请问在大队列蛋白质组学实验中，上样顺序是否影响样本搜库结果？在前处理，数据搜库，分析过程中如何控制批次差异？

前处理建议使用全自动蛋白组学样本前处理平台进行。此平台可兼容多种蛋白酶解方法，如溶液内酶解，基于过滤板的FASP（Filter aided sample preparation）方式，柱上酶切，基于磁珠的样本前处理等。

Resolvex A200正压模块

可实现基于Filter Plate的FASP酶切流程

可实现基于SPE（Solid phase extraction）96孔板的高通量肽段脱盐

可兼容基于板式或柱式的自建方法及市售试剂盒如Protifi S-trap。

自动加液，传感器控制移动，精准定位，Carvo注射泵，加液精确，并可节约大量一次性吸头

加液灵活，undefined4通道分液头

自动加压，无需调整板的高度，高低压双重控制，并可存储压力曲线上万条。

一般上样顺序是不影响搜库结果的

蛋白质组学研究中，数据库检索是通过搜库软件将谱图原始数据与已有数据库进行比对，从而解析谱图、获得肽段和蛋白鉴定信息的过程。因此要获得准确的蛋白鉴定和定量结果，需要选择合适的数据库和搜库软件。针对相同的数据，如果选择不同的数据库或不同的软件，得到的结果也会存在差异。

一般情况下，如果蛋白质组所研究的物种已经被测序，推荐使用Uniprot数据库作为搜库的数据库，如果所研究的物种在Uniprot数据库中蛋白数据较少，推荐使用NCBI数据库进行搜库。