的阳性和阴性的比值是怎么样的，一般要大于2.1才算是正常的阳性。

可能是你的蛋白和他血清发生了互补反应，也就是某些成分的序列类似

这种情况通常是由于不同蛋白之间存在交叉反应所致。即小鼠体内在接种A蛋白时,不仅产生了抗A蛋白抗体,还同时产生了抗B、抗C蛋白的抗体。B、C也同理,所得血清都含有对A、B、C的抗体。这种交叉反应可能是由于这三个蛋白有一定的相似结构域所致。在纯化过程中也可能有少量其它两种蛋白的混入,导致小鼠体内产生多种抗体。你可以试试纯化这三种蛋白的特异性单克隆抗体,再进行ELISA,可能会观察到更高的特异性。